Harmony Test - Non-İnvaziv Prenatal Test

Transkript

Non-invaziv Prenatal Test:
Fetal Trizomilerin Saptanmasında
Yeni Bir Dönem
Trizomi Değerlendirmesinin Evrimi
Down Sendromu için Tanı Oranı
100%
FPR=<0.1%
FPR=5.0%
80%
60%
40%
20%
0%
Maternal age
AFP only
Quad Marker First Trimester Full Integrated Harmony
Prenatal
Screen
Screen
Screen
Test
2
2
Kullanılan Anöploidi Testlerinin Sınırları
Yüksek false pozitif
oran(%5)
Geç informasyon
Uzamış belirsizlik
Zahmetli
Çoklu doktor ziyaretleri
Spesifik USG cihazı
İnvaziv prosedürler
(CVS ve amniosentez)
nedeniyle güvenlik
kaygıları
3
Harmony Prenatal Test
TM
Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı (gücü)
Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması
Harmony’nin klinik performansı
Harmony’nin klinik uygulaması
4
TM
Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı
5
Maternal Kanda Cell-Free DNA
Cell-free DNA (cfDNA) kısa DNA fragmentleridir.
Gebelikte, maternal kanda hem anne ve hem de fetusa ait cfDNA bulunur.
Mevcut fetal cfDNA miktarı, maternal cfDNA’nın küçük bir kısmıdır.
6
cfDNA ile Kromozom Sayımı
Fetal
cfDNA
Maternal
cfDNA
Referans
kromozom
fragmentleri
Kromozom 21
fragmentleri
7
cfDNA ile Fetal Trizominin Saptanması
Fetal trizomi
21’den köken
alan ekstra
fragmentler
Fetal
cfDNA
Maternal
cfDNA
Referans
kromozom
fragmentleri
Kromozom 21
fragmentleri
8
TM
Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli
9
NIPT Teknolojisi
Günümüzde bu alanda kullanılan 2 farklı analiz yöntemi
Massively Parallel
Shotgun Sequencing
(MPSS)
Directed Yöntem
Harmony Prenatal
Test
Anahtar farklılıklar
“pozitif/negatif” sonuçlar
(z-skordan köken almış)
Daha güvenli
Kişiye özel risk skorlaması
10
Yöntem karşılaştırılması– MPSS ve Directed
Kandaki cfDNA
Kromozom 21, 18, 13 cfDNA’sı
Diğer kromozomlara ait cfDNA
Haritalanmamış cfDNA
Massively Parallel Shotgun
Sequencing (MPSS)
Directed analysis (DANSR)
11
MPSS ve z-score Analiz Metodu
N=1696
• cut-off olarak tahmini bir
z-score değeri
kullanılarak trizomi
tespiti yapılır.
• z-score cut-off reflects
the # of SDs from an
expected mean
• z-score=3: normal beklenen
ortalama değerden 3SD
kadar sapmayı gösterir
• z-score=2: normal beklenen
ortalama değerden 2SD
kadar sapmayı gösterir
Palomaki GE et al. Genet Med. 2011
12
Harmony Prenatal Test – Genel Bakış
DANSR
TM
(Digital Analysis of Selected Regions)
Directed cfDNA testi
● Daha güvenli
● Çok sayıda hastanın aynı
anda çalışılabilmesi
FORTE
TM
(Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation)
İçeriği:
● Fetal cfDNA fraksiyonu
● Anne Yaşı
● Gebelik haftası
Kişiye özel risk skorlaması
13
FORTE Anöploidi Analizi
Giren Bilgi
Kromozom 13, 18 ve 21
cfDNA sayısı
Fetal DNA
Klinik bilgi
(anne yaşı ve gebelik
haftası gibi)
Çıkan Bilgi
FORTE
Trizomi 21 risk değeri
P( x j | T ) P(T )
P( x j | D) P( D)
*FORTE - Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation
14
Fetal cfDNA Fraksiyonunun Önemi
Fetal
cfDNA
Maternal
cfDNA
Referans
Kromozom
Kromozom 21
Fetal
Fraksiyon
Yüzdesi
Trizomi için
beklenen oran
4%
1.02
10%
1.05
20%
1.10
40%
1.20
Analiz aşamasına fetal fraksiyonun da eklenmesi
daha doğru sonuçlar elde edilmesini sağlar
15
Özet– Harmony Test ve MPSS
MPSS
Random analiz
Directed analiz
Fetal fraksiyon ve diğer
klinik risk faktörleri
hesaplanamaz
Fetal fraksiyon ve diğer
klinik risk faktörlerini de
içerir
Örnekler, çok farklı test
değerlerine rağmen
random olarak 2
kategoriye ayrılır
Her bir trizomi için
kişiselleştirilmiş risk skoru
ile basit ve anlaşılır sonuçlar
(Yüksek risk/Düşük risk)
16
Geniş Klinik Data
2012 yılında yayınlanmış çalışmalar:
8
Harmony’den bağımsız çalışmalar:
2
Özellikle 1. trimester gebeliklerde
yapılmış çalışmalar:
2
Bugüne kadar yayınlanmış
çalışmalardaki toplam hasta sayısı:
2013 yılı içerisinde bugüne kadar
yayınlanmak için submit edilmiş veya
kabul edilmiş çalışmalar:
>6,000
(2.000 olgu ort. risk grubunda)
4
17
Klinik Çalışmalar – Karşılaştırmalı Data
Yayınlanmış
çalışmalardaki toplam
hasta sayısı
Klinik çalışma
sayısı
Bağımsız çalışma
sayısı
2
MaterniT211,2,3,4
0
Verifi5,6
0
Panorama7*
0
*unblinded study
1Ehrich,
et al. Noninvasive Detection of Fetal Trisomy 21 by Sequencing of DNA in Maternal Blood: A Study in a Clinical Setting. Am J Obstet Gynecol. 2011 Mar;204(3):205. 2Palomaki, et al. DNA
Sequencing of Maternal Plasma to Detect Down syndrome: An International Clinical Validation Study Genet Med. Vol 13:No 11. Nov 2011. 3Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma Reliably
Identifies Trisomy 18 and Trisomy 13, as well as Down syndrome: An International Collaborative Study. Genet Med. 2012 Mar;14(3):296-305. 4Canick, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to
Identify Down syndrome and Other Trisomies in Multiple Gestations. Prenat Diagn. 2012 Aug;32(8):730-734. 5Sehnert, et al. Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel
DNA sequencing of cell-free fetal DNA from maternal blood. Clin Chem, 2011 Jul;57(7):1042-9. 6Bianchi, et al. Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing. Obstet
Gynecol, 2012 May;119(5):890-901. 7Zimmermann, et al. Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci. Prenat Diagn 2012
Dec;32(13):1233-41.
18
Klinik Çalışma& Yayın - Genel Bakış
Çalışma
Durum
Açıklama
Yayınlandı – Editor’ün seçimi
The Gray Journal (August 2012)
Çok merkezli (50 merkez) klinik validasyon çalışması
(yüksek ve düşük riskli kadınlar kullanılmış)
En geniş NIPT kohort çalışması
Average Risk (Nicolaides)
Yayınlandı – The Gray Journal
(2012, available online)
1. trimester gebeliklerde Harmony test ile ortalama risk
çalışması (bu konuda tek çalışma)
Ariosa Blinded
The Gray Journal (April 2012)
Risk skoru raporlaması ile kör çalışma
Nicolaides Blinded
The Gray Journal (April 2012)
1. trimester kör çalışma
Proof of Concept
Yayınlandı – Kapak Makalesi
Prenatal Diagnosis (Jan 2012)
Ortalama ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu
grupta directed cfDNA yaklaşımının ilk olarak kullanılması
Yayınlandı – The White Journal
(Jan 2013)
Ortalama riskli ve yüksek riskli kadınların birlikte
bulunduğu grupta T13 taramasının performansı
Fetal Fraction – NICE substudy
Yayınlandı – J Mat Fet Med
(Jan 2013)
Ortalama ve yüksek riskli kadınlarda fetal fraksiyonun aynı
miktarda olduğunun gösterilmesi
Fetal Fraction
Yayınlandı – Fetal Diagnosis
and Therapy (2012)
Fetal fraksiyon ile plesental yapının korelasyonun
gösterilmesi
Tamamlandı ve inceleme
aşamasında
Çok merkezli (Avrupa) kör çalışma
NICE
(Non-Invasive Chromosomal
Evaluation)
Trisomy 13
NITE
(Non-Invasive Trisomy Evaluation)
NEXT
(Non-invasive Examination of Trisomy)
Kaydedildi 19
Harmony ile 1. trimester tarama testlerinin karşılaştırılması için
ortalama riske sahip kadınlarda yapılmış çok merkezli kör çalışma
19
TM
20
Klinik Performans
6.000’ den fazla hasta çalışıldı (2,000’den fazlası ortalama riske sahip kadın)
Saptama Oranı
>99%
T21
(231/232)
>98%
T18
T13
Yanlış Pozitiflik Oranı
(103/105)
Harmony ile 10 olgunun 8’i saptandı
<0.1%
<0.1%
<0.1%
Source: Sparks et al, Prenat Diagn, 2012; Sparks et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Ashoor et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Norton et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Nicolaides
et al, Am J Obstet Gynecol 2012;Ashoor et al, Ultrasound Obstet Gynecol 2012.
21
22
Harmony Test – Genel Populasyon Taraması
Bağımsız kör çalışma
Hasta populasyonu
● 1. trimester gebelikler (11-13. gebelik haftası)
● 2.049 kadında genel populasyon taraması
Sonuçlar:
Saptama Oranı:
●
10/10 olguda trizomi saptanmış (8/8 trizomi 21; 2/2 trizomi 18)
Yanlış Pozitiflik Oranı:
●
●
Harmony
1. trimester taraması
%0,1 (2/1,939)
%4.5 (87/1,939)*
*based on a 1:150 risk cut-off
Nicolaides KH et al. (2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology
23
Risk Skoru Karşılaştırması
Her iki figür aynı hasta grubunu (1.949) göstermektedir
Trizomi
●
●
Yanlış pozitif
Trizomili 10 olgu
Trizomili olmayan 1,939 olgu
Normal
100
100
10
10
Trizomi riski (%)
Trizomi Riski (%)
1. trimester taraması
1
1
0,1
0,1
0,01
0,01
5
15
25
35
Fetal Fraksiyon (%)
Nicolaides KH et al. (Sept. 2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology
5
15
25
35
Fetal Fraksiyon (%)
24
NIPT’nin Sunduğu Avantajlar
Kanıtlanmış
İddaları destekleyen en büyük klinik veritabanı
100.000 den fazla analizi yapılmış örnek ve birbiriyle tutarlı
sonuçlar
Güvenilirlik
Şeffaf, eğitim ve hasta odaklı güvenilir bir organizasyon
Tüm dünya çapında bu alandaki öncü kişilerce desteklenen
Erişilebilirlik
NIPT için en düşük test ücreti
Sürekli eklenen yeni erişim noktaları ile kolayca
ulaşılabilme
Kalite
Her test en az 12 ayrı kalite kontrol ölçümünden geçer
İlave olarak, en az 50 laboratuvar performans ölçümü
kullanılır
25
Test Raporu
26
Test Raporu
(T21)
27
Kişiselleştirilmiş Risk Hesaplaması
Risk skoru değerlerinin %99.5’i her iki uçtan birisindedir
28
Testin Sunduğu Yenilikler
Harmony test with Y
● Y kromozomunun incelenmesini içerir
● Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir
● Şu anda uygulanabilmektedir
Harmony test with X,Y
● X ve Y kromozomlarının incelenmesini içerir
● Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir
● Mayıs 2013’ten önce uygulanmaya başlanacak
* Sadece Amerika için geçerli olup Türkiye’de kullanımı yasalar gereği mümkün değildir.
29
TM
30
Potansiyel Klinik Uygulama
Serum
taramasına
alternatif ?
Pozitif tarama
sonrası?
İnvaziv işlemin
alternatifi?
NIPT + Ultrason:
NIPT, yaygın fetal trizomileri saptayabilir
Ultrason, diğer genetik hastalıkların bulgularına odaklanabilir
Diğer genetik hastalıklar ile bağlantılı NT
Tanıda gecikme
İnvaziv işlem gerekliliğinin devamı
NIPT, tanı amaçlı bir test değildir
Diğer kromozom anomalilerini saptayamaz
Mikroarray
1. Norton, M., Brar, H., Weiss, J., Karimi, A., et al. Non-Invasive Chromosomal Evaluation (NICE) Study: Results of a Multicenter, Prospective, Cohort Study for Detection of Fetal Trisomy 21 and Trisomy 18, Am J Obstet Gynecol. (2012),
doi:10.1016/j.ajog.2012.05.021.; 2. Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, et al. Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened first-trimester population. Am J Obstet Gynecol (2012);207:x.ex-x.ex.
31
Beklentilerin Klinik Testler ile Karşılanması
Düşünülen
Klinik Test
Standart bir
analiz isteyen
hasta
NIPT
(T21, T18, T13)
İnvaziv test ile
karyotipleme
& mikroarray
Fetusun genetik açıdan
tam bir analizini isteyen
Karşılaştırmalı
genetik analiz
isteyen hasta
Sadece endişe edilen
anomaliler: T21, T18, T13,
ve seks kromozomu
anöploidileri
(after counseling re: sex
chromosome aneuploidy)
* eg. verinata health >1.7%
Kesin bir bilgi isteyen
İnvaziv test ile
karyotipleme
Güvenilir bir test isteği:
• %1-2* kümülatif yalancı
pozitiflik oranı
• Mozaisizm için bilinmeyen
saptama oranı
Genişletilmiş
NIPT
32
Fetal Medicine Center (Nicolaides):
Uygulama Protokolü
CVS
10 hafta:
•Fetus ölçümleri için
tarama
•cfDNA testi için kan
örneği
•Kombine testler için kan
örneği
12 hafta:
• Detaylı ultrason taraması
• Sonuçların tartışılması
• CVS gerekli ise karar verme
• + cfDNA testi
• Fetal defektler
• NT >3.5 mm
33
Ürün Profili
Kısa açıklama ve kullanım amaçları: The Harmony Prenatal Test,
maternal kanda cell-free DNA (cfDNA) analizi için geliştirilmiş bir
laboratuvar testidir
●
Bu testin amacı, fetal trizomi 21 (down), trizomi 18 ve trizomi 13 riskini
belirlemektir
● Test bir tarama testi olup tanı amaçlı valide edilmemiştir
● Mozaisizm, parsiyel kromozomal anöploidiler ve translokasyonlar için valide
edilmemiştir
Hasta populasyonu: En az 10 haftalık olan ve tekiz gebeliğe sahip kadınlarda
uygulanabilir. Çoğul gebeliklerde (ikiz vb) kullanılması uygun değildir
Örnek Gereksinimleri:
●
●
Siyah ve kahverengi kan tüpleri içine 2x10ml tam kan alınır
Örnekler alındığı gün gönderilmelidir.
Sonuç oranı: Test edilen örneklerin %96’sında sonuç alınmaktadır
Rapor süresi: 7-10 takvim günü
34

Harmony Test - Non-İnvaziv Prenatal Test

Transkript

Benzer belgeler

Krozom bozuklukları için yeni nesil tarama testi

doğuştan anomalilerin önlenmesinde uygulanan

PRENATAL (DOĞUM ÖNCESĐ) TANI Özge Özalp Yüreğir , Selim

Fetal Over Kist Torsiyonu: Antenatal Takip ve Yönetimi