Bornova/İZMİR - Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi

 Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi
Bitki Koruma Bölümü
Lisansüstü Seminerleri
(2015-2016 Bahar Yarı Yılı)
Seminer Özetleri
25 Mayıs 2016
Bornova/İZMİR
Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi
Bitki Koruma Bölümü
Lisansüstü Seminerleri
(2015-2016 Bahar Yarı Yılı)
Organizasyon Komitesi:
Prof. Dr. Enver DURMUŞOĞLU
Dr. Süleyman TÜRKSEVEN
Zir. Yük. Müh. Hasan BALCI
Seminer Özetleri
25 Mayıs 2016
Bornova/İZMİR
25 Mayıs 2016 Çarşamba
Seminer Özetleri
I. Oturum
Oturum Başkanı: Araş. Gör. Dr. Süleyman TÜRKSEVEN
0845
Çağrılı bildiri: Definition of IPM Related to the Control of Bacterial Diseases of Vegetable
Crops
Prof. Dr. Emilio STEFANI (Reggio Emilia Üniversitesi/Modena-İtalya) ...........................................................................
0920
Yararlı Endofitik Bakterilerin Patojen Endofitik Prokaryotlar Üzerine Etkileri
Zir. Müh. Ezgi BALCI (Prof. Dr. Hatice ÖZAKTAN) .....................................................................................................................1
0940
Eutypa Kanseri (Eutypa lata): Biyolojisi, Ekolojisi ve Hastalık Yönetimi
Zir. Müh. Emre BİÇER (Prof. Dr. Figen YILDIZ) .............................................................................................................................3
Bitki Koruma Ürünlerinin Formülasyon Tipleri ve Gelecekteki Yönelimler
1000
Zir. Müh. Pelin SAKIN (Prof. Dr. Necip TOSUN) ...............................................................................................................................5
II. Oturum
Oturum Başkanı: Araş. Gör. Dr. Firdevs ERSİN
1050
Hasat Sonrası Biyotik ve Abiyotik Faktörlerle Pestisitlerin Parçalanması
Zir. Yük. Müh. Burcu YAVUZ (Prof. Dr. Pervin KINAY TEKSÜR) ................................................................................7
1110
Böcekler ve Bitki Savunma Sistemleri
Zir. Yük. Müh. Agustin ZARKANI (Prof. Dr. Ferit TURANLI)
............................................................................................9
1130
Agroekosistemde Zararlıların Doğal Düşmanlarının Korunması Üzerine Yaklaşımlar
Zir. Yük. Müh. Muhammad H. KHAN (Prof. Dr. Zeynep YOLDAŞ) ........................................................................... 11
1150
Pamukta Zararlılara Karşı Dayanıklılık Islahı
Zir. Yük. Müh. Seher TANYOLAÇ (Prof. Dr. Ferit TURANLI)
........................................................................................ 13
III. Oturum
Oturum Başkanı: : Araş. Gör. Dr. Lalehan YOLAGELDİ
1330
DNA Dizileme Teknolojilerinin Tarihsel Gelişimi ve Bitki VirolojisindeKullanımı
Araş. Gör. Mehmet Zeki KIZMAZ (Prof. Dr. Semih ERKAN) ........................................................................................... 15
1350
Yeni Nesil Sekanslama Yöntemlerinin Bitki Korumada Kullanım Olanakları
Zir. Yük. Müh. Ayşe ÇANDAR (Prof. Dr. Mustafa GÜMÜŞ) ............................................................................................... 17
1410
Domates ve Biber Bitkilerinde Görülen Viroid Hastalıkları ve Yönetimi
Zir. Yük. Müh. Müge ERGÜN (Prof. Dr. Semih ERKAN) ....................................................................................................... 19
1430
Konukçu Patojen Etkileşiminde Programlı Hücre Ölümünün Rolü ve Regülasyonu
Araş. Gör. Sercan PAZARLAR (Yrd. Doç. Dr. Nedim ÇETİNKAYA) ......................................................................... 21
I EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Yararlı Endofitik Bakterilerin Patojen Endofitik Prokaryotlar Üzerine Etkileri
Effect of Beneficial Endophytic Bacteria to Pathogenic Plants Prokaryotes
Zir. Müh. Ezgi BALCI
Prof. Dr. Hatice ÖZAKTAN
[email protected]
Bitkilerde herhangi bir hastalık belirtisi oluşturmaksızın bitki hücresi içinde ya da hücreler
arası boşluklarda yaşayan Endofitik Bakteriler (EB) konukçusuyla biyokimyasal ve moleküler
etkileşim içinde organizmalardır. Son yıllarda, bitki patojeni prokaryotları engellemek ve
verim artırmak üzere bu EB’lerin kullanımı sentetik pestisitlere ve gübrelere karşı daha
sürdürülebilir bir alternatif olarak görülmektedir. Bitki patojeni prokaryotlar ise, ksilem ve
floemde yaşayan bakteriler ve fitoplazmaları içine alan geniş bir mikroorganizma topluluğunu
kapsamaktadır. Bunlar genelde bitkilerin içsel dokularında yaşadıkları için mücadelesi
oldukça güçtür. EB’ler de aynı ekolojik niche’i paylaştıkları için yer/besin rekabeti ve
dayanıklılığın uyarılması yoluyla bu hastalık etmenleri için alternatif bir mücadele olanağı
sunmaktadır. Bu seminerde bitkilerde endofitik olarak yaşayan ve hastalığa neden olan önemli
bitki patojeni prokaryotlara karşı yararlı EB’lerin kullanıldığı biyolojik mücadele
çalışmalarından örnekler verilecektir.
Anahtar kelimeler: Prokaryotlar, Fitoplazma, Endofitik Bakteriler
Keywords: Prokaryotes, Phytoplasma, Endophytic Bacteria
1 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. ENDOFİT BAKTERİLER
2.1. Endofit Bakteri Tanımı
2.2. Yararlı Endofitik Bakteriler
2.2.1. Yararlı endofitik bakteri türleri
2.2.2. Yararlı endofitik bakterilerin etki mekanizması
2.3. Patojen Endofitik Bakteriler
2.3.1. Endofitik patojen türleri ve etki mekanizmaları
i. Agrobacterium vitis
ii. Candidatus liberibacter
iii. Ralstonia solanacearum
iv. Acidovorax citrulli
v. Xylella fastidiosa
vi. Pseudomonas syringae pv. actinidae
vii. Pseudomonas syringae pv. syringae / P.syringae pv.morsprunorum
viii. Erwinia amylovora
ix. Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis
x. Curtobacterium fasciens
xi. Candidatus Phytoplasma
3. ENDOFİTİK PATOJEN BAKTERİLERE KARŞI BİYOLOJİK
MÜCADELE KONUSUNDA ÖRNEKLER
KAYNAKLAR DİZİNİ
Antoun, H., Beauchamp, C.J., Goussard, N., Chabot, R., Lalande, R., 1998. Potential of Rhizobium and
Bradyrhizobium species as plant growth promoting rhizobacteria on nonlegumes: effect on radishes
(Raphanussativus L.). Plant Soil, 204, 57–67.
Bora, T. ve H. Özaktan. 1998. Bitki Hastalıklarıyla Biyolojik Savaş, Prizma Matbaası, İzmir, 205s.
Buscot, F., 2005. What are soils? .In Buscot, F., Varma, S. (Ed.), Microorganisms in soils: roles in genesis
and functions (3- 18). Springer-Verlag, 444s., Heidelberg, Germany.
Bowen, G.D., Rovira, A.D., 1999. The rhizosphere and its management to improve plant growth. Advances in
Agronomy, 66, 1–102.
Kennedy, A.C., 1998. The rhizosphere and spermosphere. In Sylvia, D. M., Fuhrmann, J. J., Hartel, P. G.,
Zuberer, D. A. (Ed.), Principles and applications of soil microbiology (389–407). Upper Saddle River, 550s.,
New Jersey: Prentice Hall.
2 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Eutypa Kanseri (Eutypa lata): Biyolojisi, Ekolojisi ve Hastalık Yönetimi
Eutypa Cancer (Eutypa lata): Biology, Ecology and Disease Management
Zir. Müh. Emre BİÇER
[email protected]
Prof. Dr. Figen YILDIZ
Bağ yetiştiriciliği, ülkemizde üreticilerin önemli bir geçim kaynağıdır. Üzüm, hem iç pazarda
ve hem de ihracatta, ülke ekonomisinde önemli bir yer tutmaktadır. Bağlarda görülen fungal
hastalıklar arasında, yakın tarihlerde yapılan araştırmalarda tespit edilen ''Eutypa kanseri'',
Eutypa lata (Per: Fr) Tul & C. Tul. Ascomycetes sınıfında yer alan bir patojendir. İlk olarak
1863 yılında saptanmıştır. Ülkemizde hastalık etmeni ilk olarak 1983 yılında Onoğur ve Atilla
tarafından, İzmir civarındaki 15 yaşındaki ''Perlette'' çeşidi asmadan izole edilmiş ve
duyurulmuştur. Hastalık etmeni genellikle budama yaralarından bitkiye giriş yapmaktadır.
Patojen, giriş tarihinden yaklaşık 2-3 yıl sonra görülmeye başlamakta ve iletim demetlerindeki
tıkanma sonucunda, özden dışa doğru ''V'' şeklinde gelişen nekrotik bir alan ile karakterize
edilmektedir. Bu belirti biçimi, etmeni diğer fungal hastalıklardan ayırt eden bir özellik
göstermektedir. Eutypa lata, konukçusu olduğu asmada gövde ve sürgünlerdeki belirtileri ile
takip edilebilmektedir. Ülkemizde, iklim değişikliği ve sulama olanaklarının giderek artması
nedeniyle, hastalık etmeninin ekolojik istekleri sağlandığı için birçok bağ alanında sıkça
görülmektedir. Eutypa lata ile mücadele öncelik, kültürel önlemlere verilmesine rağmen bunu
destekleyici kimyasal mücadele yöntemleri de denenmiş ve başarıya ulaşılmıştır. Hastalık
etmeni ile biyolojik mücadele çalışmalarında, birçok bakteri ve fungusun baskılayıcı etkileri
de ortaya konmuştur.
Anahtar kelimeler: Eutypa lata, Ascomycetes, Bağ
Keywords: Eutypa lata, Ascomycetes, Vineyard
3 İÇİNDEKİLER
1. EUTYPA LATA : TAKSONOMİSİ
2. EUTYPA LATA : GENEL ÖZELLİKLERİ
2.1. Biyolojisi ve Yaşam Döngüsü
2.2. Ekolojisi
2.3. Hastalık Belirtileri ve Virülensliği
2.4. Konukçuları, Zarar ve Ekonomik Kayıplar
3. EUTYPA LATA : HASTALIK YÖNETİMİ
3.1. Mekanik ve Kültürel Mücadele Yöntemleri
3.2. Kimyasal Mücadele Yöntemleri
3.3. Biyolojik Mücadele Yöntemleri
KAYNAKLAR DİZİNİ
ARI, M., A. KAPKIN, 1992. Ege Bölgesi Bağlarında Eutypa Hastalığı [Eutypa lata (Per: Fr)
Tul & C. Tul.] Üzerinde Ön Çalışmalar.
HALLEEN, F., FOURIE, P.H., LOMBARD, P. 2010. Protection of Grapevine Pruning
Wounds against Eulypa lata by Biological and Chemical Methods.
ONOĞUR, E., A. ATİLLA, 1983. Eutypa-Absterben an Weinreben in der Türkei. J. Turkish
Phytopath., 12 (1): 45-46
ONOĞUR, E., 1986. Bağlarda yeni bir hastalık etmeni: Eutypa armeniacae Dört Mevsim, Yıl
3, sayı 4, 26-27
PEROS,JP.,BERGE,G., 1994. A rapid method to assess the aggressiveness of Eutypa lata
isolates and the susceptibility of grapevine cultivars to Eutypa dieback., 515-523
4 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Bitki Koruma Ürünlerinin Formülasyon Tipleri ve Gelecekteki Yönelimler
Formulation Types of Plant Protection Products and Future Trends
Zir. Müh. Pelin SAKIN
[email protected]
Prof. Dr. Necip TOSUN
Bitki koruma ürünleri çok nadiren sadece saf teknik madde içerirler. Sentezlenen herhangi bir
bitki koruma ürünü aktif maddesi bir kaç istisna dışında, doğrudan kullanılmaz. Aktif
maddenin mutlaka birtakım yardımcı maddeler ve dolgu maddeleriyle formüle edilip preparat
haline getirilmesi gerekir. Hastalık, zararlı ve yabancı otları daha etkili, daha ekonomik, insan
ve çevre sağlığına daha az zararlı olacak şekilde kontrol etmek için biyolojik etkinliği olan bir
veya birkaç maddenin yardımcı maddelerle yapılan fiziksel karışımına “formülasyon” denir.
Formülasyonun türü, aktif maddenin kimyasal yapısına ve kullanım amacına bağlı olarak
değişebilir. Örneğin, tohum uygulamalarında kullanılan formülasyon tipleri diğerlerinden
farklıdır. Ayrıca, preparatın taşıma, depolama ve uygulama özelliklerini iyileştirebilir, daha da
önemlisi etkililiğini ve güvenliğini etkileyebilir. Örneğin, kalıntı açısından
değerlendirildiğinde hasat aralıkları, aynı etken maddenin farklı formülasyonları aynı bitki
türüne uygulandığında farklı olabilmektedir. Diğer yandan, formülasyon tipi, farklı
formülasyonların bir arada uygulandığı tank karışımlarında etkililiği doğrudan
etkileyebilmektedir. Belli başlı formülasyon tipleri; emülsiyon konsantre (EC), toz ilaçlar
(DUST), ıslanabilir toz (WP), solüsyonlar (SL), süspansiyon konsantre (SC), süspansiyon
emülsiyonlar (SE), suda yağ emülsiyonları (EW), ıslanabilir granül (WG), mikro
emülsiyonlar (ME), kapsül süspansiyonlar (CS)’dır. Gelecekteki yönelimler ise; tabletler,
jeller, PVA ambalajlar, polimerlerle birleşme, biyolojik olarak parçalanabilen polimerlerle
birleşme, tohum kaplama ve biyolojik pestisitler olabilir.
Anahtar kelimeler: Katı Formülasyonlar, Sıvı Formülasyonlar, Yayıcı Yapıştırıcılar
Keywords: Solid Formulation, Liquid Formulation, Adjuvants
5 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. FORMULASYONLARIN TARİHSEL GELİŞİMİ
3. BİTKİ KORUMA ÜRÜNLERİNİN FORMÜLASYON TİPLERİ
3.1. Katı Formülasyon Tipleri
3.2. Sıvı Formülasyon Tipleri
4. FORMÜLASYONLARIN İLAÇLAMANIN BAŞARISINA ETKİSİ
4.1. Formülasyonların Tank Karışımlarına Etkisi
4.2. Formülasyonların Kalıntıya Etkisi
4.3. Yayıcı Yapıştırıcıların Rolü
5. FORMÜLASYONLARDA YENİ TRENDLER
6. SONUÇ
KAYNAKLAR DİZİNİ
Anonymous, 1991. “Formulations”. Applying Pesticides Correctly – A Guide for Private and
Commercial Applicators, revised, The Ohio State University and Information Impact;
Extension Service, USDA; and Office of Pesticide Programs, EPA. Pgs. 31 – 37. Anonymous, 2000, “Arizona Agricultural Pesticide Applicator Training Manual,” College of
Agriculture and Life Sciences, The University of Arizona, Tucson, Arizona, 85721.
Anonymous, 2012, CIPAC, Catalouge of Pesticide Formulation Types and International
Coding System, Technical monograph No2, 6th Edition, Croplife International
www.cipac.org/cumindex/formcode-right.htm (Erişim tarihi: 12.04.2016)
Anonymous, 2015, Bitki Koruma Ürünleri ve Pestisit Kalıntıları, Gıda Tarım ve Hayvancılık
Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü Bitki Sağlığı Araştırmaları
Daire Başkanlığı, S. 187
Ware, G.W.and Whitacre, D.M., 2004, The Pesticide Book. 6th Ed. MeisterPro Information
Resources. Willoughby, OH. P 488
6 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Hasat Sonrası Biyotik ve Abiyotik Faktörlerle Pestisitlerin Parçalanması
Degradation of Pesticides with Biotic and Abiotic Factors After Postharvest
Zir. Yük. Müh. Burcu YAVUZ
[email protected]
Prof. Dr. Pervin KINAY TEKSÜR
Bitkisel üretimde zararlılar, patojen organizmalar ve yabancı otlara karşı en yaygın olarak
pestisitler kullanılmaktadır. Ancak son yıllarda yanlış dozlarda ve uygunsuz zamanlarda
uygulanan ilaçlama programları sayesinde pestisitlerin neden olduğu hasat sonrası kalıntı
problemi artmaktadır. Pestisitlerin çevreye ve sağlık açısından neden olduğu etkileri azaltmak
pestisitlerin parçalanma (degradasyon) yolları araştırılmaktır. Pestisit parçalanması, pestisit
moleküllerinin daha basit ve genellikle daha az toksik bileşiklere bozulmasıdır. Bu
parçalanma işlemi ise en çok biyotik (Mikrobiyolojik parçalanma; maya, bakteri vb.) ve
abiyotik (kimyasal parçalanma; ozon uygulamaları) faktörler ile olmaktadır. Mikrobiyolojik
parçalanma; pestisitleri besin maddesi olarak kullanan maya, bakteri ve diğer
mikroorganizmalar vasıtası ile meydana gelen parçalanmadır. Nem, sıcaklık, pH,
havalandırma ve organik madde miktarı mikrobiyolojik çoğalmayı veya aktiviteyi doğrudan
etkilemektedir. Ozon ise üç oksijen atomundan doğal olarak meydana gelen çok yüksek
reaksiyon yeteneğine sahip ilk defa 1840 yılında bulunan bir oksijen formudur. Hasat sonrası
ozon uygulamaları ozonlu suya daldırma ve ozon atmosferinde depolama şeklinde
gerçekleştirilmektedir. Ozon pestisit ve klorlanmış ürünlerde gözlenen yapılar gibi kimyasal
kalıntıları parçalama özelliğine sahiptir.
Anahtar kelimeler: Pestisit, Parçalanma, Hasat Sonrası
Keywords: Pesticide, Degradation, Postharvest
7 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. PESTİSİTLER VE GENEL ÖZELLİKLERİ
3. PESTİSİTLERİN HASAT SONRASI CANLILAR ÜZERİNDEKİ OLUMSUZ
ETKİLERİ
4. PESTİSİTLERİN PARÇALANMA YOLLARI
4.1. Biyotik Parçalanma (Mayalar)
4.2. Abiyotik Parçalanma (Ozon Uygulamaları)
5.SONUÇ
KAYNAKLAR DİZİNİ
Dığrak, M. ve Özçelik, S., 1998, Bazı Pestisitlerin Saccharomyces Cerevisiae WET 136
Tarafından Parçalanması, Ekoloji Çevre Dergisi, 7 (28):16-19
Bizaj, E., Cus, F. and Raspor, P., 2011, Removal of Pyrimethanil and Fenhexamid from
Saccharomyces cerevisiae Liquid Cultures, Food Technol. Biotechnol., 49 (4) 474–480
Doosti, S., 2015, İmidaklopridin Gideriminde Rhodotorula mucilaginosa Kullanımı, Yüksek
Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 48s (yayımlanmamış).
Öztürkmen, Ö., 2005, Pestisitlerin Alcaligenes denitrificans ve Alcaligenes xylosoxidans İle
Mikrobiyal Bozunmasının Spektrofotometrik Tespiti, Yüksek Lisans Tezi, Çukuroca
Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 72s
8 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Böcekler ve Bitki Savunma Sistemleri
Insects and Plant Defense Mechanisms
Zir. Yük. Müh. Agustin ZARKANI
[email protected]
Prof. Dr. Ferit TURANLI
Böcek-bitki etkileşimi yeryüzünde yaşamın başlangıcı ile birlikte başlamıştır. Böceklerin
önemli bir bölümü bitkilerde beslenmelerine ve zarar yapmalarına rağmen ürettikleri savunma
salgıları ile bitkiler bunlara karşı koymaktadırlar. Sonuç olarak her ikisi kendilerini etkili
olarak savuna bilmekte ve dünya da varlıklarını korumaktadırlar. Bu çalışmada bitkiler ve
böcekler arasındaki savunma ilişkileri ve herbivor-doğal düşman etkileşimleri incelenmiştir.
Bitkilerdeki herbivorlara karşı savunma mekanizması genel olarak doğrudan ve dolaylı olmak
üzere iki grup altında incelenmektedir. Herbivorları bitkilerde beslenmesini doğrudan
engellemede dikenler, tüyler, trikhomlar vaks tabakası gibi fiziksel bariyerler rol
oynamaktadır. Bu konudaki kimyasal engelleyicilere ise sekonder metobolitleri, besin
maddesi eksikliği ile kaçırıcı veya zehir etkili özel savunma proteinlerini örnek verebiliriz.
Dolaylı savunma mekanizmasında ise bitkiler doğal düşmanlara barınak ve onlar için nektar
sağlayarak kendilerine cezbederler ve onların kendilerini fitofag böceklerden korumalarını
sağlarlar. Savunmayı bitki hücresinin çekirdeği yönetmektedir. Çekirdek, mekanik zarar
sonrası gelen uyarılarına, herbivorların beslenme salgılarına, bitki sinyallerine ve patojen
kaynaklı salgılara karşı oluşturulacak salgıları ve tepkileri yönetir. Bununla birlikte
herbivorlara karşı bitki savunması bazen adaptasyonlar, mikrobial simbiyontlar ve
konukçudaki değişimler sonucunda işlevini kaybetmektedir. Diğer taraftan herbivorlar
gizleme, taklit, davranışsal ve mekanik-kimyasal tepkiler, bağışıklık ve toplu savunma
stratejileri gibi davranışlar ile predatörler ile baş etmeye çalışmaktadır. Doğal düşmanlardan
parazitoitler yumurtalarını konukçunun immun sistem kaynaklı savunmasından korumak için
mikrobial simbiyontları kullanmaktadırlar. Predatörler ise daha çok avlarını yakalamak için
taklit yeteneklerini kullanırlar. Doğal yaşam içinde bu etkileşimler düzenli bir ahenk içinde
devam ederken güçsüz veya adaptasyon yeteneği düşük olan türler yok olur ve sonuç olarak
tür çeşitliliği azalmış olur.
Anahtar kelimeler: Böcek-Bitki Etkileşimi, Savunma, Doğal Düşman
Keywords: Insect-Plant Interactions, Defense, Natural Enemy
9 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. BİTKİLERİN
HERBİVORLARA
KARŞI
KENDİLERİNİ
MEKANİZMALARI
2.1. Doğrudan Savunma
2.2. Dolaylı Savunma
3. HERBİVORLARIN
BİTKİLERE
KARŞI
KENDİLERİNİ
MEKANİZMALARI
3.1. Mekanik Adaptasyon
3.2. Biyokimyasal Adaptasyon
3.3. Davranışsal Adaptasyon
3.4. Konukçu Adaptasyon
3.5. Simbiyontlar
4. HERBİVORLARIN DOĞAL DÜŞMANLARA KARŞI KENDİLERİNİ
MEKANİZMALARI
4.1. Gizleme veya Kamufle
4.2. Taklik veya Benzerlik
4.3. Davranışsa Yanıtlar
4.4. Mekanik Savunmalar
4.5. Kendi Kendini Kesme
4.6. Kimyasal Savunma
4.7. Grubu Savunma
4.8. Bağışıklık
4.9. Fenotipik Elastiklik
5. DOĞAL DÜŞMANLARIN HERBİVORLARA KARŞI KENDİLERİNİ
MEKANİZMALARI
5.1. Simbiyont
5.2. Peckhamian Benzerliği
6. SONUÇ
SAVUNMA
SAVUNMA
SAVUNMA
SAVUNMA
KAYNAKLAR
Chanam, J., Sheshshayee, M.S., Kasinathan, S., Jagdeesh. A., Joshi, K.A., and Borges, R.M., 2014,
Nutritional benefits from domatia inhabitants in an ant-plant interaction: interlopers do pay the rent, Functional
Ecology, 28:1107–1116 pp.
Dicke, M., 2015, Herbivore-induced plant volatiles as a rich source of information for arthropod predators:
fundamental and applied aspects, Journal of the Indian Institute of Science, 95:35–42 pp.
Freeman, S., Sharon, M., Dori-Bachash, M., Maymon, M., Belausov, E., Maoz, Y., and Margalit, O., 2016,
Symbiotic association of three fungal species throughout the life cycle of the ambrosia beetle Euwallacea nr.
fornicatus, Symbiosis, 68:115–128 pp.
Gish, M., De Moraes, C.M., and Mescher, M.C., 2015, Herbivore-induced plant volatiles in natural and agricultural
ecosystems: open questions and future prospects, Current Opinion in Insect Science, 9:1–6 pp.
Gordon, O.G.U.S., Wratten, S.D., Jonsson, M., Simpson, M., and Hale, R., 2013, “Attract and reward”:
Combining a herbivore-induced plant volatile with floral resource supplementation – Multi-trophic level effects,
Biological Control, 64:106–115 pp.
Miura, K., and Ohsaki, N., 2015, The cost of autotomy caused by the parasitoid fly Blaesoxipha japonensis
(Diptera: Sarcophagidae): an interspecific comparison between two sympatric grasshopper host species,
Ecological Research, 30:33–39 pp.
Paré, P.W., and Tumlinson, J.H., 1999. Plant volatiles as a defense against insect herbivores, Plant
Physiology, 121:325–332 pp.
Ritter, C., de Mol, F., Richter, E., Struck, C., and Katroschan, K-U., 2016, Antipredator behavioral traits of some
Agriotes wireworms (Coleoptera: Elateridae) and their potential implications for species identification, Journal of
Insect Behavior, 29:214–232 pp.
Schiestl, F.P., Kirk, H., Bigler, L., Cozzolino, S., and Desurmont, G.A., 2014, Herbivory and floral signaling:
phenotypic plasticity and tradeoffs between reproduction and indirect defense, New Phytologist, 203:257–266
pp.
Sobhy, I.S., Erb, M., and Turlings, T.C., 2015, Plant strengtheners enhance parasitoid attraction to herbivoredamaged cotton via qualitative and quantitative changes in induced volatiles: Treating cotton with plant
strengtheners enhances its attractiveness to parasitoids, Pest Management Science, 71:686–693 pp.
Tsurui, K., Narita, S., Iwatani, Y., and Honma, A., 2014, Change in take-off elevation angle after limb
autotomy mitigates the reduction in jumping distance in rice grasshoppers Oxya yezoensis: Effects of autotomy
on jumping tactics, Entomological Science, 17:181–190 pp.
Züst, T., and Agrawal, A.A., 2016, Mechanisms and evolution of plant resistance to aphids, Nature Plants,
2(1):1-9 pp.
10 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Agroekosistemde Zararlıların Doğal Düşmanlarının Korunması Üzerine Yaklaşımlar
Approaches to Conserve Natural Enemies of Pests in Agro-Ecosystem
Zir. Yük. Müh. Muhammad Humayoon Khan
[email protected]
Prof. Dr. Zeynep YOLDAŞ
Doğal düşmanların korunması, doğal düşmanlara zararlı olan uygulamalardan tamamen
kaçınılması veya bunların değiştirilmesi, yararlılara zararı olmayan uygulamaların
kullanılması anlamına gelir. Pestisitler, doğrudan öldürerek ya da ölümcül olmayan yan
etkilere yol açarak doğal düşmanların etkinliğini azaltabilir. Ancak doğal düşmanların varlığı
pestisit kullanımına rağmen arttırabilir. Doğal düşmanlar ile uyumlu olan pestisitlerin
kullanılması veya formüle edilmesi ile ve uygulama yolları değiştirilerek doğal düşman
popülasyonları kurtarılabilirler. Pestisitlerin zararlarının azaltılması için en etkili yol geniş
spektrumlu pestisitler yerine kültürel önlemler, tuzaklar, çiftleşmeyi engelleme gibi
biyoteknik yöntemler, alternatif mücadele yöntemleri kullanılmaktadır. Doğal düşmanların
korunması için bir başka önemli faktör doğal yaşam ortamının korunmasıdır. Üreticiler genel
olarak yüksek miktarda üretim elde edebilmek için üretim aşamalarında doğal düşmanları
yeterli ölçüde dikkate almamaktadırlar. Bu nedenle, bazı durumlarda bitkiler doğal düşmanlar
açısından olumsuz bir konum haline gelebilmektedirler. Doğal yaşam ortamını parazitoit ve
predatörler için daha uygun hale getirerek bu durum düzeltilebilir. Doğal düşmanlara uygun
olan örtü bitkilerin yetiştirilmesi, toprak işlememe, malçlama, şerit hasat, üretim alanlarının
yakınında veya içinde nektarca zengin çiçekli bitkilerin ve alternatif konukçular sağlayan
bitkilerin ekimi, yapay besin takviyelerinin sağlanması ile doğal düşmanların popülasyonunu
ve etkinliklerini arttırabilmektedir.
Anahtar kelimeler: Doğal Düşmanlar, Koruma Şeklinde Biyolojik Savaş, Doğal Yaşam
Ortamı
Keywords: Natural Enemies, Conservative Biological Control, Natural Living Environment
11 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. DOĞAL DÜŞMANLARIN PESTİSİTLERDEN KORUNMASI
3. DOĞAL YAŞAM ORTAMININ İŞLENEREK DEĞİŞTİRİLMESİ İLE DOĞAL
DÜŞMANLARININ KORUNMASI
3.1. Doğal düşmanlara uygun olan bitkilerin yetiştirilmesi
3.2. Doğal düşmanlara fiziksel olarak zarar veren arazi koşulları
3.3. Üretim alanlarına doğal düşmanlar için besin eklenmesi
3.4. Konukçu yokluğu ve sağlanması
4. DOĞAL DÜŞMANLARI ETKİLEYEN DİĞER UYGULAMALAR
5. SONUÇ
KAYNAKLAR DİZİNİ
Croft, B.A., 1976, Establishing insecticide-resistant phytoseiid mite predators in deciduous tree fruit
orchards. Entomophaga 21: 383–99.
DeBach, P., 1958, Application of ecological information to control citrus pests in California.
Proceedings of the Xth International Congress of Entomology 3: 187-94.
Duso, C., 1992, Role of Amblyseius aberrans (Oud.), Typhlodromus pyri Scheuten and Amblyseius
andersoni (Chant) (Acari: Phytoseiidae) in vineyards. Journal of Applied Entomology 114: 455–62.
Fournier, D., Pralavorio, M., Coulon, J., and Berge, J.B., 1988, Fitness comparison in Phytoseiulus
persimilis strains resistant and susceptible to methidathion. Experimental and Applied Acarology5:
55–64.
Gage, S.H. and Haynes, D.L., 1975, Emergence under natural and manipulated conditions of
Tetrastichusjulis, an introduced larval parasite of the cereal leaf beetle, with reference to regional
population management. Environmental Entomology4: 425–35.
Girolami, V., Borella, E., Di Bernardo, A., and Malagnini, V., 2000, Positive influence on phytoseiid
mites of allowing the grassy interrow to flower.Informatore Agrario 56:71–3.
Hagen, K.S. and van den Bosch, R., 1968, Impact of pathogens, parasites, and predators on aphids.
Annual Review of Entomology13:325–84.
Hagen, K.S. and van den Bosch, R., 1968, Impact of pathogens, parasites, and predators on
aphids. Annual Review of Entomology13:325–84.
Pickett, C.H. and Bugg, R.L., 1998, Enhancing Biological Control, Habitat Management to Promote
Natural Enemies of Agricultural Pests. University of California Press, Berkeley, CA.
12 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Pamukta Zararlılara Karşı Dayanıklılık Islahı
Resistance Breeding Against to Pests on Cotton
Zir. Yük. Müh. Seher TANYOLAÇ
[email protected]
Prof. Dr. Ferit TURANLI
Pamuk bitkisi (Gossypium hirsitum L. (Malvales: Malvaceae), dünya ekonomisinde olduğu
gibi ülkemizde de katma değeri yüksek olan endüstri bitkileri arasında yer almaktadır. Pamuk
bitkisinin tüm gelişme dönemlerinde çeşitli zararlılar bulunmaktadır ve bu zararlılarla
mücadele edilmediğinde önemli verim kayıplarına neden olmaktadır. Pamuk yetiştiriciliğinde
maliyetin büyük bir kısmı kimyasal mücadele için harcanmaktadır. Ayrıca gereksiz insektisit
kullanımı çevre ve insan sağlığını olumsuz yönde etkilemekte, zararlılarda dayanıklılık
sorunlarına neden olmaktadır. Zararlılara karşı daha az ilaçlamanın yapılacağı dayanıklı
pamuk çeşitlerinin kullanılması, entegre zararlı yönetiminde önemli rol oynamakta ve
ekonomik, etkin bir yaklaşım olarak düşünülmektedir. Islahçılar, doğada bulunan yerli
çeşitlerin genetik değişkenliklerinden yararlanarak seleksiyon yöntemi ile melezlemeler
yapmakta yeni rekombinasyonlar geliştirmektedir. Pamuk çeşitlerinin morfolojik ve
biyokimyasal özellikleri klasik ıslahda kullanılarak zararlılara karşı dayanıklı çeşitler
geliştirilmektedir. Zararlılar ve çevresel stresden kaynaklanan kayıplardan pamuk bitkisinin
genetik verim potansiyelinin % 60’ı değerlendirilebilmektedir. Bu nedenlerden meydana
gelen kayıpları en aza indirmek amacıyla çoklu dayanıklılık sistemi geliştirilmiştir.
Geliştirilen bu çoklu dayanıklılık hat ve çeşitler zararlılara karşı dayanıklı çeşit geliştirmede
değerlendirilmektedir. Günümüzde verim artışı sağlamak için klasik bitki ıslah programlarını
tamamlayan ve destekleyen biyoteknolojik yöntemler kullanılmaktadır. Rekombinant DNA
teknikleri sayesinde herhangi bir kromozom üzerindeki belirli bir genin belirli bir kısmı izole
edilerek zararlılara karşı dayanıklı bitkiler elde edilmiştir.
Anahtar kelimeler: Pamuk, Zararlılara Dayanıklılık, Dayanıklılık Islahı
Keywords: : Cotton, Resistant to Pest, Resistant Breeding
13 İÇİNDEKİLER
1.GİRİŞ
2. PAMUĞUN ÖNEMİ VE ZARARLILARI
3.BİTKİ ISLAHI VE DAYANIKLILIK ISLAHI
3.1.Zaralılara Karşı Dayanıklılıkta Klasik Islah Çalışmaları
3.2. Morfolojik Dayanıklılık
3.3.Biyokimyasal Dayanıklılık
4. ÇOKLU DAYANIKLILIK ISLAHI (MAR) VE ZARALILARA DAYANIKLILIKTA
KULLANIMI
5. BÖCEKLERE DAYANIKLILIKTA BİYOTEKNOLOJİ UYGULAMALARI
5.1.Böceklere Dayanıklılıkta Klasik Islah ve Biyoteknoloji Uygulamalarının
Karşılaştırılması
6. SONUÇ
KAYNAKLAR DİZİNİ
Acharya, V.S. and Singh, A.P., 2008, Biochemical Basis of Resistance in Cotton to The Whitefly, Bemicia
tabaci Genn., J. Cotton Res. Dev.22 (2) 195-199.
Arif, M.J., Ahmad, G., Zahid, M.R. and Jaffer, A.K., 2005, Role of Morpho Physical Plant Factors Imparting
Resistance in Cotton Against Thrips (Thrips tabaci Lind.).
Çetin, M.D., 2014, Pamukta Çoklu Dayanıklılık Sistemi (MAR) ‘Nin Gelişimive Kullanımı, Derim, 31 (2) 131143.
de Sousa,C.C., de Figueiredo , L.C., das Graças Medina Arrais, M., and., dos Santos Valente, S.E., 2015,
Genetic Map of Cotton with Moleculer Markers, American Journal of Plant Sciences 6: 289-297.
El- Zik, K.M., Thaxton P.M. and Segueria, R.A., 1991, Genetic Gains in Resistanceto Pest in the Mar
Germplasm. II. Insects, Beltwide Cotton Conferes, 43rd. Cotton Improvement Conference.P 545-549.
Hornbeck,J.M., and Bourland, F.M, 2007, Breeding and Genetics, The Journal of Cotton Science 11: 252-258.
Kannan, S.R and Kumar M., 2006, Leaf Trichome Density an Indicator of Jassid Tolerance in Cotton, Second
National Plant Breeding Congress,
Kumlay, A.M.,Dursun, A., 2003, Bitki Genetik Mühendisliği ve Ekonomik Öneme Sahip Bazı Bitkilerde
Genetik Mühendiliği Uygulamaları, Atatürk Üniv. Ziraat Fak. Derg., 34 (2), 209-216.
Papers Presented at a Technical Seminar at the 54th Plenary Meeting of the ICAC ,1995, New Sources of
Genetic Resistance to Cotton Pests , https://www.icac.org/meetings/plenary/ (Erişim tarihi: 25 Nisan 2016).
Rahman, S.U., Malik, T.A., and Malik, S.T., 2013, Tagging Genes for Velvet Hairness in Upland Cotton, The
Journal of Animal and Plant Sciences, 23 (6) 1666-1670.
14 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
DNA Dizileme Teknolojilerinin Tarihsel Gelişimi ve Bitki VirolojisindeKullanımı
Historical Development of DNA Sequencing Technologies and Their Usage in Plant
Virology
Arş. Gör. Mehmet Zeki KIZMAZ
[email protected]
Prof. Dr. Semih ERKAN
Nükleik Asitler (DNA ve RNA), bütün canlı hücrelerde ve diğer bazı yaşam formlarında
bulunan, nükleotid alt birimlerinden oluşmuş, canlılardaki tüm metabolik olayları yöneten ve
kalıtsal devamlılığı sağlayan moleküllerdir. Nükleik asit dizi analiz çalışmaları 1960’lı
yılların başlarında tRNA moleküllerinin dizilenmesiyle başlamıştır. Daha sonra rekombinant
DNA teknolojisindeki ilerlemeler sayesinde yeni teknikler keşfedilmiş ve DNA dizileme
teknikleri geliştirilmiştir. 1970’lerden itibaren Maxim&Gilbert ve Sanger&Coulson
teknikleri, 2004’ten sonra da yeni nesil olarak adlandırılan yüksek hacimli dizileme teknikleri
biyolojik çalışmalarda kullanılmaya başlanmıştır. Yeni nesil teknikler klasik tekniklere göre
daha hızlı, daha verimli ve daha ucuz olmaktadırlar. Nükleik asit dizi analizi, araştırma
konusu canlının gen yapısı ve genetik kontrol mekanizmaları hakkında birçok bilgi
edinmemizi sağlamaktadır.
Anahtar kelimeler: DNA Dizileme, RNA Dizileme, Yeni Nesil Dizileme
Keywords: DNA Sequencing, RNA Sequencing, Next-Generation Sequencing
15 İÇİNDEKİLER
1. NÜKLEİK ASİT DİZİLEMENİN TARİHSEL GELİŞİMİ
1.1. Nükleik asit dizileme ve kullanım alanları
1.2. Yeni nesil dizileme teknolojilerinden önceki süreç
1.3. İnsan genom projesi ve yeni nesil teknolojilerin doğuşu
2. YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİLERİ
2.1. Dizileme tekniklerinin sınıflandırılması
2.2. Dizileme tekniklerinin mekanizmaları
2.3. Dizileme tekniklerinin karşılaştırılması
2.4. Yeni nesil dizileme tekniklerinin maliyet değerlendirmesi
2.5. Yeni dizileme tekniklerinin geleceği
3. SONUÇ ve ÖNERİLER
KAYNAKLAR DİZİNİ
Fiers W., Contreras R. and Duerinck F., 1976. "Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA:
primary and secondary structure of the replicase gene". Nature 260 (5551): 500–7.
Maxam A.M. and Gilbert W., 1977. "A new method for sequencing DNA". Proc. Natl. Acad. Sci.
U.S.A. 74 (2): 560–4.
Sanger F. and Coulson A.R., 1975. "A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis
with DNA polymerase". J. Mol. Biol. 94 (3): 441–8.
Sanger F., Nicklen S. and Coulson A.R., 1977. "DNA sequencing with chain-terminating inhibitors". Proc.
Natl. Acad. Sci. U.S.A.74 (12): 5463–7.
Smith L.M., Sanders J.Z. and Kaiser R.J., 1986. "Fluorescence detection in automated DNA sequence
analysis". Nature 321 (6071): 674–9.
Richard W., Sergio G.P., Oliver J.M., Shlomo M., Dan S.T. and Andrew D.G., 2006. "Amplification of
complex gene libraries by emulsion PCR". Nature methods 3 (7): 545–550.
Braslavsky I., Hebert B., Kartalov E. and Quake S.R., 2003. "Sequence information can be obtained from
single DNA molecules". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (7): 3960–4.
Brenner S., Johnson M., Bridgham J., Golda G., Lloyd D.H., Johnson D., Luo S. and McCurdy S., 2000.
"Gene expression analysis by massively parallel signature sequencing (MPSS) on microbead arrays". Nature
Biotechnology (Nature Biotechnology) 18 (6): 630–634.
Mardis E.R., 2008. "Next-generation DNA sequencing methods". Annu Rev Genomics Hum Genet 9: 387–402.
16 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Yeni Nesil Sekanslama Yöntemlerinin Bitki Korumada Kullanım Olanakları
Opportunities to Use Next Generation Sequencing Techniques in Plant Protection
Zir. Yük. Müh. Ayşe ÇANDAR
[email protected]
Prof. Dr. Mustafa GÜMÜŞ
Bitki hastalıklarının moleküler anlamda aydınlatılması ve etmenlerin daha iyi şekilde ortaya
koyulabilmesi için moleküler biyoloji alanında yaşanan gelişmeler oldukça önemli
olmaktadır. Bahsedilen moleküler gelişmelerden bir tanesi de DNA dizi analizi yani
sekanslama tekniklerinde yaşanan ilerlemelerdir. Dizi analizinden daha yüksek verim
alabilmek adına geliştirilen yeni nesil sekanslama yöntemleri yüksek potansiyele sahip
yöntemler olduğundan günümüzde kullanılan en önemli teknolojilerden biri haline gelmekte
ve bitki koruma bilimine önemli katkılar sağlamaktadır. Araştırmacılara daha yüksek verim
ve önemli ölçüde hız kazandırma gibi avantajları bulunan yeni nesil sekanslama yöntemleri
dizileme yöntemine göre sentez aracılığıyla dizileme, ligasyon aracılığıyla dizileme ve son
olarak da tek molekül dizileme olmak üzere üç ana gruba ayrılmaktadır. Ticari firmaların
kendi isimlerini verdikleri metotlar bu 3 ana başlık altında toplanmaktadır. Lisansüstü seminer
çalışması olarak hazırlanan bu derlemede dizi analizinin dünü ve bugününe kısa bir bakış
yaptıktan sonra yeni nesil sekanslama yöntemleri ve bu yöntemlerin bitki koruma alanında
kullanım olanakları, ayrıca bitki koruma bilimine getirdiği yenilikler, avantajlar ve
dezavantajlar tartışılmıştır. Son olarak, yeni nesil sekanslama yöntemlerinin kullanıldığı bitki
koruma araştırmaları incelenmiştir.
Anahtar kelimeler: Yeni nesil sekanslama, DNA dizi analizi, bitki koruma
Keywords: Next generation sequencing, DNA sequencing, plant protection
17 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. DNA DİZİ ANALİZİNİN GELİŞİMİ
2.1. DNA Dizi Analizi Nedir?
2.2. Birinci Nesil Sekanslama Yöntemleri
2.3. İkinci Nesil Sekanslama Yöntemleri
3. YENİ NESİL SEKANSLAMA YÖNTEMLERİ
3.1. Sentez Aracılığıyla Dizileme
 Roche 454 GS Genom Dizileme, İllumina/Solexa Tekniği, İon Torrent
3.2. Ligasyon Aracılığıyla Dizileme
 ABI/SOLID, Complete Genomics/Polonator Sistem
3.3. Tek Molekül Dizileme
 Helicos Sistemi, Pasific Biosciences, Nanopor Dizileme, Life Technologies
VisiGen/Starlight, Optik Dizileme ve Haritalama, Single-molecule real-time DNA
sequencing (SMRT®), RNAP sequencing
4. YENİ NESİL SEKANSLAMANIN BİTKİ KORUMADA KULLANIMI
4.1. Bitki Hastalıklarıyla İlgili Çalışmalarda Kullanımı
4.2. Bitki Zararlılarıyla İlgili Çalışmalarda Kullanımı
4.3. Bitki Paraziti Yabancı Otlarla İlgili Çalışmalarda Kullanımı
5. YENİ NESİL SEKANSLAMANIN SAĞLADIĞI AVANTAJLAR
6. YENİ NESİL SEKANSLAMANIN DEZAVANTAJLARI
7. SONUÇ VE ÖNERİLER
KAYNAKLAR DİZİNİ
Adams, I.P., Rachel, H.G., Monger, W.A., Mumford, R., Jackeviciene, E., Navalinskiene, M., Sumuitiene,
M., and Boonham, N., 2009. Next-generation sequencing and metagenomic analysis: a universal diagnostic tool
in plant virology, Molecular Plant Pathology, 10 (4): 537–545.
Álvarez, A.M., 2004. Integrated approaches for detection of plant pathogenic bacteria and diagnosis of bacterial
diseases, Annual Review of Phytopathology, 42: 339-366.
Brautigam, A., and Gowik, U., 2010. What can next generation sequencing do for you? Next generation
sequencing as a valuable tool in plant research, Plant Biology, 12: 831–841.
Dönmez, D., Şimşek, Ö. ve Kaçar, Y. A., 2015. Yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ve bitkilerde kullanımı,
Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi, 8 (1): 30-37
Egan, A. N., Schlueter, J., and Spooner, M. D., 2012. Applications of next-generation sequencing in plant
biology, American Journal of Botany, 99 (2): 175–185.
Liu, L., Li, Y., Li, S., Hu, N., He, Y., Pong, R., Lin, D., Lu, L., and Law, M., 2012. Comparison of nextgeneration sequencing systems, Journal of Biomedicine and Biotechnology, Article ID 251364, pp. 11.
Mardis, E.R., 2008. Next-generation DNA sequencing methods, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 9: 387–
402.
Michiels, K., Van Damme, E.J. and Smagghe, G., 2010. Plant-insect interactions: what can we learn from
plant lectins?, Archives of Insect Biochemistry and Physiology, 73 (4): 193–212.
Quan, P.-L., Briese, T., Palacios, G., and Lipkin, W.I., 2008. Rapid sequence-based diagnosis of viral
infection, Antiviral Research, 79 (1): 1-5.
Rai, S., and Adams, I., 2013. Next generation sequencing as a plant disease diagnostic tool, Presented Poster at
FERA, York, YO411LZ , UK.
Sanger, F., Nicklen, S., and Coulson, A.R., 1977. DNA sequencing with chain- terminating inhibitors,
Proceedings of the National Academy of Sciences, 74: 5463-5467.
Tedeschi, R., 2012. DNA sequencing and crop protection, (61-84) DNA Sequencing Methods and Applications,
Anjana Munshi (Ed), Rijeka, Croatia, 174p.
Weiland, J.J., and Sundsbak, J.L., 2000. Differentiation and detection of sugar beet fungal pathogens using
PCR amplification of actin coding sequences and the ITS region of the rRNA gene, Plant Disease, 84 (4): 475482.
18 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Domates ve Biber Bitkilerinde Görülen Viroid Hastalıkları ve Yönetimi
Viroid Diseases of Tomato and Pepper and Their Management
Zir. Yük. Müh. Müge ERGÜN
muge [email protected]
Prof. Dr. Semih ERKAN
Domates (Solanum lycopersicum L.) ve biber (Capsicum annuum L.) dünya genelinde farklı
ekolojilerde yetiştirilebilen adaptasyon yeteneği yüksek sebze türleri olup insan
beslenmesinin vazgeçilmez bir parçasını teşkil etmektedir. Bu sebzelerde hastalıklara neden
olan viroidler, ssRNA içeren ve virüslerin aksine protein kılıfa sahip olmayan bilinen en
küçük bitki patojenleridir ve oldukça geniş konukçu dizisine sahiptirler. Viroidlerin bu sebze
türlerindeki ekonomik kayıpları genelde verim ve kalite üzerinedir. Viroidler enfekte ettikleri
bu ürünlerde değişik şiddet ve tipte kayıplara neden olabildikleri gibi, yayılma ve
epidemiyolojileri açısından da oldukça değişkenlik göstermektedir. Viroidlerin domates ve
biber bitkilerinde neden olduğu kayıplar, virüs hastalıklarına benzer şekilde, direk ve indirek
zararlar olarak tanımlanabilir. Bunlardan ilki, viroid tarafından tetiklenen enfeksiyondur.
Direk etki verim ve ekonomik kayıp olarak ölçülebilmekte ve viroide, konukçu bitkiye,
zaman ve çevreye göre değişebilmektedir. Diğeri ise, viroidin varlığı ve yayılıp epidemi
oluşturma özelliğidir. Önemli ekonomik kayıplara neden olabilen viroid hastalıkları ile
mücadele yöntemleri ise, sertifikalı üretim materyali kullanımı, vektörlerle mücadele ve
dayanıklı çeşit kullanımıdır.
Anahtar kelimeler: Viroid Hastalıkları, Domates, Biber
Keywords: Viroid Diseases, Tomato, Pepper
19 İÇİNDEKİLER
1. GİRİŞ
2. VİROİDLER, ÖZELLİKLERİ VE EKONOMİK ÖNEMLERİ
3. DOMATES BİTKİLERİNDE ENFEKSİYON OLUŞTURAN VİROİDLER
3.1. Potato spindle tuber viroid
3.2. Mexican papita viroid
3.3. Tomato apical stunt viroid
3.4. Tomato chlorotic dwarf viroid
3.5. Tomato planta macho viroid
3.6. Citrus exocortis viroid
3.7. Columnea latent viroid
4. BİBER BİTKİLERİNDE ENFEKSİYON OLUŞTURAN VİROİDLER
4.1. Potato spindle tuber viroid
4.2. Pepper chat fruit viroid
5. VİROİD HASTALIKLARININ YÖNETİMİ
KAYNAKLAR DİZİNİ
Hadidi, A., Flores, R., Randles, J.W. and Semancik, J.S.. 2003, Viroids. CSIRO
Publishing, Avusturalya, 370 pp.
Matthews, R.E.F., 1991, Plant Virology, 3rd ed., Acad. Press, New York, 897 pp.
Matthews-Berry, S., 2010, Emerging viroid threats to UK tomato production. The Food and
Environment Research Agency (Fera). Available at:
http://fera.co.uk/news/resources/documents/pests-disease-emerging ViroidThreats Tomato.pdf
Narayanasamy, P., 2011, Microbial Plant Pathogens-Detection and Disease Diagnosis, Viral
and Viroid Pathogens, Volume 3, Springer, New York, 321 pp.
Verhoeven, J.Th.J., Botermans, M., Jansen, C.C.C. and Roenhorst, J.W., 2011, First
report of Pepper chat fruit in capsicum pepper in Canada. New Disease Reports, 23: 15.
20 EÜZF Bitki Koruma Bölümü Lisansüstü Seminer Özetleri, 25 Mayıs 2016
Konukçu Patojen Etkileşiminde Programlı Hücre Ölümünün Rolü ve Regülasyonu
The Role and Regulation of Programmed Cell Death in Host–Pathogen Interactions
Araş. Gör. Sercan PAZARLAR
[email protected]
Yrd. Doç. Dr. Nedim ÇETİNKAYA
Programlı hücre ölümü (PCD), organizmalarda istenmeyen hücrelerin seçici eliminasyonunu
sağlayan fizyolojik bir ölümdür. Hücre ölümü bitki büyümesi, gelişmesi ve çevreye uygun
yanıtların verilmesinde önemlidir. Birçok hücresel metabolizma ile kontrol edilen PCD,
alöron ve süspensör hücre ölümü, yaprak yaşlanması, trake elemanlarının oluşturulması,
birçok abiyotik stres, aşırı duyarlılık yanıtları ve allelopatik bitki etkileşimleri sırasında
meydana gelir. Hayvansal organizmalarda patojenlerin genellikle konukçuyu yönlendirmek
için programlı hücre ölümü yolağındaki bileşenleri hedef aldığı ve baskıladığı yaygın olarak
bilinir. Buna karşılık bitki patojenleri sıklıkla programlı hücre ölümünü başlatır. Bitki hücre
ölümünün hastalık direnciyle birlikte iş gördüğü aşırı duyarlılık yanıtları olarak bilinen
durumlarda, bitki denetim sistemi savunma sistemini başlatmak için patojence salgılanan
molekülleri saptamayı öğrenmiştir. Konukçu hücre ölümü bitki ve patojen arasında meydana
gelen etkileşimlerin hepsinde değil ama birçoğunda meydana gelir. Bu hüre ölümü patojenin
yaşam tarzına göre hastalık direnciyle ya da duyarlılığı ile ilişkilendirilebilir. Hastalık
oluşumu sırasında konukçu hücre ölümünün rolü nedir? Enfeksiyon bölgesindeki tüm
hücreler aynı mekanizmayla mı ölür? Enfeksiyon sırasında konukçu hücre ölümü
gerçekleşirken etkilenen diğer hücresel süreçler nelerdir? Bu çalışmada dayanıklı ve duyarlı
bitki patojen etkileşimlerinde PCD yanıtlarının rolü ve regülasyonu ve bu farklı etkileşimler
sırasında hangi bitki PCD çeşidinin meydana geldiğinin mekanizmaları üzerinde durulacaktır.
Anahtar kelimeler: : Programlı hücre ölümü (PCD), nekrozis, aşırı duyarlılık (HR)
Keywords: Programmed cell death, necrosis, hypersensitive response
21 İÇİNDEKİLER
1. PROGRAMLI HÜCRE ÖLÜMÜ (PCD)
1.1. Programlı Hücre Ölümünün Tanımlanması ve Ayırt Edici Özellikleri
1.2. Ökaryotlarda Görülen PCD Modelleri ve Örnekleri
1.3. Nekroz ve PCD arasındaki farklılıklar
2. HİPERSENSİTİF REAKSİYON (HR)
2.1. Bitki-Patojen Konuşması
2.2. Hastalık Oluşu Sırasında Konukçu Hücre Ölümünün Rolü
2.3. HR Düzenlenmesi
2.4. Farklı Konukçu-Patojen Etkileşimlerinde Farklılıklar
3. SONUÇ TESPİTLERİ VE GELECEK PERSPEKTİF
KAYNAKLAR DİZİNİ
Christofferson, D.E, and Yuan, J., 2010, Necroptosis as an alternative form of programmed
cell death. Current Opinion Cell Biology, 22:263-268 pp.
Coll, N.S., Epple, P. and Dangl, J.L., 2011, Programmed cell death in the plant immune system. Cell
Death and Differentiation, 18:1247-1256 pp.
Dickman, M.B and Fluhr, R 2013, Centrality of host cell death in plant-microbe interactions. Annual
Review of Phytopathology, 51:543-570 pp.
Greenberg, J.T. and Yao, N., 2004, The role and regulation of programmed cell death in
plant-pathogen interactions. Cellular Microbiology, 6:201-211 pp.
Hara-Nishimura, I. and Hatsugai, N., 2011, The role of vacuole in plant cell death. Cell Death and
Differentiation, 18(8):1298–1304 pp.
Lai, Z., Wang, F., Zheng, Z., Fan, B. and Chen, Z., 2011, A critical role of autophagy in plant
resistance to necrotrophic fungal pathogens. Plant Physiology, 66(6): 953-968 pp.
Vance, R.E., Isberg, R.R and Portnoy, D.A., 2009, Patterns of pathogenesis: discrimination of
pathogenic and nonpathogenic microbes by the innate immune system. Cell Host Microbe 6: 10-21 pp.
22