Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı 2015

TÜRK
ULUSAL BİLİM e-ALTYAPISI
Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı T.C. Kalkınma Bakanlığı tarafından desteklenmektedir.
Önsöz
TÜBİTAK ULAKBİM, kuruluşundan itibaren sırası ile araştırma ağları, yüksek
başarımlı hesaplama, veri yoğun hesaplama ve bilimsel veri ambarları servislerini
sunmaktadır. Sağlanan hizmetlere günümüz itibarı ile bakıldığında e-altyapıların
sürekli ve sağlıklı işleyebilmesi için gerekli
bütün bileşenleri içerdiği görülmektedir.
Bulut hesaplama ve yeşil bilişim teknolojileri (Green IT) gibi yeni teknolojik gelişmelere yönelik projeler, merkezler ve
üretilen politikalar yakından takip edilerek
e-altyapının tüm bileşenleriyle birlikte çalışılabilirliğine büyük önem verilmektedir.
Yüksek başarımlı hesaplama, veri yoğun
hesaplama, bilimsel veri ambarları ve bulut hesaplama gibi servisler TÜBİTAK
ULAKBİM Yüksek Başarımlı ve Grid
Hesaplama Grubu tarafından işletimi yapılmakta olan ve 2010 yılı sonuna kadar
TR-Grid, 2011 itibariyle TRUBA olarak
adlandırılan altyapıda sağlanmaktadır.
TÜBİTAK ULAKBİM, 2003 senesinde kurum bütçesi ile satın aldığı 128 adet PC ile
yüksek başarımlı hesaplama çalışmalarına
başlamış, daha sonra gerek ulusal araştırmacılardan gelen talep, gerekse uluslararası
projelerde kazanılan deneyim ve başarıların
etkisiyle TUGA (Türk Ulusal Grid Altyapısı / TR-Grid) projesini gerçekleştirmiştir.
TÜBİTAK Bilim Kurulu onayı ile TARAL
kapsamında desteklenen TUGA projesi kapsamında 2006-2008 döneminde altyapı desteklenmiş ve önemli ölçüde genişletilmiştir.
2009 yılında DPT Araştırma Altyapısı Proje
Çağrısına başvurularak “TR-Grid Araştırma
e-Altyapısının Güçlendirilmesi” projesi sunulmuştur. Bu proje kapsamında eski adı ile
TR-Grid olarak adlandırılan TRUBA, 2011
yılı sonuna kadar DPT tarafından desteklenmiştir. 2012 yılından itibaren bir önceki
projenin devamı niteliğindeki “Türk Ulusal
Bilim e-Altyapısını Güçlendirme” projesi ile
Kalkınma Bakanlığı’ndan alınan destek ile
altyapının genişletilmesi ve mevcut teknolojilerle güncelleştirilmesi sürdürülmektedir.
TRUBA, 100 farklı üniversiteden 1100’den
fazla araştırmacıya bilimsel çalışmalarına
katkıda bulunmak üzere doğrudan hizmet
veren, farklı kamu kurumları ve araştırma
enstitüleriyle ortak projeler gerçekleştirilen ve kuruluşundan itibaren 12 Avrupa
Birliği Çerçeve Program projesinde yer
alınmasını sağlayan ulusal anlamada stratejik önemi büyük bir ulusal e-altyapıdır.
Kurulu olan ve geliştirilen ulusal e-altyapının uluslararası düzeye rekabetçiliği sağlayacak şekilde gelişmesi ve geliştirilmesine
destek verebilecek halde güçlendirilmesi için
TÜBİTAK ULAKBİM bünyesinde bulunan
TRUBA Danışma Kurulu ile birlikte hareket
edilmektedir. TRUBA Danışma Kurulu 2010
Temmuz ayında TÜBİTAK Bilim Kurulu
Kararı ile oluşturulmuştur. TRUBA Danışma Kurulunda Kalkınma Bakanlığı, TÜBİTAK, üniversiteler, kamu, savunma sanayii
ve özel sektörden temsilciler yer almaktadır. TRUBA Danışma Kurulu, Türkiye’de
e-altyapıların bütün paydaşları için strateji, politika ve teknik danışmanlık sağlayan
ulusal anlamda ve benzer altyapıları işleten
çoğu ülkede benzeri olmayan bir kuruldur.
TRUBA
3
SAYILARLA TRUBA
1130
106
Kayıtlı kullanıcı
31
Farklı üniversite
Desteklenen ARDEB projesi
50M
2014 senesinde kullanılan
çekirdek saat
570
Bildirilen yayın sayısı
2 Pbyte
Yüksek performanslı depolama
3
Ulusal altyapı projesi
10,000
İşlemci çekirdeği
4
www.truba.gov.tr
2 M€
Toplam AB Çerçeve Program
proje hibeleri
12
AB Çerçeve Programı projesi
SAYILARLA TRUBA
6,00 M
90
5,00 M
80
70
4,00 M
60
3,00 M
50
2,00 M
40
1,00 M
30
20
0,00 M
10
0
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014
Makale
Tez
Diğer
Ocak 2013-Ocak 2015 Hesaplama kaynağı kullanımı
Yıllara göre bildirilen yayın sayısı
TRUBA kaynakları, yüksek başarımlı hesaplama, grid hesaplama ve federe bulut altyapısı olmak üzere farklı hesaplama alanlarında hizmet vermektedir. Gün içerisinde, mevcut kaynakların kullanımı en yüksek noktaya
erişebilmektedir. Ortalama aylık kullanımı 4M çekirdek/saat’tir.
TRUBA kaynaklarının kullanımının en önemli çıktısı araştırmacılarımızın yayınlarıdır. Araştırmacılarımızın http://www.truba.gov.
tr/basariolcutleri/yayinlar/ adresinde verilen teşekkür örneklerinde
olduğu gibi TRUBA kaynaklarını kullandıklarını yayınlarında yer
vermeleri beklenmektedir. http://www.truba.gov.tr/basariolcutleri/
yayinlar/yeniyayin/ web sayfası aracılığı ile yıl içerisindeki yayınlarının Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Grubuna bildirilmesi, yayın sayısının ve bilgilerinin toplanması açısından önem taşımaktadır.
TRUBA
5
ARAŞTIRMA PROJELERİ
Peptit-Amfifil Moleküllerinin Kendiliğinden Toplanma
Mekanizmasıyla Nanolif Oluşturması
Grup Üyeleri
Yrd. Doç. Dr.
Emine Deniz Tekin
([email protected])
“Kendiliğinden-Toplanma” (Self-Assembly) molekül düzeyinden galaksilere kadar, organik olan
ya da olmayan nesnelerde, yapısal organizasyonu
oluşturan en temel mekanizmadır. Çeşitli çekici
ve itici kuvvetlerin etkisi altında bir araya gelen
moleküller daha büyük yapıları oluştururlar. Kendiliğinden-Toplanma mekanizması kullanılarak
fonksiyonel nano-malzemelerin üretilmesi bilim
insanları arasında çok çalışılan bir alandır. Organik moleküller arasından Peptit-Amfifil (PA)
molekülerinin uygun fizyolojik koşullar altında
bir araya gelerek bir boyutlu silindirik nanolifleri ve sonunda jel oluşturmaları ilaç salınımı,
rejeneratif tıp ve doku mühendisliği çerçevesinde kan damarı yapımı ve hücre dışı matrisi taklit
edebilecek doku iskelesi (yapay hücre dışı matris)
geliştirilmesinde kullanılma potansiyeline sahiptirler. PA molekülü suyu sevmeyen (hidrofobik)
alkil grubunun bir peptit sekansının N-ucuna
kovalent olarak bağlanmasıyla oluşturulmaktadır.
Genel olarak çalışmalarımızda, TRUBA kaynaklarında GROMACS paket programını kullanarak,
moleküler dinamik yöntemiyle, PA moleküllerinden oluşturduğumuz silindirik nanoliflerin yapısal
6
www.truba.gov.tr
özelliklerini ve Kendiliğinden-Toplanma sürecinin
temelinin teorik olarak anlaşılmasını hedefledik.
“Odd–even effect in the potential energy of the
self-assembled peptide amphiphiles” [E. D. Tekin,
Chemical Physics Letters, 614, 204–206, (2014)]
başlıklı çalışmamızda, değişik büyüklüklerde
oluşturulan PA tabanlı nanoliflerin minimum
enerjilerinin nanolifi oluşturan katman sayısının
tek/çift olmasına ve her bir katmanda bulunan
PA moleküllerinin tek/çift sayıda olmasına bağlı
olduğu ortaya çıkmıştır. Toplam 120 tane yapının
her biri için enerji en iyilemeleri yapılmış olup şu
sonuca varılmıştır: çift tabakalı yapılardan birinin
benzetimi yapılıyorsa, minimum enerji her bir
tabakada tek sayıda PA bulunduran yapılardan
birinde görülürken, tek tabakalı yapılardan birinin benzetimi yapılıyorsa, minimum enerji her
bir tabakada çift sayıda PA bulunduran yapılardan
birinde görülmektedir. Bu çalışmalar TÜBİTAK
tarafından desteklenen 112T452 no’lu 3501-KARİYER projesi çerçevesinde gerçekleştirilmiştir.
(Solda) Bir tane Peptit Amfifil (PA) Molekülü.
(Ortada)
2
katmandan
oluşturulmuş 20 PA molekülü. (Sağda) 20 katmandan oluşturulmuş 200 PA molekülü.
ARAŞTIRMA PROJELERİ
2-boyutlu Ultra-İnce Yapıların Tasarlanması, İşlevselleştirilmesi ve İleri Teknoloji Uygulamalarında Kullanılması
(a)
(b)
(c)
Bilkent Üniversitesi Ulusal Nanoteknoloji Araştırma
Merkezi (UNAM) ve Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Enstitüsünde temel olarak 2-boyutlu ultra ince
sistemler üzerinde araştırmalarımızı sürdürmekteyiz.
Gelişen bilim ve endüstri daha büyük teknolojik beklentileri ve buna paralel çözülmesi gereken yeni problemleri beraberinde getirmektedir. Bu gereksinimleri
karşılamak için nano-ölçekte ve üstün özelliklere sahip
malzemelerin tasarımı, üretimi ve mevcut sorunların
giderilmesi konularında araştırmalar tüm dünyada
yoğun şekilde sürmektedir. Bu konuda, özellikle son
yıllarda, tek atomik tabaka grafin sentezinin mümkün
olduğunun gösterilmesinin ardından 2-boyutlu tek
veya birkaç atomik katmanlı ultra-ince malzemeler
hem deneysel hem de teorik çalışmaların odağı haline
gelmiştir. Doğada üç boyutlu halde var olan malzemelerin nano-ölçekte 2-boyutlu forma indirgenmesinin
sağladığı ilginç kuantum etkileri günümüz teknolojisine çok önemli yenilikler getirecektir. Tek tabaka
formunda sentezlendiğinde mekanik deformasyonlara karşı çok daha dirençli malzemeler haline gelen
ultra-ince yapılar çok yüksek hızlarda yük iletimine
olanak sağlamalarının yanı sıra kolayca ayarlanabilir
termal ve optik özelliklere sahiptirler. Sahip oldukları
özellikleriyle bu tipteki malzemeler nano-elektronik,
optik algılayıcılar, atomik hassasiyete sahip kimyasal
sensörler ve enerji depolama sistemleri
gibi sahalarda kullanılabilmektedir. Gelişen
fabrikasyon teknikleri ile bu uygulamaların
daha da artması beklenmekte ve beraberinde deneysel ve endüstriyel araştırmalara
yön verecek hassas teorik ve modelleme çalışmalarına olan gereksinimi artırmaktadır.
TRUBA kaynaklarını kullandığımız çalışmalarımızda, 2-boyutlu ultra-ince yapıların tasarlanması, işlevselleştirilmesi ve uygulama alanlarının
kuantum mekaniğine dayalı hassas yoğunluk fonksiyoneli kuramı teknikleri ile modellenmesi yapılmaktadır. Şu aşamada çalışılan sistemler 3 bölüme
ayrılabilir: (a) Grup IV (Grafen polimorfları,
Si [silisen], Ge [germanen], Sn [stanen]) (b)
Grup III-V bileşikleri (BP, BN, ve AlN) (c)
geçiş metali-kalkojen [MX2] yapıları (MoS2,
MoSe2, WS2). İncelenmesi düşünülen grafin benzeri ultra-ince bileşik yapıların bazıları (Silisen, BN, ZnO, SiC, MoS2, MoSe2,
NiTe2, vb.) sentezlenmiş, bu sistemlerin
gösterdiği ilginç özellikler ve uygulama alanlarının çeşitliliği, gerek bu sistemler gerekse
alternatif yapılar üzerindeki deneysel ve teorik çalışmaları yoğun şekilde artırmıştır.
Bu temel motivasyonla, farklı grup IV, III-V,
ve geçiş metali-kalkojen bileşik sistemlerin ultra-ince yapılarının farklı fazlarının modellenmesi ve kararlılık testleri yapılmaktadır. Aynı zamanda kararlı
yapıların katkılanma (doping) ve germe/çekme ile
işlevselleştirilmesi, elektronik, manyetik ve optik
özelliklerinin modifiye edilmesi üzerinde çalışılmaktadır. Bu analizler malzemelerin olası nano-cihaz
uygulamaları için önem arz etmektedir. Paralel olarak,
bu yapılar kaplama malzemesi olarak düşünülmekte,
yüzey aktiviteleri, su ve diğer moleküllerle etkileşimi
(oksitlenme, karbon yakalama gibi) incelenmekte ve
kapladığı yüzeylerle etkileşim özellikleri araştırılmaktadır. Çalışmalar yurt içi ve yurt dışından teorik
ve deneysel araştırmacılarla işbirliği içinde yürütülmektedir. Elde edilen bulgular ışığında bu sistemlerin farklı uygulamalar ve nano-cihazlar için yapı
malzemesi olarak kullanılabileceği öngörülmektedir.
Bunlara ek olarak grubumuzda Kalsiyum Silikat Fazlarının (Çimento) Reaktivitesi, inklüz-
Grup Üyeleri
Yrd. Doç. Dr.
Engin Durgun
(durgun@unam.
bilkent.edu.tr)
Yrd. Doç. Dr.
Semran İpek
Dr. Deniz Keçik
Dr. Hüseyin Şener
Şen
Yıldız Gözde
Sağlam
Lütfiye Hallıoğlu
Abdüllatif Önen
yon kompleksleri yardımıyla ilaç teslimi konularında
da
araştırmalar
yürütülmektedir.
(Solda) (a) Grup IV, (b) Grup III-V (c) ve geçiş metali-kalkojen sistemlerinin 2-boyutlu ve ultra-ince model atomik yapıları. (Sağda) Tek atomik katman MoS2
yapısının oksijen atomu ve molekülü ile etkileşimi
TRUBA
7
ARAŞTIRMA PROJELERİ
Spintronik Uygulamaları için Katmanlı ve Düşük-Boyutlu
Yarıiletkenlerin Hesaplamalı Yöntemlerle İncelenmesi
Grup Üyeleri
Prof. Dr. Çetin Kılıç
(cetin_kilic@gtu.
edu.tr)
Dr. Sümeyra Güler-Kılıç
Mehmet Aras
Gebze Teknik Üniversitesi bünyesinde araştırmalar yapan grubumuz tarafından, TRUBA
kaynakları kullanılarak, gerçekleştirilen çalışmalar, genel olarak, hesaplamalı yöntemlerle
atomistik (nano)malzeme tasarımı ve keşfine
yöneliktir. Çeşitli teknolojik uygulamalarda kullanılan veya kullanım potansiyeline sahip malzemelerin yapı, özellik ve davranışları ilk-prensip yöntemleri kullanılarak incelenilmektedir.
Spintronik uygulamalarında kullanılabilecek katmanlı yarıiletkenler ve nanomalzemeler, yoğun
şekilde araştırdığımız sistemler arasındadır.
Güncel araştırma-geliştirme faaliyetlerinde en çok
çaba sarfedilen konulardan birisi manyetik alan
kullanmadan spin manipülasyonunun yapılabileceği mimariler tasarlamaktır –ki bunun yolu
spin-yörünge etkileşmesi
artırılmış malzemeler geliştirmekten geçmektedir.
Grubumuzda, bu arayışlara paralel olarak, BiTeI
kristali gibi katmanlı yarıiletkenlerin ve ağır-me-
8
www.truba.gov.tr
tal katkılanmış çinko
oksit (ZnO) nanotelleri gibi düşük-boyutlu yarıiletkenlerin
malzeme özellikleri
hesaplamalı yöntemlerle incelenmektedir. Bu amaçla, kolineer-olmayan spin
yoğunluk fonksiyoneli teorisi çerçevesinde ilk-prensip
hesaplamaları
kullanılarak,
spin-yörünge etkileşmesinin yarıiletken bant yapısı
üzerindeki
etkileri
araştırılmaktadır.
Çalışmalarımız, ultra ince ZnO nanotellerin bizmut ile yüzey-katkılanmasının hem spin-yörünge
kaynaklı etkilere hem de (belirli bir konfigürasyona bağlı olarak değiş-tokuş ve/veya Rashba-tipi yarılmalar oluşan) bant yapısının spin-bağımlı olarak
modifikasyonuna neden olabildiğini göstermiştir.
Günümüzde, Rashba-tipi yarılma gösteren, sadece
bir kaç tane bir-boyutlu sistem bilinmektedir ve p
orbitallerinden kaynaklanan manyetik momenti olan malzemeler nadirdir. Bu nedenle, bizmut
katkılı çinko oksit nanotellerin, bu orijinal fenomenlerle alakalı olarak, potansiyelinin ortaya çıkarılması görev edinilmiştir. Bu yöndeki çalışmalarımız, TÜBİTAK tarafından desteklenen 114F155
numaralı proje kapsamında gerçekleştirilmektedir.
(Solda) BiTeI kristalinin atomik yapısı ve elektronik yük yoğunluğu (Sağda) Bizmut katkılı çinko
oksit nanotelinin iletkenlik bantı durum yoğunluğu
ARAŞTIRMA PROJELERİ
İKLİM GRUBU ÇALIŞMALARI
Farklı kurum/üniversiteler (Meteoroloji İşleri Genel
Müdürlüğü/Niğde Üniversitesi, Çukurova Üniversitesi, Karabük Üniversitesi, Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
ve Tel Aviv Üniversitesi) ve bölümlerden (Biyosistem
Mühendisliği, Bilgisayar Mühendisliği, Tarımsal Yapılar ve Sulama Bölümü ile Jeofizik, Atmosfer ve Yerbi-
limleri Bölümleri ) araştırmacıların bir araya
gelerek herhangi resmi bir proje kapsamında olmadan tamamen TÜBİTAK TRGrid/
TRUBA’nın ücretsiz sağladığı olanaklar ve
çalışma grubundaki araştırmacıların
bireysel katkılarıyla Bölgesel İklim Modellerinin senaryo ve analiz verileriyle
farklı alanlarda ve çözünürlükte çalıştırılması, değerlendirilmesini ve farklı
alanlara (kuraklık, tarımsal üretim,
hidroloji vb.) uygulanmasını içeren
çalışmalarımıza 2010 yılında TRGrid/
TRUBA kullanıcı sertifikalarının alınmasıyla başladık. Genel olarak benzeşim
çalışmalarımızda Şekil 1 ve Şekil 2 de
belirtilen Ortadoğu ve MedCORDEX
alanlarını kullandık. 2010 yılından 2015 yılına kadar aralıklı olarak süren çalışmalarımızda 20’nin
üzerin de model run’ı başlattık. Girdi ve çıktı verilerinin boyutu 50 TB’ı, çalışma süresi 2.500.000
cpu/saat’i geçmiştir. Çalışmalar sonucunda şu
ana kadar 1 doktora 1 yüksek lisans tezi, SCIE ve SCI
kapsamında 2 makale yayınlanmış ayrıca pek çok
Grup Üyeleri
Prof. Dr. Sevilay
Topçu
([email protected])
Doç. Dr. Simon O.
Krichak
Yrd. Doç. Dr. Baha
Şen
ulusal ve uluslararası kongre/sempozyum/çalıştay/
panel bildirisi sunulmuştur. Çalışma grubu üyeleri çalışmalarında sağladığı HPC olanakları için TUBİTAK
TRGrid/TRUBA’ya, teknik ve idari destek için TRGrid/
TRUBA personeline sonsuz teşekkürlerini sunar.
Yrd. Doç. Dr. Burak
Şen
(Solda) MedCORDEX DOMAIN (Sağda) Ortadoğu
DOMAIN
Arş. Gör. Emrullah
Sonuç
Dr. Recep Kılınç
TRUBA
9
ARAŞTIRMA PROJELERİ
Biyomoleküllerin Diğer Biyomolekül ve/veya Metal İyonları
ile Olan Etkileşimleri
Grup Üyeleri
Doç. Dr. Cenk
Selçuki
(cenk.selcuki@ege.
edu.tr)
Doç. Dr. Nursel
Acar Selçuki
Altan Kara
Cemal Köprülüoğlu
Saltuk Mustafa
Eyrilmez
Moleküler modelleme molekül sistemleri için oluşturulan modelleri
hesapsal yöntemler
yardımıyla inceleyen bilim alanıdır. Kullanılan
yöntemler kuantum mekaniksel
yöntemler (QM),
klasik mekanik yöntemler (MM) ya da bunların
bileşkesi olan kuantum mekaniksel/klasik mekanik yöntemler (QM/MM) olarak üç ana grupta
toplanabilir. Özellikle deneysel çalışmaların süreç ve maliyetini azaltması, deneysel çalışmaları
tamamlayıcı rolü nedeni ile son derece popüler
ve yaygın bir alan olarak dikkat çekmektedir.
Grubumuzda temel olarak biyokimyasal moleküller için oluşturulan model sistemlerde, biyomoleküllerin diğer biyomolekül ve/veya metal
iyonları ile olan etkileşimleri incelenmektedir. Bu
10 www.truba.gov.tr
çalışmalarda
kuantum mekaniksel
bir yaklaşım olan
Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi metodları (Density Functional Theory, DFT)
ağırlıklı
olarak
kullanılmaktadır.
Genel olarak çalışmalarımızda amino asitler, nükleobazlar ve küçük peptidler
kullanılmaktadır. Biyolojik önemleri nedeni ile
bunların geçiş metali iyonları ile etkileşimleri
öncelikli çalışma alanımız olarak belirlenmiştir.
Bu çalışmalar kapsamında çeşitli projeler yürütülmüş, CM0902 “Molecular machineries for ion
translocation across biomembranes” COST aksiyonuna Türkiye adına yönetim komitesi üyesi (Management Committee Member) olarak katılınmış
ve proje başarı ile tamamlanmıştır. Bu aksiyon
kapsamında TÜBİTAK’a sunulan ve kabul edilen
109T616 nolu
“Biyolojik Sistemlerdeki Bakır İyonu-Peptid Etkileşim
Me k a n i z m a larının Model
Organizma
Saccharomyces
Cerevisiae’deki
Atx1
Proteininde Yer Alan MXCXXC Motifi Kullanılarak
Moleküler Modelleme Yoluyla İncelenmesi” başlıklı proje başarı ile sonuçlandırılmıştır. Bu çalışmadaki hesaplamaların önemli bir kısmı TRUBA kaynakları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
Soldaki: Sigma faktör etkileşim bölgesi ve Arg409
yapısı arasındaki etkileşimin moleküler mekanik
ile minimize edilmiş görüntüsü. Ortadaki: MACAAC peptidinin B3LYP/6-31G* seviyesinde optimize edilmiş yapısı. Sağdaki: MACTGC peptidinin
B3LYP/6-31G* seviyesinde optimize edilmiş yapısı
ARAŞTIRMA PROJELERİ
Türbülanslı Yanmanın Large Eddy Simulasyonu (LES) / Probability Density Fonksiyonu (PDF) Yöntemi ile Modellenmesi
Bu çalışmada laboratuar boyutlarındaki ön-karışımsız
(non-premixed), ön-karışımlı (premixed) ve katmanlaştırılmış (stratified) türbülanslı alevlerinin LES/PDF
yöntemi kullanılarak sayısal olarak incelenmesi amaçlanmaktadır. Türbülanslı alevlerin akış alanı LES yöntemi ile hesaplanırken, kimyasal reaksiyonlar ve kimyasal
reaksiyonların türbülans ile etkileşimleri PDF metodu
ile modellenmektedir. Stiff kimyasal kinetik denklemlerinin çözümü için ISAT metodu kullanılmaktadır.
Bu proje kapsamında türbülanslı alevlerin sayısal olarak modellenmesi için large eddy simulasyonu (LES)/
probability density function (PDF) yöntemini temel
alan yeni bir simülasyon yazılımı geliştirilmiştir. LES/
PDF metodunun LES bileşeni için gerekli olan yazılım
Koç Üniversitesinde Doç. Dr. Metin Muradoglu’nun
danışmanlığında doktora öğrencisi Hasret Türkeri tarafından açık kaynak kodlu OpenFOAM kütüphanesi
kullanılarak geliştirilmiştir. PDF metodu için gerekli
olan yazılım Amerika’daki Cornell Üniversitesi’nde
Prof. Stephen B. Pope ile yapılan işbirliği ile temin
edilmiştir. LES ile PDF bileşenlerinin birleştirilmesi
Hasret Türkeri tarafından Cornell Üniversitesi’ndeki bir yıllık bir çalışma sonucunda başarılmıştır.
LES yönteminde filtre edilmiş kütle ve momentum
korunum denklemleri sonlu-hacimler yöntemi kullanılarak çözülürken, PDF yöntemindeki kimyasal bileşenlerin ortak olasılık yoğunluk fonksiyonun hareket
denklemi ise Monte Carlo tabanlı partikül kodu ile
çözülmektedir. Bu yöntemde akış kavramsal parçacıklar ile temsil edilmektedir ve fiziksel ve bileşen uzayındaki hareketleri hesaplamak için her bir parçacık için
stokastik diferansiyel
denklemler
çözülmektedir. Tipik bir
LES/PDF simülasyonu yüz binlerce sonlu hacim elemanı ve
milyonlarca parçacık
içerebilmektedir. Bu
ise LES/PDF simülasyonlarında çok büyük miktarda hesaplama kaynağı ihtiyacı
ortaya çıkarmaktadır.
Bununla birlikte LES/
PDF
metodunda
ortalama
kimyasal
reaksiyon terimleri
kapalı yapıda olduğundan (literatürdeki diğer yanma modellerinde olmayan bir durum) literatürdeki
en üstün yanma modeli olma özelliğini taşımaktadır.
Geliştirilen yeni LES/PDF simülasyon metodu literatürde ön-karışımsız türbülanslı yanma için hedef
alev seçilen Sandia Flame D türbülanslı alevine uygulanmıştır. Bu simülasyonlarda yaklaşık 750 bin
sonlu hacim elemanı ile 25 milyon parçacık kullanılmıştır ve simülasyonlar hesaplama alanı domain
decomposition yöntemi ile bölünerek paralelleştirilmiştir. TRUBA sistemlerinde 96 çekirdek ile yapılan
simülasyonlar yaklaşık 15 günde tamamlanmıştır ve
elde edilen sonuçlar İspanya’daki ERCOFTAC 2014
konferansında sunulmuştur. Daha sonraki adım
Grup Üyeleri
Doç. Dr. Metin
Muradoglu
([email protected].
tr)
Prof. Stephen B.
Pope
Hasret Türkeri
olarak Cambridge Üniversitesi tarafından geliştirilen katmanlaştırılmış türbülanslı yanma (Cambridge Stratified Flame) düzeneğinin simülasyonları
yapılmaya başlanmıştır. Elde edilen ara sonuçlar
Fransa’daki ICNC 2015 konferansında sunulacaktır.
İleriki aşamalarda; bu çalışmada geliştirilen sayısal simülasyon yazılımı ile çok değişik ortamlardaki karmaşık yanma düzeneklerinin (kömür yanması, jet motorları içerindeki yanma, roket motoru içerisindeki yanma)
sayısal simülasyonlarının yapılması planlanmaktadır.
LES/PDF/ISAT: Sırasıyla soldan sağa, Sandia Flame-D alevi, jet girişinden itibaren 20D ve 60D
uzaklıktaki sıcaklık kontörleri, CO kütle oranının
0.4D kesitindeki deneysel verilerle karşılaştırılması.
TRUBA
11
ARAŞTIRMA PROJELERİ
Atom-Molekül Etkileşmelerinin Teorik Metotlar
ile İncelenmesi
Grup Üyeleri
Dr. Niyazi Bulut
([email protected])
Dr. Jacek Klos
Duygu Çimenoğlu
Faruk Arslan
Hanifi Kebiroğlu
Kuantum mekaniğinde temel hareket denklemi
Scrödinger denklemidir. Zamana bağlı ya da zamandan bağımsız Schrödinger denkleminin çözümüne dayanan kuantum mekaniksel hesaplamalar
sonucunda, kimyasal reaksiyonlar için integral tesir kesitleri ve hız sabitleri gibi fiziksel büyüklükler
elde edilebilir. Elde edilen bu kuantum mekaniksel büyüklükler, moleküler seviyedeki kimyasal
reaksiyonların detaylı olarak anlaşılmasını sağlar.
NASA’nın son zamanlarda Hubble Uzay Teleskopu
ile 13 milyar yıl öncesine ait olan 3 bine yakın yeni
galaksinin (yıldız kümesi) spektroskopik incelemelerden sonra varlıklarının ispatlanması, yıldızlar
arası bölgelerdeki kimyasal reaksiyonların teorik
olarak çalışılması önem kazanmıştır. Yıldızlar arası
bölgelerde sıcaklık 10 K dereceye kadar düşebilmektedir. Böyle bir ortamda oluşan kimyasal süreçler ile yıldızların oluşumu ve yok olması (ölümü)
hakkında fikir elde edebilmek için teorik olarak
kuantum mekaniksel
metotlar kullanılmaktadır. Ilgili ortamlarda
gerçekleşen
reaksiyonların
reaksiyon
ihtimaliyetleri (Şekil
1.) , tesir kesitleri (Şekil 2.) ve reaksiyon hız
sabitleri gibi kuantum
12 www.truba.gov.tr
mekaniksel büyüklüklerin elde edilmesi evrenin
oluşumu hakkında bilgiler vermektedir. Bu amaçla
TRUBA altyapısını kullanarak TÜBİTAK destekli
biri bitirilmiş ve biri de şu anda devam etmekte
olan projelerimde astrofizikte önemli olan bazı
atom ve molekül etkileşmelerinin reaktif ve inelastik saçılmaları kuantum mekaniksel ve kuasi-klasit
metotlar kullanılarak incelenmiştir. Bu çalışmalarda amaç moleküler seviyede atom-molekül etkileşmelerinde tesir kesiti ve reaksiyon ya da saçılma
hız sabitleri gibi kuantum mekaniksel büyüklükleri
hesaplamaktır. Bu büyüklükler modellenerek evrenin oluşumu ve de süreç ile birlikte bazı değişimlerin yorumlanması amaçlanmıştır. Bütün çalışmalarımız TÜBİTAK altyapısındaki TRUBA/TR-Grid
kaynakları kullanılarak yapılmaktadır. Bunun için,
paralel programlama (LAM-MPI destekli) kullanılarak çok uzun hesaplama zamanı gerektiren ya da
bilgisayar hafızası bakımından tek işlemcide çalı-
şılması mümkün olmayan hesaplamalarımız aynı
anda birden fazla işlemci üzerine paylaştırılarak
hesaplanabilmektedir. TBAG-109T447 nolu ve ‘’An
Investigation of the Atom Diatom Reactive Scattering Problems by a Quantum Wave Packet Method
and Quasiclassical Trajectory Approximation’’
isimli biten ve şu anda devam etmekte olan TBAG112T827 nolu ve ‘’ Teorik Astrokimya: Reaksiyon
Dinamik ve Kinetiklerinin Kuantum Mekaniksel
Metotlar ile Hesaplanması’’ isimli proje kapsamında TRUBA altyapısı etkin olarak kullanılmaktadır.
(Ortada) Reaksiyon ihtimaliyeti. (Sağda) Toplam
reaksiyon tesir kesiti.
ULUSAL ALTYAPI ve AB PROJELERİ
TRUBA
13
KULLANICI YORUMLARI
Doç. Dr. Hasan Şahin (University of Antwerp, Fizik Bölümü)
Nanoboyutlu malzemelerin teorik olarak incelenmesi amacı ile Bilkent Üniversitesi UNAM’da başladığım doktora çalışmalarıma Belçika’nın Antwerp Üniversitesi Fizik Bölümünde doktora sonrası araştırmacı olarak devam etmekteyim. Grubumla birlikte yaptığım
çalışmalarımda nanoboyutlu malzemelerin yapısal, elektronik, manyetik ve titreşimsel özelliklerini karakterize ederek yapılan deneysel çalışmalara ışık tutmaktayız. Malzemelerin boyutlarının nano ölçeğe kadar küçültülmesi ilginç kuantum etkilerinin ve dolayısıyla yepyeni fonksiyonlara sahip teknolojik ürünlerin ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Laboratuvar ortamında sentezlenmesi
oldukça zahmetli olan nanoboyutlu malzemelerin karakteristik özelliklerinin önsel olarak belirlenebilmesi hızla ilerleyen nanoteknoloji araştırmaları açısından büyük öneme sahiptir. Bu motivasyon ile yürüttüğüm çalışmalarımda TRUBA kaynakları kullanmaktayım.
Nanoteknoloji alanındaki yoğun çalışmalar bu alanda dünya çapında bir rekabeti de beraberinde gerektirmektedir. 2007 yılından itibaren TRUBA kaynaklarını kullanarak 42 bilimsel yayına katkıda bulunma fırsatı edindim. Bu çalışmalar Nature, Physical Review Letters, Physical Review
B, Nano Letters ve ACS Nano gibi prestijli dergilerde yayınladı ve bunlara 1650’den fazla atıf yapılmıştır. TRUBA tarafından sağlanan hesaplama kaynaklarının kapasitesi ve personelinin sağladığı işbirliği zamanlama ve kalite anlamında dünyadaki diğer araştırma grupları ile rekabet
edebilmeyi mümkün kılmıştır. Türkiye’deki nanoteknoloji araştırmaları ve temel bilimler açısından TRUBA büyük bir öneme sahiptir. TÜBİTAK ULAKBİM Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Grubu çalışanlarına sağladığı hızlı destek ve işbirliğinden dolayı teşekkürü borç bilirim.
Dr. Mine İlk Çapar (Ege Üniversitesi, Fizik Bölümü)
“Sıvı Kristallerde Yüzey Etkileri” başlıklı 107T638 numaralı TÜBİTAK Kariyer Proje çalışmalarımı yürütmek üzere, projedeki bursiyer öğrenciler ile birlikte, 2008 yılında eski adı ile
TR-Grid’i kullanmaya başladık. Çalışmalarımız temel olarak sıvı ve sıvı kristallerin moleküler dinamik simülasyon yöntemleri ile incelenmesi üzerinedir. Simülasyonları, paralel
hesaplama ile TR-Grid kümelerini kullanarak çok daha kısa sürelerde tamamlama imkanı bulduk. Lisansüstü öğrencilerimizle birlikte, TRUBA hesaplama ve depolama kaynaklarını kullanmaya devam etmekteyiz. Çalışmalarımızı yürütürken karşılaştığımız her türlü teknik sorunda, bizlere hızlı bir şekilde destek olan TRUBA ekibine teşekkür ederiz.
Doç. Dr. Mehmet Ferdi Fellah (Bursa Teknik Üniversitesi, Kimya Mühendisliği)
TR-Grid’i ilk kez 2004 yılında kullanmaya başladım. O zamanlar “ULAKBİM Yüksek Başarımlı Bilgi İşlem Merkezi” adı altında masaüstü
bilgisayarlarla oluşturulmuş 128 işlemcili küme bilgisayar sistemi olarak faaliyet gösteriyordu. Daha sonraki yıllarda gerçekleşen gelişimi ile
sistemin doktora tezim kapsamında ve başka konularda yaptığım teorik katalitik tepkime hesaplarının tamamlanmasında çok ciddi katkısı olmuştur. Halen katalitik tepkime mekanizmalarının belirlenmesi için yaptığım teorik hesaplarımın bir kısmının yürütülmesinde sistemi aktif olarak kullanmaktayım. Sistemin kendisini kullanmak ayrıca küme bilgisayar sistemi üzerine olan bilgilerimin artmasına da çok
katkı sağlamıştır. Ayrıca sistemin işleyişini sağlayan TÜBİTAK ULAKBİM ekibi her türlü teknik desteği mümkün olan en kısa sürede sağlamaya çalışmaktadırlar. Bu vesile ile böyle bir sistemi ülkemize kazandıran ve sistemin işleyişini sağlayan herkese teşekkürlerimi sunarım.
14 www.truba.gov.tr
KULLANICI YORUMLARI
Prof. Dr. Semih Ergintav (Boğaziçi
Üniversitesi, Jeodezi Anabilim Dalı)
TÜBİTAK 1007 kapsamında 2005-2010
yılları arasında gerçekleştirilen TURDEP
(105G109) projesinde toplanan büyük
hacimdeki yer bilimleri verisinin işlenmesi amacıyla çözüm ararken, TRUBA’yı
ve ona destek veren ekibi tanıdık. Bu sayede, hayal edebileceğimizin ötesinde,
güçlü işlem gücü ve disk alanı sağlayan
TRUBA ile birçok uluslararası projede
yönlendirici olacak şekilde sorumluluklar alabildik, araştırmalar gerçekleştirebildik. Ülke genelinde toplanmış olan 20
yıllık GPS verisini, TByte’larca sismoloji
verisini, onlarca TByte hacmindeki uydu
radar verilerini aktif şekilde çok kısa sürede işleyerek, ülkemizdeki afet tehlikesini sürekli izleme olanağına kavuştuk.
Sonuçlarımızı, bu sayede uluslararası
platformlarda ses getirecek şekilde paylaşabildik. TRUBA’yı oluşturan, yüksek verimle çalıştıran tüm ekibe teşekkür ederiz.
Doç. Dr. Ziyadin Çakır (İstanbul Teknik Üniversitesi, Jeoloji Mühendisliği
Bölümü)
Marmara denizinde deprem tehlikesi amacı ile bilgi
toplamada kullanılan VICTOR denizaltısı
TRUBA’yı 2010 yılında “Türkiye Diri Fayları
Boyunca Meydana Gelen Kabuk Deformasyonunun Yapay Açıklık Radar İnterferometrisi (InSAR) Yöntemiyle İncelenmesi isimli”
TÜBİTAK 1001 araştırma projesinde kullanmaya başladık. Çok fazla sabit disk, işlemci
gücü veya hafıza alanı gerektirmediğinden,
konvensiyonel InSAR veri işlemi kişisel masaüstü bilgisayarlarda
yapılabilmektedir.
Ancak yeni bir teknik olan InSAR zaman serisi analizileri için yüksek miktarda, işlemci
gücü, disk ve özellikle hafıza gerektirmektedir. TRUBA’yı kullanmaya başladıktan sonra,
kişisel bilgisayarlarda tamamlanması haftalarca süren bir InSAR zaman serisi hesaplaması TRUBA’nın sunduğu paralel işlemci
gücü sayesinde bir kaç gün içinde sonlanmaya başladı. TRUBA sayesinde tüm Türkiye’yi
kapsayan çok fazla miktardaki görüntüyü çok
hızlı bir şekilde işleme imkanına kavuştuk.
Onur Tan (TÜBİTAK Yer Bilimleri Enstitüsü)
TRUBA (TR-Grid) alt yapısını ilk olarak TÜRDEP (TÜBİTAK 105G109) projesine ait yüksek hacimli deprem verilerinin yedeklenmesi için 2008 yılında kullanmaya başladım. Yüksek hesaplama gücü ile veri analizi de yapabildiğimiz bu yapı içerisinde, projeler kapsamında ürettiğimiz verilerin yedeğinin tutulması ve istediğimiz zaman ulaşabilme imkanı çok önemli bir unsur olmuştur. Yürütücülüğünü yaptığım “Sinop Nükleer Güç Santrali İçin Yer Değerlendirme Parametrelerine Yönelik Araştırmalar (2012-2016)”
projesi içerisinde Kalite Yönetim Sistemi gereği verilerin farklı ve güvenli bir mekanda ikinci yedeğinin tutulması zorunluluğu TRUBA alt yapısı ile karşılanmaktadır. Bu yapının varlığı yeni ulusal ve uluslararası projelerin alınmasında da önemli bir destek sağlamaktadır.
TRUBA
15
KURUMSAL İŞBİRLİKLERİ
Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı
Türkiye Deprem Veri Merkezi Projesi (AFAD-TDVM)
Paydaşlar:
DSİ
TÜBİTAK
Atatürk Üniversitesi
Cumhuriyet Üniversitesi
Dokuz Eylül Üniversitesi
Gazi Üniversitesi
Kocaeli Üniversitesi
Sakarya Üniversitesi
Süleyman Demirel
Üniversitesi
İskenderun Belediyesi
Kocaeli Üniversitesi
Doğa Hareketleri Araştırma Vakfı
T.C Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı (AFAD) tarafından, ülkemizde
çeşitli kurum/kuruluş, üniversiteler ve araştırma merkezleri tarafından kurulan tüm sismik
istasyonlarından gelen verilerin bir merkezde toplanması, düzenlenmesi, saklanması ve
kullanıcılar ile paylaşılması amacıyla AFAD
- Türkiye Deprem Veri Merkezi kurulmuştur.
Bu merkezin kurulmasında TÜBİTAK-ULAKBİM ile teknik işbirliğine yapılmıştır. AFAD –
TDVM’ne gelen tüm veriler, TRUBA hesaplama
kaynakları kullanılarak bu alandaki uluslararası
standartlara çevrilerek, TRUBA depolama kaynaklarında saklanmakta ve paylaşıma sunulmaktadır. Tüm veriler hem AFAD kaynaklarında
hem de TRUBA kaynaklarında saklanmaktadır.
AFAD-TDVM sayesinde araştırmacıların çalışma
yapmaları için gereken verilere ulaşması sağlanarak, bilimsel çalışmalardaki rekabet ve kalite artması ve buna bağlı olarak sismolojik problemlerin çözümlerinde yenilikler sağlaması hedeflenmektedir.
16 www.truba.gov.tr
Türkiye Deprem Veri Merkezi’nin Amerika, İngiltere, Japonya ve Avrupa’daki benzeri örnekleri
olmasına rağmen Ortadoğu, Kafkasya, Arap Yarımadası ve Orta Asya’da benzeri bulunmamaktadır.
Türkiye Deprem Veri Merkezi’nin, amaçlarından
birisi de bu bölgelerdeki sismoloji merkezleri ile
antlaşmalar yapıp, bahsedilen bölgelerdeki sismolojik verileri içeren Bölgesel Veri Merkezi’ne
dönüşmesi, Türkiye’nin bu alanda da önder ülke
olması hedefine ulaşmasını sağlayacaktır. Veriye
ulaşan yerbilimci sayısının artması ile sismoloji
alanında yapılan çalışma sayısı artacaktır. Yapılan
çalışmalardan elde edilen sonuçlar ise genç araştırmacıların çalışmalarına katkıda bulunacaktır.
Bugün AFAD-TDVM çatısı altında 12 kurum/
kuruluş ve üniversiteden veri toplanmaktadır.
İleri yıllarda bununda artması beklenmektedir.
KURUMSAL İŞBİRLİKLERİ
Coğrafi Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü
Gerçek (True) Ortofoto ve Coğrafi Veri Üretimi Projesi
Paydaşlar:
Doğal Afet Sigortalar Kurumu(DASK)
tarafından ihalesi yapılmış olan ve Teknik Koordinatörlüğü Çevre ve Şehircilik
Bakanlığı Coğrafi Bilgi Sistemleri Genel
Müdürlüğü tarafından yürütülen “Gerçek
(True) Ortofoto ve Coğrafi Veri Üretim
İşi” projesi gerçekleştirilmektedir. Pro-
je kapsamındaki ~40.000 km2 alanda
kentlerin yerleşim ce gelişme alanlarını
kapsayacak şekilde; kıyı bölgelerinde,
sosyal, kültürel, sanayi ve turizm alanlarında, il, ilçe ve büyük beldelerde, yüksek çözünürlüklü ortofoto üretimi, yol
ve bina sayısal verilerinin üretimi verilerinin bilgi sistemleri ile uyumlaştırılması çalışmaları gerçekleştirilmektedir.
Kapsam, maliyet, zaman ve kullanılan
teknoloji bakımından Türkiye’de bir ilk
olma özelliğinin yanında, dünyada da
sayılı projelerden bir tanesidir. Coğrafi
veri üretimi gerçekleştiren tüm birimle­
rin temel görüntü altlığı oluşturularak
proje ile, yoğun işlem gerektiren 1/1000
ölçeğinde gerçek(t­rue) ortofotoların üretimi yüksek başarımlı hesaplama ortamında
gerçekleştirilmektedir.
Bu
teknoloji kullanılarak proje süresinde ve maliyetinde
% 30 tasarruf sağlanmıştır.
Yüksek çözünürlüklü orto­
foto üretim aşamalarında
öncelikli olarak planlanan
uçuşlar dahilinde havadan
fotoğraf çekimi ile baş­
lamaktadır. Sonrasında ilgili imaj dosyalarının veri depolama alanlarına
aktarılma­
sı, depolanan imajlar üzerinde
ölçü ve dengeleme yapılması, yüksek
başarımlı hesaplama sunucuları kullanılarak true orto­foto, sayısal yüzey modeli
ve her bir piksel için nokta bulutu verisi
üretimi
gerçekleştirilmektedir.Projenin
tamamlanmasının ardından elde edilen
veriler, tüm kamu kurumları ve belediyelere ücretsiz olarak servis edilecektir.
Proje tamamlandığında, planlama-projelendirme, kentsel dönüşüm, şehirleşme,
belediye hizmetleri, kaçak yapı takibi, karar destek, afet planlaması, acil durumlar
gibi çalışmalara etkinlik ve hız kazandıracaktır. Plan ve proje çalışmaları için yeterli kaynak bulamayan belediyelerimizin
maliyetlerini azaltmasının yanında; çevre
projeleri, uygulama projeleri ve planlama
çalışmalarındaki süreçleri de kısaltacaktır.
Bunların yanında Doğal afetler sonrasında kısa sürede hasar tespiti yapılabilecek,
anında müdahale edilmesi için gerekli organizasyonun düzenlenmesi amacı ile koordinasyon çalışmaları yürütülebilecektir.
TRUBA
17
KURUMSAL İŞBİRLİKLERİ
TÜBİTAK Yer Bilimleri
TÜBİTAK MAM Yer ve Deniz Bilimleri Enstitüsü olarak TRUBA kaynakları, bir TÜBİTAK 1007 projesi olan TURDEP (105G019) kapsamında farklı disiplinlerde toplanan yüksek hacimdeki verilerin işlenmesi ve yedeklenmesi amacı ile kullanılmaya başlanmıştır ve aktif olarak kullanılmaya devam edilmektedir. Farklı projeler kapsamında işletilen sürekli GPS ağlarına ait GPS verilerinin kısa sürede işlenmesi ve
yedeklenmesinde TRUBA kaynaklarının kullanımı önem taşımaktadır. Elde edilen yoğun verinin yedeklenmesi ve hızlıca işlenmesi açısından TRUBA, sadece enstitümüz çalışmaları için değil ülke genelinde sürdürülen araştırma projelerine önemli bir katma değer sağlamaktadır.
18 www.truba.gov.tr
KURUMSAL İŞBİRLİKLERİ
Yüksek Enerji Fiziği Çalışmaları
Ülkemizin CERN ile ilişkisi 1961 yılında ve ilk
defa Türkiye’ye tanınan gözlemci statüsü ile başlamıştır. Bu tarihten itibaren bireysel çabalarla
başlatılan bilimsel çalışmalar daha sonra Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu
(TÜBİTAK) ve Türkiye Atom Enerjisi Kurumu
(TAEK) tarafından münavebeli olarak sağlanan
mali destekler ile bir ölçüde kurumsal bir duruma gelmiştir. Bu kurum ile yarım yüzyıldır
sürmekte olan ilişkilerimiz, parçacık fiziğinin
ülkemizdeki gelişimine katkıda bulunmuştur.
Ülkemizde CERN ile ilişkili olarak yürütülen bilimsel faaliyetler büyük ölçüde TÜBİTAK tarafından koordine edilmiş ve desteklenmiş, ancak
2006 yılında Başbakanlıkça yapılan görevlendir-
me ile TAEK, CERN ile ilgili ülkemizde yürütülen faaliyetleri koordine etmek, bilimsel faaliyetlere katılmak, ülkemizde yürütülen çalışmalara
mali destek sağlamak ve CERN çalışmalarında
ülkemizi temsil etmek üzere görevlendirilmiştir.
Ülkemiz ile CERN arasındaki ilişkinin çerçevesini belirleyen TAEK-CERN İşbirliği Anlaşması
14 Nisan 2008 tarihinde Cenevre’de imzalanmıştır. 2005 yılından itibaren dahil olunan EGEE
projeleri kapsamında CERN deneylerinde ortaya çıkan verilerin işlenmesi ve saklanması için
TRUBA kaynakları Tier-3 Merkez olarak hizmet
etmiştir. 2008 yılında imzalanan işbirliği çerçevesinde, TRUBA kaynakları arasında işletilen
iki site CMS ve ATLAS deneyleri için Tier-2
Merkez olarak hizmet vermeye başlamıştır.
13 Aralık 2012 tarihinde başlayan CERN’e ortak üyelik müzakerelerinde Tier-2 merkezlerin
performansı da değerlendirmelerde yer almıştır. Müzakere süreci sonucunda 12 Mayıs 2014
tarihinde Ortak Üyelik Anlaşması CERN’de
düzenlenen törenle imzalanmıştır. CERN
Ortak Üyelik Anlaşması, TAEK’in de temsil
edildiği TBMM’nin 22.01.2015 tarihli Genel
Kurulunda oybirliği ile uygun bulunmuştur.
Tier-2 merkezler dışında EGI altyapısına dahil olan grid sitelerinde Belle-II
deneyine
destek
verilmektedir.
CERN ile MoU imzalayan
Paydaşlar:
Çukurova Üniversitesi
Ankara Üniversitesi
Orta Doğu Teknik Üniversitesi
Uludağ Üniversitesi
Boğaziçi Üniversitesi
İstanbul Üniversitesi
Doğuş Üniversitesi
Yıldız Teknik Üniversitesi
Karatay Üniversitesi
Niğde Üniversitesi
TRUBA
19
ALTYAPI
Altyapıda Çalışan Uygulama ve Kütüphaneler:
Uygulamalar
Gaussian09
Vasp
Amber
Abinit
Lammps
Gromacs
Quantum Espresso
Namd; Charmm
Siesta
R
Cpmd
OpenFoam
Gamess
Comsol
Abaqus
Wien2K
MolPro
Meep
Octa
NSP
Fluka
Octave
Ansys14
Matlab
Derleyiciler ve debug araçları
Matematik kütüphaneleri
MPI kütüphaneleri
Gcc 4.4.7
Intel Composer Xe 2013
Parallel Studio
Intel Inspector
Intel IPP
Intel Vtune
Cuda 5.5
Cuda 4.4
Mkl
Acml 4.4
Acml 5.1
Fftw
Blas
Lapack
Scalapack
Openmpi
Intel Mpi
Mvapich
20 www.truba.gov.tr
ALTYAPI
Yüksek Başarımlı Hesaplama Kaynakları
MERCANLAR
CUDA
KULLANIM: HPC
UÇ SAYISI: 192
TFLOPs: 42.4
BELLEK/Çekirdek:
5.33 GB
ÇEKİRDEK: 4603
AĞ: 4x QDR IB
CPU SAAT/YIL: 35.365.680
Mercan sunucuları 2011 yılında hizmete girmiştir. Bu ailedeki her bir sunucu üzerinde 2
x AMD Opteron 6176 işlemci ve 128 GB ECC
DDR3 hata korumalı bellek bulunmaktadır. Birbirlerine, diğer sunucu ailelerindeki sunuculara
ve merkezi dosya sistemine 40Gbit QDR Infiniband arayüzü ile bağlıdır. Küme üzerinde ağırlıklı olarak MPI uygulamaları koşturulmaktadır.
LEVREKLER
KULLANIM: HPC
LEVREKV2
UÇ SAYISI: 16
GPU: 32 M2090
TFLOPs: 36.7
BELLEK/Çekirdek:
10.67 GB
ÇEKİRDEK: 384
AĞ: 4x QDR IB
CPU SAAT/YIL: 3.363.840
Bu hesaplama kuyruğundaki her bir sunucu
üzerinde 2 x Intel 2680 V3 işlemci ve 256 GB
ECC DDR3 hata korumalı bellek bulunmaktadır. Her biri 16’şar adet Nvidia M2090 cuda
kartı barındıran harici 2 adet GPU genişleme
kutusundaki cuda kartları 16X PCIe kablosu ile sunuculara ikişerli olarak bağlanmıştır.
Her bir kartta 6GB ECC DDR5 hata korumalı
bellek ve 512 adet cuda çekirdeği bulunmaktadır. Bu kuyrukta sadece CUDA desteği olan
uygulamalar çalıştırılmaktadır. Ağırlıklı olarak
NAMD kullanıcıları bu kuyruğu tercih etmektedir. Ayrıca 6 adet Nvidia c1060 GPU kartı da
bu kuyruktaki sunuculara destek vermektedir.
KULLANIM: HPC
UÇ SAYISI: 48
TFLOPs: 46.1
BELLEK/Çekirdek:
10.67 GB
ÇEKİRDEK: 1104
AĞ: 4x QDR IB
CPU SAAT/YIL: 9.671.040
2014 yılının sonunda hizmete girmiş bu sunucu
ailesindeki suncularda 2 x Intel 2680 V3 işlemci
ve 256 GB ECC DDR3 hata korumalı bellek bulunmaktadır. Sunucular levrekv2 ve tom kuyruklarına hizmet vermektedir. Bu ailedeki sunucuların toplam teorik performansı 40TFlops’dur.
Diğer sunucu ailelerinde olduğu gibi, bu ailedeki
sunucular da birbirlerine, diger sunucu ailelerindeki sunuculara ve merkezi dosya sistemlerine 40GBit QDR Infiniband ağı ile bağlıdır.
SAGE
KULLANIM: HPC
UÇ SAYISI: 111
KULLANIM: HPC
UÇ SAYISI: 84
TFLOPs: 41.2
BELLEK/Çekirdek:
16 GB
TFLOPs: 3.1
BELLEK/Çekirdek:
3 GB
ÇEKİRDEK: 1776
AĞ: 4x QDR IB
ÇEKİRDEK: 672
AĞ: 4x DDR IB
CPU SAAT/YIL: 15.557.760
Levrek suncuları 2013 yılının başında hizmete
girmiştir. Her bir hesaplama sunucusu üzerinde
2 x Intel E-5 2690 işlemci ve 256 GB ECC DDR3
hata korumalı bellek bulunmaktadır. Single,
mid1, mid2 ve long kuyruklarına gönderilen
işler bu sunucular üzerinde koşmaktadır. Genel
olarak MPI uygulamaları koşturulmaktadır. Bu
ailedeki sunucular birbirlerine, diğer sunucu ailelerindeki sunuculara ve merkezi dosya sistemine 40Gbit QDR Infiniband arayüzü ile bağlıdır.
CPU SAAT/YIL: 5.886.720
Bu hesaplama kümesi TÜBİTAK enstitülerinden SAGE'nin kullanımına sunulmuş özel-kullanım bir hesaplama kümesidir. Küme her biri
14'er adet blade sunucu içeren toplamda 6 adet
blade şasesi ve kümeye adanmış 4 adet yüksek
performanslı sunucu tarafından sunulan 82
TB lik parallel dosya sisteminden oluşmaktadır. Küme üzerindeki sunucular birbirlerine ve
dosya sistemine 20Gbit DDR Infiniband ağı ile
bağlıdırlar. Her bir sunucuda 8 çekirdek ve 24
GB ECC hata korumalı bellek bulunmaktadır.
TRUBA
21
ALTYAPI
Dağıtık Hesaplama Kaynakları
CMS Tier-2
KULLANIM: GRID
22 www.truba.gov.tr
ATLAS Tier-2
FEDERE BULUT
UÇ SAYISI: 42
KULLANIM: GRID
UÇ SAYISI: 6
KULLANIM: BULUT
UÇ SAYISI: 6
TFLOPs: 1.55
BELLEK/Çekirdek:
3 GB
TFLOPs: 2.5 TFLOPs
BELLEK/Çekirdek:
2.5 GB
TFLOPs: 2.5 TFLOPs
BELLEK/Çekirdek:
2.5 GB
ÇEKİRDEK: 336
AĞ: Gigabit Ethernet
ÇEKİRDEK: 288
AĞ: 4x QDR IB
ÇEKİRDEK: 288
AĞ: 4x QDR IB
CPU SAAT/YIL: 2.701.440
CPU SAAT/YIL: 2.522.880
CPU SAAT/YIL: 2.522.880
CERN'de gerçekleştirilen yüksek enerji fiziği deneylerinden biri olan CMS deneyi ile ilgili hesaplamaların yapıldığı grid sitelerinden biri olarak
hizmet vermekte olan bu kümede her biri 14'er
blade sunucusu barındıran 3 adet şase bulunmaktadır. Toplamda 336 çekirdek ile destek verilen deneyin yıllık cpu-saat kullanımı 2.7 milyon
saat kadardır. Her bir sunucuda 8 çekirdek ve
24GB ECC hata korumalı bellek bulunmaktadır.
CERN'de gerçekleştirilen yüksek enerji fiziği
deneylerinden biri olan ATLAS deneyi ile ilgili hesaplamaların yapıldığı grid sitelerinden
biri olarak hizmet veren bu kümede 6 adet
48'er çekirdekli ve 128'er GB bellekli sunucu
bulunmaktadır. Bu kümedeki sunucular 2010
yılında envantere girmiş ve 2014 yılına kadar
HPC kullanıcılarının hesaplamalarında kullanılmışlar, daha sonra ATLAS hesaplamalarında çalıştırılmak üzere yapılandırılmışlardır.
ATLAS deneyine yıllık 2.5 milyon cpu-saat ve
288 adet çekirdekle katkıda bulunulmaktadır.
Bu kümede 6 adet 48’er çekirdekli ve 128’er GB
bellekli sunucu bulunmaktadır. Bu kümedeki
sunucular 2010 yılında envantere girmiş ve 2014
yılına kadar HPC kullanıcılarının hesaplamalarında kullanılmışlar, daha sonra EGI Federeted
Cloud altyapısında çalıştırılmak üzere yapılandırılmışlardır. TRUBA Federe Bulut sitesi OpenStack yazılım platformu ile oluşturulmuştur.
ALTYAPI
TR-Grid Sertifika Otoritesi
Ülkemiz araştırmacılarının, hem TRUBA kaynaklarında yetkilendirilmesi
hem de yer aldığımız
Avrupa Birliği Çerçeve
Programları projelerine dahil olan araşturma altyapılarında yetkilendirilebilmesi için
TÜBİTAK ULAKBİM,
2005 yılından itibaren
EUGridPMA(European Grid Policy Management Authorties)
oluşumu
içerisinde
“TR-Grid CA(Certification Authority)”
olarak yer almaktadır.
TRUBA üyelik işlemlerinin son adımı
olan sertifika süreci,
araştırmacılarımıza
kişisel bir sertifika sağlayarak, bu sertifika ile TRUBA kaynaklarına bağ-
lanmanın yanısıra, uluslararası sanal
organizasyonlara/deneylere üye olmak
ve deneylerde yetkilendirilmek için kullanılabilmektedir. İlgili deneyler için ayrılmış olan
uluslararası hesaplama
ve veri depolama kaynaklarının kullanımına
olanak sağlamaktadır.
TRUBA, 2008 yılından
itibaren Yüksek Enerji
Fiziği deneyleri arasında yer alan ATLAS
ve CMS deneyleri için
Tier-2 Merkez olarak
da hizmet vermektedir.
TRUBA
23
YAYINLAR (2013-2014)
“Investigation of bond dilution effects on the magnetic properties of a cylindrical
Ising nanowire”,Yuksel, Y; Akinci, U; Polat, H.,PHYSICA STATUS SOLIDI B-BASIC SOLID STATE PHYSICS Volume: 250 Issue: 1 Pages: 196-206, January 2013
“Luminescence of BODIPY and Dipyrrin: An MCSCF Comparison of Excited States”,Buyuktemiz, M; Duman, S; Dede, Y.,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A Volume: 117 Issue: 7 Pages: 1665-1669, February 2013
“Reaction mechanism of ruthenium-catalyzed azide-alkyne cycloaddition reaction: A DFT study”,Boz, E; Tuzun, NS.,JOURNAL OF ORGANOMETALLIC CHEMISTRY Volume: 724 Pages: 167-176, January 2013
“Adsorption and absorption of boron, nitrogen, aluminum, and
phosphorus on silicene: Stability and electronic and phonon properties”,Sivek, J; Sahin, H; Partoens, B; Peeters, FM. ,PHYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 8 Article Number: 085444, February 2013
“Phonon softening and direct to indirect band gap crossover in strained single-layer MoSe2”,Horzum, S; Sahin, H; Cahangirov, S; Cudazzo, P; Rubio, A; Serin, T; Peeters, FM. ,PHYSICAL REVIEW
B Volume: 87 Issue: 12 Article Number: 125415, March 2013
“Classification and Ranking Approaches to Discriminative Language Modeling for ASR”,Dikici, E; Semerci, M; Saraclar, M; Alpaydin,
E.,IEEE TRANSACTIONS ON AUDIO SPEECH AND LANGUAGE PROCESSING Volume: 21 Issue: 2 Pages: 291-300, February 2013
“MORPHOLOGICAL PROPERTIES OF PYRROLE AND PHENYLENE RODCOIL DIBLOCK COPOLYMERS BY DISSIPATIVE PARTICLE DYNAMICS”,Yildirim, E.; Yurtsever, M.,JOURNAL OF THEORETICAL & COMPUTATIONAL CHEMISTRY Volume: 12 Issue: 1 Article Number: 1250100, February 2013
“Size Dependence in the Stabilities and Electronic Properties of alpha-Graphyne
and Its Boron Nitride Analogue”,Ozcelik, VO; Ciraci, S., JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 117 Issue: 5 Pages: 2175-2182, February 2013
“Polyhydrides of the Alkaline Earth Metals: A Look at the Extremes under
Pressure”,Hooper, J; Altintas, B; Shamp, A; Zurek, E., JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 117 Issue: 6 Pages: 2982-2992, February 2013
“Metallization
of
magnesium
polyhydrides
under
pressure”,Lonie, DC; Hooper, J; Altintas, B; Zurek, E.,PHYSICAL REVIEW
B Volume: 87 Issue: 5 Article Number: 054107, February 2013
“Adsorption of alkali, alkaline-earth, and 3d transition metal atoms on silicene”,Sahin, H; Peeters, FM. ,PHYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 8 Article Number: 085423, February 2013
24 www.truba.gov.tr
“Effects of Charging and Electric Field on Graphene Oxide”,Topsakal, M; Gurel, HH; Ciraci, S.,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 117 Issue: 11 Pages: 5943-5952, March 2013
“Molecular structure and elastic properties of thermotropic liquid crystals: Integrated molecular dynamics-Statistical mechanical theory vs molecular field approach”,Capar, MI; Nar, A; Ferrarini, A; Frezza,
E; Greco, C; Zakharov, AV; Vakulenko, AA. ,JOURNAL OF CHEMICAL
PHYSICS Volume: 138 Issue: 11 Article Number: 114902, March 2013
“H-2(nu=0,1) + C+(P-2) -> H+CH+ STATE-TO-STATE RATE CONSTANTS
FOR CHEMICAL PUMPING MODELS IN ASTROPHYSICAL MEDIA”,Zanchet, A; Godard, B; Bulut, N; Roncero, O; Halvick, P; Cernicharo, J.,ASTROPHYSICAL JOURNAL Volume: 766 Issue: 2 Article Number: 80, April 2013
“Application of multivariate heavy-tailed distributions to residuals in the estimation of genetic parameters of growth traits in beef cattle.”,Peters, S.O.; Kizilkaya,
K. Garrick D.J.; Fernando, R.L.; Pollak, E.J.; De Donato, M.; Hussain ,T.; Imumorin, I.G.,JOURNAL of ANIMAL SCIENCE 2013 Apr;91(4):1552-61, April 2013
YAYINLAR (2013-2014)
“Anomalous Raman spectra and thickness-dependent electronic properties of
WSe2”,Sahin, H; Tongay, S; Horzum, S; Fan, W; Zhou, J; Li, J; Wu, J; Peeters, FM.,PHYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 16 Article Number: 165409, April 2013
“Mechanism and Energetics of Ligand Release in the Aspartate
Transporter
GltPh”,Heinzelmann,
G.;
Bastug,
T.;
Kuyucak, S.,J. Phys. Chem. B, 2013, 117 (18), pp 5486–5496, April 2013
“Origins of the solvent effect on the propagation kinetics of acrylic acid and
methacrylic acid”,Degirmenci, I.; Ozaltin, T.F.; Karahan, O.; Van Speybroeck, V.; Waroquier, M.; Aviyente, V.,JOURNAL OF POLYMER SCIENCE PART
A-POLYMER CHEMISTRY Volume: 51 Issue: 9 Pages: 2024-2034, May 2013
“Parallel large-scale numerical simulations of purely-elastic instabilities behind a confined circular cylinder in a rectangular channel”,Sahin, M.,Journal of
Non-Newtonian Fluid Mechanics Volume 195, May 2013, Pages 46–56, May 2013
“Interseismic strain accumulation across the North Tabriz Fault (NW Iran)
deduced from InSAR time series”,Karimzadeh, S.; Cakir, Z.; Batuhan Osmanoglu, B.; Schmalzle, G.; Miyajima, M.; Amiraslanzadeh, R.; Djamour,
Y.,Journal of Geodynamics Volume 66, May 2013, Pages 53–58, May 2013
“Investigation of the zenith angle dependence of cosmic-ray muons at sea level”,Bektasoglu, M.; Arslan, H.,PRAMANA journal of May
2013 Indian Academy of Sciences Vol. 80, No. 5 physics , May 2013
hemical
Physics
Letters,
Volume
578,
Pages
21-27,
July
2013
“Synthesis, characterization and antimicrobial studies of 2-{(E)-[(2-hydroxy-5-methylphenyl)imino]methyl}-4-[(E)-phenyldiazenyl]phenol as a novel azo-azomethine dye”,Kose, M; Kurtoglu, N; Gumussu, O; Tutak, M; McKee, V; Karakas, D; Kurtoglu, M,Journal of Molecular Structure, Volume 1053,Pages 89-99, December 2013
“Quantum chemical studies on the some inorganic corrosion inhibitors”,Sayin, K; Karakas, D,Corrosion Science, Volume 77, Pages 37-45, December 2013
“Density functional theory investigation of acetylene dehydrogenation on metal exchanged ZSM-5 clusters for initial step of carbon nanotube production”,Tezsevin, I; Fellah, MF; Onal, I,Microporous and
Mesoporous Materials, Volume 180, Pages 102-108, November 2013
“Time dependent magnetic field effects on the±J Ising model”,Vatansever, E; Akinci, U; Polat, H,Journal of Magnetism and
Magnetic Materials, Volume 344, Pages 89-95, October 2013
“Monte Carlo investigation of a spherical ferrimagnetic core–shell nanoparticle under a time dependent magnetic field”,Vatansever, E; Polat, H,Journal of
Magnetism and Magnetic Materials, Volume 343, Pages 221-227, October 2013
“Oxygen adsorption on honeycomb BC2NBC2N monolayers”,Gokoglu, G.;
Akturk, E.,Materials Letters Volume 106, Pages 168–170, September 2013
“Vibrational and theoretical analysis of pentyl-4-benzoyl-1-[2,4-dinitrophenyl]-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylate”,Ari,
H;
Buyukmumcu,
Z;
Ozpozan, T, Ilhan, IO; Bahadir, O,Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, Volume 110, Pages 193-204, June 2013
“Performance
analysis
of
the
coarse-grained
parallel
model of the artificial bee colony algorithm”,Basturk, A; Akay, R,Information Sciences, Volume 253, Pages 34-55, December 2013
“Investigation of critical phenomena and magnetism in amorphous Ising nanowire
in the presence of transverse fields”,Yuksel, Y; Akinci, U; Polat, H,Physica A: Statistical
Mechanics and its Applications, Volume 392, Issue 10, Pages 2347-2358, May 2013
“The effect of the Coriolis coupling on H+ND reaction: A time dependent wave packet study”,Akpinar, S; Surucu Hekim, S,C-
TRUBA
25
YAYINLAR (2013-2014)
“Nonequilibrium dynamics of a spin-3/2 Blume-Capel model with quenched random crystal field”,Vatansever, E; Polat, H,Journal of Magnetism and Magnetic Materials, Volume 332, Pages 28-37, April 2013
“Investigation of oscillation frequency and disorder induced dynamic phase transitions in a quenched-bond diluted Ising ferromagnet”,Vatansever, E; Akinci, U; Yuksel, Y; Polat, P,Journal of Magnetism and Magnetic Materials, Volume 329, Pages 14-23, March 2013
“A DFT study on CO oxidation on Pd4 and Rh4 clusters and adsorbed Pd and Rh atoms on CeO2 and Ce0.75Zr0.25O2 supports for
TWC applications”,Gerceker, D; Onal, I,Applied Surface Science, Volume 285, Part B, 15 November 2013, Pages 927-936, November 2013
“Influences of supercell termination and lateral row number on the determination of slow light properties of photonic crystal waveguides”,Bagci, F; Akaoglu, B,Optik - International Journal for Light and Electron Optics, Volume 124, Issue 21, Pages 4739-4743, November 2013
“On the high pressure superconductivity of transition metal nitride: TiN”,Altintas,
B,Physica C: Superconductivity, Volume 487, 15 April 2013, Pages 37-41, April 2013
“The dense micro-earthquake activity at the boundary between the Anatolian and South Aegean microplates”,Tan, O,Journal of
Geodynamics, Volume 65, April 2013, Pages 199-217, April 2013
“An arbitrary Lagrangian–Eulerian formulation for solving moving boundary problems with large displacements and rotations”,Erzincanli, B; Sahin, M,Journal of Computational Physics, Volume 255, 15 December 2013, Pages 660-679, December 2013
“First RAFT polymerization of captodative 2-acetamidoacrylic acid
(AAA) monomer: An experimental and theoretical study”,Dedeoglu, B;
Ugur, I; Degirmenci, I; Aviyente, V; Barcin, B; Cayli, G; Acar, HY,Polymer, Volume 54, Issue 19, 23 August 2013, Pages 5122-5132, August 2013
26 www.truba.gov.tr
“Effects of charging and electric field on graphene functionalized with titanium”,Gurel, HH ; Ciraci, S ,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, July 2013
“Compressed images for affinity prediction (CIFAP): a study on predicting binding affinities for checkpoint kinase 1 protein inhibitors”,Erdas, O ; Andac, CA ; Gurkan-Alp,
AS ; Alpaslan, FN; Buyukbingol, E,JOURNAL OF CHEMOMETRICS, June 2013
“Structure and energetics of cyclopropane carboxaldehyde”,Trindle, C.; Bleda, E.A.; Yavuz, I.; Altun, Z.,INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY Volume: 113 Issue: 8 Pages: 1155-1161, April 2013
“Improving
the
precision-recall
trade-off
in
undersampling-based binary text categorization using unanimity rule”,Erenel, Z; Altincay, H,NEURAL COMPUTING & APPLICATIONS, May 2013
“Dynamic bidding strategies in search-based advertising”,Dayanik, S;
Parlar, M,ANNALS OF OPERATIONS RESEARCH, December 2013
“Ultrahigh Contrast One-Way Optical Transmission Through a Subwavelength Slit”,Battal, E; Yogurt, TA; Okyay, AK,PLASMONICS, June 2013
“Theoretical approach to the structural, electronic, and morphological properties of poly(E >-caprolactone) grafted polypyrroles”,Yildirim, E ; Erciyes, G; Yurtsever, M,MACROMOLECULAR RESEARCH, September 2013
“Parallel implicit DNS of temporally-evolving turbulent shear layer instability”,Yilmaz, I.; Edis, F.O.; Saygin, H.; Davidson, L.,Journal of Computational and Applied Mathematics Available online, April 2013
“Density
functional
theory
studies
on
covalent
functionalization
of
single-walled
carbon
nanotubes
with
benzenesulfonic acid”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, March 2013
YAYINLAR (2013-2014)
“Vibrational and electronic properties of single-walled and double-walled boron nitride nanotubes”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, May 2013
“DFT and Raman spectroscopy of porphyrin derivatives: Tetraphenylporphine (TPP)”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, September 2013
“Nanoscale Dielectric Capacitors Composed of Graphene and Boron Nitride Layers: A First-Principles Study of High Capacitance at Nanoscale”,Ozcelik, VO ; Ciraci, S,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, July 2013
“Local Reconstructions of Silicene Induced by Adatoms”,Ozcelik, VO; Ciraci, S,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, December 2013
“A new hole density as a stability measure for boron fullerenes”,Polad S, Ozay M,Physical Chemistry Chemical Physics, July 2013
“Effects of position (alpha or beta) and linker heteroatom (O or S) of substituent on
the photophysicochemical behavior of poly(oxyethylene) substituted ZnPcs and
assessment of J-aggregation or protonation using TD-DFT computations”, Ayhan,
MM; Ozpinar, GA; Durmus, M; Gurek, AG,DALTON TRANSACTIONS, July 2013
“Conical-intersection
quantum
dynamics
of
OH(A(2)Sigma(+))
+ H(S-2) collisions”,Gamallo, P ; Akpinar, S; Defazio, P ; Petrongolo, C,JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, September 2013
“H-2(nu=0,1) + C+(P-2) -> H+CH+ STATE-TO-STATE RATE CONSTANTS FOR CHEMICAL PUMPING MODELS IN ASTROPHYSICAL MEDIA”,Zanchet, A ; Godard, B; Bulut, N ; Roncero, O ; Halvick, P ; Cernicharo, J ,ASTROPHYSICAL JOURNAL, April 2013
“Effects of charging and perpendicular electric field on the properties of silicene and germanene”,Gurel, HH ; Ozcelik, VO; Ciraci, S,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, July 2013
“Electronic and optical properties of Cr and Cr-N doped anatase TiO2 from screened Coulomb hybrid calculations”, Celik, V; Mete,
E,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, September 2013
“Enhanced reduction of graphene oxide by means of charging
and electric fields applied to hydroxyl groups”,Gurel, HH ; Ciraci, S,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, October 2013
“Superlubricity through graphene multilayers between Ni(111) surfaces”,Cahangirov, S ; Ciraci, S; Ozcelik, VO,PHYSICAL REVIEW B, May 2013
“First-principles investigation of B- and N-doped fluorographene”, Leenaerts, O ; Sahin, H ; Partoens, B ; Peeters, FM,PHYSICAL REVIEW B, July 2013
“Stone-Wales defects in silicene: Formation, stability, and reactivity of defect sites”,Sahin, H ; Sivek, J ; Li, S; Partoens, B; Peeters, FM, PHYSICAL REVIEW B, July 2013
“Self-healing of vacancy defects in single-layer graphene and silicene”,Ozcelik, VO; Gurel, HH; Ciraci, S,PHYSICAL REVIEW B, July 2013
“Spatial ranges of driving forces are a key determinant of protein folding cooperativity and rate diversity”,Kaya, H; Uzunoglu, Z ; Chan, HS,PHYSICAL REVIEW E, October 2013
“Investigation of the zenith angle dependence of cosmic-ray muons at sea level”,Bektasoglu, M.; Arslan, H.,PRAMANA-JOURNAL OF PHYSICS Volume: 80 Issue: 5 Pages: 837-846, May 2013
“Size Dependence in the Stabilities and Electronic Properties of alpha-Graphyne and Its Boron Nitride Analogue”, Ozcelik, VO; Ciraci, S ,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, February 2013
TRUBA
27
YAYINLAR (2013-2014)
“7-Oxy-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)coumarin
substituted
phthalonitrile derivatives as fluorescent sensors for detection of Fe3+ ions: Experimental and theoretical study”, Kaya, EN; Yuksel, F; Ozpinar, GA; et al., SENSORS
AND ACTUATORS B-CHEMICAL Volume: 194 Pages: 377-388, April 2014
“A study of the density functional methods on the photoabsorption of Bodipy
dyes”, Unal, H; Gunceler, D; Mete, E, JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND
PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY Volume: 278 Pages: 14-18, March 2014
First-principles calculations”, Ersan, F.; Gokoglu, G.; Akturk, E., APPLIED SURFACE SCIENCE Volume: 303 Pages: 306-311, June 2014
“A systematic analysis of hole size, hole-type and rows shifting on slow light characteristics of photonic crystal waveguides with ring-shaped holes”,
Bagci, F; Akaoglu, B, OPTIK Volume: 125 Issue: 11 Pages: 2702-2707, 2014
“Critical
phenomena
in
dynamical
Ising-typed
thin
films by effective-field theory”, Aktas, BO; Akinci, U; Polat, H,
THIN SOLID FILMS Volume: 562 Pages: 680-691, July 2014
“Ab initio calculations of martensitic phase behavior in Ni2FeGa magnetic shape memory alloys”, Soykan, C.; Kart, S. Ozdemir; Sevik, C.; et al., JOURNAL
OF ALLOYS AND COMPOUNDS Volume: 611 Pages: 225-234, October 2014
“Density functional study of the mechanical and phonon properties of Al12X
(X = Mo, Tc, Ru, W, Re, and Os) compounds”, Ozisik, H; Deligoz, E; Colakoglu, K; et al., INTERMETALLICS Volume: 50 Pages: 1-7, July 2014
“Ag and Au atoms intercalated in bilayer heterostructures of transition metal
dichalcogenides and graphene”, Iyikanat, F.; Sahin, H.; Senger, R. T.; et al., APL
MATERIALS Volume: 2 Issue: 9 Article Number: 092801, September 2014
“Dependence of the electronic and transport properties of metal-MoSe2 interfaces on contact structures”, Cakir, D; Peeters, FM, PHYSICAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 24 Article Number: 245403, June 2014
“Angle-resolved synchrotron photoemission and density functional theory on the iridium modified Si(111) surface”, Oncel, N; Cakir, D; Dil, J. Hugo; et al., JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED
MATTER Volume: 26 Issue: 28 Article Number: 285501, July 2014
“Design and characterization of Bodipy derivatives for bulk heterojunction solar cells”, Kolemen, S; Cakmak, Y; Ozdemir, T; et al., TETRAHEDRON Volume: 70 Issue: 36 Pages: 6229-6234, September 2014
“Application of an all-speed implicit non-dissipative DNS algorithm
to hydrodynamic instabilities”, Yilmaz, I; Edis, FO; Saygin, H, COMPUTERS & FLUIDS Volume: 100 Pages: 237-254, September 2014
“Assessment on lattice thermal properties of two-dimensional honeycomb
structures: Graphene, h-BN, h-MoS2, and h-MoSe2”, Sevik, C., PHYSICAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 3 Article Number: 035422, January 2014
“Bimetallic
two-dimensional
28 www.truba.gov.tr
PtAg
coverage
on
h-BN
substrate:
“Computational Insight into the Explosive Detection Mechanisms in Silafluorene- and Silole-Containing Photoluminescent Polymers”, Dedeoglu, B; Ayiyente, V; Ozen, AS, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 118 Issue: 12 Pages: 6385-6397, March 2014
“DFT investigation of high temperature water gas shift reaction on chromium-iron mixed oxide catalyst”, Yalcin, O; Onal, I, INTERNATIONAL JOURNAL OF
HYDROGEN ENERGY Volume: 39 Issue: 34 Pages: 19563-19569, November 2014
“Doping of rhenium disulfide monolayers: a systematic first principles
study”, Cakir, D; Sahin, H; Peeters, FM, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Volume: 16 Issue: 31 Pages: 16771-16779, August 2014
“Dynamic hysteretic features of Ising-type thin films”, Aktas, BO; Akinci, U; Polat,
H, PHYSICAL REVIEW E Volume: 90 Issue: 1 Article Number: 012129, July 2014
YAYINLAR (2013-2014)
“Effects
of
silver
adatoms
on
the
electronic
structure of silicene”, Ersan, F.; Arslanalp, O.; Gokoglu, G.; et al., APPLIED SURFACE SCIENCE Volume: 311 Pages: 9-13, August 2014
“Formation and diffusion characteristics of Pt clusters on Graphene, 1H-MoS2
and 1T-TaS2”, Ozaydin, HD; Sahin, H; Senger, RT; et al., ANNALEN DER PHYSIK Volume: 526 Issue: 9-10 Special Issue: SI Pages: 423-429, October 2014
“Electrochromic properties of multicolored novel polymer synthesized
via combination of benzotriazole and N-functionalized 2,5-di(2-thienyl)-1H-pyrrole units”, Rende, E; Kilic, CE; Udum, YA; et al., ELECTROCHIMICA ACTA Volume: 138 Pages: 454-463, August 2014
“High pressure phase transitions in SnO2 polymorphs by first-principles calculations”, Erdem, I.; Kart, H. H.; Cagin, T., JOURNAL OF ALLOYS AND COMPOUNDS Volume: 587 Pages: 638-645, February 2014
“Electronic band structure and volume-dependent lattice dynamical properties of superconductor Sr (AlGe)”, Parlak, C, COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE Volume: 93 Pages: 201-205, October 2014
“Electronic structures and optical spectra of thin anatase TiO2 nanowires through hybrid density functional and quasiparticle calculations”, Unal, H; Gulseren,
O; Ellialtioglu, S; et al., PHYSICAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 20, May 2014
“Elucidation of Conformational States, Dynamics, and Mechanism of Binding in Human kappa-Opioid Receptor Complexes”, Leonis, G; Avramopoulos, A; Salmas, RE; et al., JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION
AND MODELING Volume: 54 Issue: 8 Pages: 2294-2308, August 2014
“Extent and distribution of aseismic slip on the Ismetpasa segment of the
North Anatolian Fault (Turkey) from Persistent Scatterer InSAR”, Cetin, E; Cakir, Z; Meghraoui, M; et al., GEOCHEMISTRY GEOPHYSICS GEOSYSTEMS Volume: 15 Issue: 7 Pages: 2883-2894, July 2014
“Ferromagnetism in stacked bilayers of Pd/C-60”, Ghosh, S.; Tongay, S.; Hebard, A. F.; et al., OURNAL OF MAGNETISM AND MAGNETIC MATERIALS Volume: 349 Pages: 128-134, January 2014
“A study of the density functional methods on the photoabsorption of Bodipy
dyes”, Unal, H; Gunceler, D; Mete, E, JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND
PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY Volume: 278 Pages: 14-18, March 2014
“Insights into surface-adsorbate interactions in corrosion inhibition processes at the molecular level”, Ozcan, M; Toffoli, D; Ustunel, H;
et al., CORROSION SCIENCE Volume: 80 Pages: 482-486, March 2014
“Intramolecular
excimer
formation
in
hexakis(pyrenyloxy)cyclotriphosphazene: photophysical properties, crystal structure, and theoretical investigation”, Yesilot, S; Cosut, B; Alidagi, HA; et al., DALTON TRANSACTIONS Volume: 43 Issue: 9 Pages: 3428-3433, 2014
“Ion responsive near-IR BODIPY dyes: two isomers, two different signals”, Ozdemir, T; Kostereli, Z; Guliyev, R; et al., RSC
ADVANCES Volume: 4 Issue: 29 Pages: 14915-14918, 2014
“Luminescence, Patterned Metallic Regions, and Photon-Mediated Electronic
Changes in Single-Sided Fluorinated Graphene Sheets”, Walter, AL; Sahin, H;
Jeon, K; et al., ACS NANO Volume: 8 Issue: 8 Pages: 7801-7808, August 2014
“Mechanical and thermal properties of h-MX2 (M = Cr, Mo, W; X = O, S, Se,
Te) monolayers: A comparative study”, Cakir, D; Peeters, FM; Sevik, C, APPLIED
PHYSICS LETTERS Volume: 104 Issue: 20 Article Number: 203110, May 2014
“Monolayer behaviour in bulk ReS2 due to electronic and vibrational decoupling”, Tongay, S; Sahin, H; Ko, C; et al., NATURE COMMUNICATIONS Volume: 5 Article Number: 3252, February 2014
TRUBA
29
YAYINLAR (2013-2014)
“Monolayers of MoS2 as an oxidation protective nanocoating material”, Sen, HS; Sahin, H.; Peeters, FM; et al., JOURNAL OF APPLIED
PHYSICS Volume: 116 Issue: 8 Article Number: 083508, August 2014
“Range-Separated Hybrid Density Functional Study of Organic Dye Sensitizers on
Anatase TiO2 Nanowires”, Unal, H; Gunceler, D; Gulseren, O; et al., JOURNAL OF
PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 118 Issue: 42 Pages: 24776-24783, October 2014
“Nanocrystal energetics via quantum similarity measures”, Balta, MIT; Kilic, C, MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND
ENGINEERING Volume: 22 Issue: 2 Article Number: 025009, March 2014
“Silicon-based counterpart of alpha-graphyne”, Akturk, E.; Gokoglu, G., PHYSICS LETTERS A Volume: 378 Issue: 18-19 Pages: 1313-1315, March 2014
“Odd-even effect in the potential energy of the self-assembled
peptide
amphiphiles”,
Tekin,
ED,
CHEMICAL
PHYSICS
LETTERS
Volume:
614
Pages:
204-206,
October
2014
“Solvent effects on free-radical copolymerization of styrene and 2-hydroxyethyl methacrylate: a DFT study”, Ozaltin, TF; Dereli, B; Karahan, O; et al., NEW
JOURNAL OF CHEMISTRY Volume: 38 Issue: 1 Pages: 170-178, January 2014
“Parallel implicit DNS of temporally-evolving turbulent shear layer instability”,
Yilmaz, I; Edis, FO; Saygin, H; et al., JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND
APPLIED MATHEMATICS Volume: 259 Pages: 651-659 Part: B, March 2014
“STATE-TO-STATE QUANTUM WAVE PACKET DYNAMICS OF THE
LiH plus H REACTION ON TWO AB INITIO POTENTIAL ENERGY SURFACES”, Gomez-Carrasco, S; Gonzalez-Sanchez, L; Bulut, N; et al., ASTROPHYSICAL JOURNAL Volume: 784 Issue: 1 Article Number: 55, March 2014
“Phonon scattering in graphene over substrate steps”, Sevincli,
H.;
Brandbyge,
M.,
APPLIED
PHYSICS
LETTERS
Volume: 105 Issue: 15 Article Number: 153108, October 2014
“Stereoselective propagation in free radical polymerization of acrylamides: A DFT study”, Kayik, G; Tuzun, NS, JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING Volume: 49 Pages: 55-67, April 2014
“Protective role of caffeic acid phenethyl ester on serum cholinesterase inhibition by
acute exposure to diazinon in rats”, Oguzhanoglu, E; Andac, AC; Tufek, A; et al., TURKISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES Volume: 44 Issue: 1 Pages: 115-120, 2014
“Switching Off the Charge Transfer and Closing the S-1-T-1 ISC Channel in Excited States of Quinolizinium Derivatives: A Theoretical Study”, Yalcin, S; Thomas, L; Tian, M; et al., OURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY Volume: 79 Issue: 9 Pages: 3799-3808, May 2014
“Quantum Dynamics of the Reaction H(S-2) + HeH+(X-1 Sigma(+)) -> H-2(+)
(X-2 Sigma(+)(g)) + He(S-1) from Cold to Hyperthermal Energies: Time-Dependent Wavepacket Study and Comparison with Time-Independent Calculations”, Gamallo, P; Akpinar, S; Defazio, P; et al., JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A Volume: 118 Issue: 33 Special Issue: SI Pages: 6451-6456, August 2014
“Quantum interference in thermoelectric molecular junctions: A toy model
perspective”, Nozaki, D; Avdoshenko, SM; Sevincli, H; et al., JOURNAL OF
APPLIED PHYSICS Volume: 116 Issue: 7 Article Number: 074308, August 2014
30 www.truba.gov.tr
“Synthesis, experimental spectra (IR & Raman and NMR), vibrational analysis
and theoretical DFT investigations of N-(5-(4-methylbenzoyl)-2-oxo-4-(4-methylphenyl)pyrimidine-1(2H)-yl)-4-methylbenzamide”, Aydin, L; Sahan, E;
Onal, Z; et al., SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND
BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY Volume: 129 Pages: 22-34, August 2014
“Synthesis, solvatochromic properties and theoretical calculation of some
novel disazo indole dyes”, Karabacak, C; Dilek, O, JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS Volume: 199 Pages: 227-236, November 2014
YAYINLAR (2013-2014)
“The Characterization, Stability, and Reactivity of Synthetic Calcium Silicate Surfaces from First Principles”, Durgun, E; Manzano, H; Kumar, PV; et al., JOURNAL OF
PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 118 Issue: 28 Pages: 15214-15219, July 2014
“Vibrational and thermodynamic properties of alpha-, ss-, gamma-, and 6, 6, 12-graphyne structures”, Perkgoz, NK; Sevik, C, NANOTECHNOLOGY Volume: 25 Issue: 18, May 2014
“The investigation of the solvent effect on coordination of nicotinato ligand with cobalt(II) complex containing tris(2-benzimidazolylmethyl) amine: A computational study”, Sayin, K; Karakas, D, JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE Volume: 1076 Pages: 244-250, November 2014
“Combined hybrid functional and DFT+U calculations for metal chalcogenides”, Aras, M; Kilic, C, J. Chem. Phys. 141, 044106, 2014
“The role of diisocyanate and soft segment on the intersegmental interactions in urethane and urea based segmented copolymers: A DFT
study”, Yildirim, E; Yurtsever, M, COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY Volume: 1035 Pages: 28-38, May 2014
“Theoretical spectroscopic study
rocyclic Schiff-base ligand”, Sayin,
CTROCHIMICA ACTA PART
LAR SPECTROSCOPY Volume:
of seven zinc(II) complex with macK; Kariper, SE; Sayin, TA; et al., SPEA-MOLECULAR AND BIOMOLECU133 Pages: 348-356, December 2014
“Three-dimensional structural topology optimization of aerial vehicles under aerodynamic loads”, Oktay, E; Akay, HU; Sehitoglu, OT.,
COMPUTERS & FLUIDS Volume: 92 Pages: 225-232, March 2014
“TYPE I ERROR RATE FOR TWO-SAMPLE TESTS IN STATISTICAL SHAPE ANALYSIS”, Ocakoglu, G; Ercan, I, HACETTEPE JOURNAL OF MATHEMATICS AND STATISTICS Volume: 43 Issue: 1 Pages: 141-152, February 2014
“Adsorption of Group-IV Elements on Graphene, Silicene, Germanene, Stanene: Dumbbell Formation”, Ozcelik VO; Kecik, D; Durgun, E; Ciraci, S, The Journal of Physical Chemistry C, 2014
“Synthesis of Colloidal 2D/3D MoS2 Nanostructures by Pulsed Laser Ablation in Organic Liquid Environment”, Oztas, T; Sen, HS; Durgun, E; Ortac, B, J. Phys. Chem. C.DOI: 10.1021/jp505858h, 2014
“Spontaneous High Piezoelectricity in Poly (vinylidene fluoride) Nanoribbons Produced by Iterative Thermal Size Reduction Technique.”, Kanik, M;
Aktas, O; Sen, HS; Durgun, E; Bayindir, M, ACS Nano 8, 9311-9323, 2014
“New Phases of Germanene”, Ozcelik, VO; Durgun, E; Ciraci, S, The Journal of Physical Chemistry Letters 5, 2694–2699, 2014
“The Characterization, Stability, and Reactivity of Synthetic Calcium Silicate Surfaces from First Principles”, Durgun, E; Manzano, H; Kumar, PV;
Grossman, JC, The Journal of Physical Chemistry C 118, 15214-15219, 2014
TRUBA
31
Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı
TÜBİTAK ULAKBİM
YÖK Binası B5 Blok
Bilkent, Ankara, 06539, Türkiye
Tel: +90-312-298 93 63
Fax: +90-312-266 51 81
e-Posta: [email protected]
http://www.truba.gov.tr
http://wiki.truba.gov.tr