özgeçmiş ve eserler listesi* özgeçmiş - MACTİMARUM

özgeçmiş ve eserler listesi* özgeçmiş - MACTİMARUM

ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ*
ÖZGEÇMİŞ
Adı Soyadı: Turgay İBRİKÇİ
Öğrenim Durumu:
Derece
Lisans
Yüksek
Lisans
Doktora
Bölüm/Program
Fizik Bölümü
Bilgisayar Bilimleri
Elektrik-Elektronik
Müh. / Bilgisayar
Anabilim Dalı
Üniversite
Çukurova Üniversitesi
Nova (Southeastern Nova)
Florida, ABD
Yıl
1981
University, 1993
2000
Çukurova Üniversitesi
Görevler:
Görev
Unvanı
Doçent
Doçent
Yrd.Doç. Dr.
Yrd.Doç. Dr.
Misafir
Araştırmacı
Öğretim
Görevlisi
Arş.Gör.
Yazılım Uz.
Yazılım Uz.
Görev Yeri
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik
Mühendisliği Bölümü Bilgisayar Anabilim Dalı
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği
Bölümü
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği
Bölümü (13B ile görevlendirme).
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik
Mühendisliği Bölümü.
Univ. of Texas at Houston, Computational Biomedicine Center
(CBMC), Houston, TX, ABD.
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik
Mühendisliği Bölümü.
Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik
Mühendisliği Bölümü.
ELSAN A.Ş, Adana
Ç. Ü., Bilgi İşlem Merkezi, Adana
Yıl
2014201420052000- 2014
2000-2001
1996-2000
1993-1996
1985-1988
1982-1985
Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri:
I. Tamamlanan Tezler:
1- İclal ÇETİN TAŞ (2012), "Depiction of Hemorrhagic Regions Caused By Diabetic
Retinopathy Images by Using Image Enhancement and Basic Classification Methods",
ikinci danışmanı Yrd. Doç. Dr. Sami Arıca (Çukurova Univ), Ve Çukurova Üniversitesi
Araştırma Fonu (MMF-2011YL2) projesi ile desteklenmiştir.
1
2- Esra KARABULUT (2012), “A Research on Performance of Decision Support
Systems in Diagnosis of Coronary Artery Disease”, Çukurova Üniversitesi Araştırma
Fonu (MMF-2011YL19) projesi ile desteklenmiştir.
3- Mehmet Onur ŞAHLAR (2011), "Library Based Image Reconstruction on X-Ray
Films for External Fixator Automation", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu
(MMF-2009YL58) ve TÜBİTAK (106M0466) projeleri tarafından desteklenmiştir.
4- Gökhan ÇETİN (2010), "Artificial Neural Networks by Using the Internet Traffics on
the Internet Exit Routers (MRTG) Estimated Traffic Analysis and Planning for Future",
(Öğrenci aftından yararlanarak gelen öğrenci).
5- Okan ŞEN (2010), "Segmentation and Classification of Magnetic Resonance Images by
Neural Networks", (Öğrenci aftından yararlanarak gelen öğrenci).
6- Jale BEKTAŞ (2010), "Segmentation of Brain Region of MRIs and Comparisons
between Autistic and Healthy Adolescent".
7- Ahmet AYDIN (2009), "Applications of Medical Image Processing Techniques on a
Biomechanics System", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2008YL20) ve
TÜBİTAK (106M0466) projeleri tarafından desteklenmiştir.
8- Emine GEZMEZ (2007), "Clustering MRI Images with Principal Component Analysis
Methods".
9- Şehy Şamil ASLAN (2006), "Computer Controlled Robot Car".
10- Gülçin YİĞİTLER (2005), “New Techniques for Classification, Enhancement, and
Fusion of Multispectral Remote Sensing Images”, ikinci danışmanı Prof. Dr. Okan
ERSOY (Purdue Univ., ABD).
11- İrem ERSÖZ (2003), “Secondary Structure Prediction of Hemoglobin by Using
Combined Neural Networks”, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (FBE2002YL328) ve TÜBİTAK-(EEEAG-100E037) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay
İbrikçi) projeleri tarafından desteklenmiştir.
Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları:
I. Tamamlanan Tezler:
1- Mustafa KARABULUT (2011), "Employing Data Mining Techniques on Biological
Sequences for Transcript for Transcription Factor Binding Identification".
Görev Yeri: Öğr. Gör. Dr., Gaziantep Üniversitesi, Meslek Yüksekokulu Bilgisayar
Programcılığı Bölümü
2- İrem ERSÖZ KAYA (2008), "Computational Prediction of Disordered Regions in
Proteins", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2006D12) ve TÜBİTAK
2
(TBAG 104T505) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay İBRİKÇİ) projeleri tarafından
desteklenmiştir. İkinci danışman: Prof. Dr. Okan ERSOY (Purdue Univ. ABD).
Görev Yeri: Yrd. Doç. Dr.,Mersin Üniversitesi, Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi,
Bilgisayar Sistemleri Bölümü
3- Ayça ÇAKMAK PEHLİVANLI (2008), "Consensual Classification of Drug /
NonDrug Compounds for Drug Design", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu
(MMF-2006D11) ve TÜBİTAK (TBAG 104T505) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay
İBRİKÇİ) projeleri tarafından desteklenmiştir. İkinci danışman: Prof. Dr. Okan ERSOY
(Purdue Univ. ABD).
Görev Yeri: Yrd. Doç. Dr, Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi - İstatistik Bölümü
II. Devam Etmekte Olan Tezler:
1- Jale BEKTAŞ (2013- ), “Use of Data Mining Techniques to Determine Presence of
Coronary Artery Disease and Deriving a Risk Score by Employing Risk Factors".
3
Projelerde Yaptığı Görevler:
A. TÜBİTAK Tarafından Desteklenen Projeler:
PROJE ADI
BÜTÇE
PROJE
TÜRÜ
Araştırma
– 1001
Araştırma
– 1001
Araştırma
- 1001
ARDEB
NO
112M406
Yürütücü
Araştırma
- 1001
104T505
Yürütücü
Araştırma
-1001
100E037
TARİH
GÖREV
01.12.2012/3
0.11.2015
15.02.2007/
14.08.2010
01.09.2006/
30.09.2008
Araştırmacı
38.760
01.06.2005/
30.09. 2007
2.1760
01.04.2001/
01.02. 2003
Yeni Fiksatör Otomasyonu
281.000
Fiksatör Otomasyonu
200.000
Ön Yüklü Helisel Başı Yaylarının
Lineer Statik, Burkulma ve Serbest
Titreşim Problemleri için Bir Paket
Programın Hazırlanması ve Tasarım
Grafiklerinin Elde Edilmesi
İşlemsel ve İstatistiksel Akıllı
Yöntemlerin Düzenli ve Düzensiz
Yapılı Proteinlerin İşlevlerinin
Tanımlanması ve Onarıcı İlaç
Tasarımına Uygulanması
Destek Vektorleri Yöntemi
Kullanılarak Proteinlerin ikincil
Yapılarının Tanımlanması
103.130
Araştırmacı
Araştırmacı
106M466
106M307
B. Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu Tarafından Desteklenen Projeler:
PROJE ADI
Amiloid Proteinler Arasındaki
Yapısal İlişkilerin Biyoinformatik
Yönünden İncelenmesi
Smartphone Based Pigmented Skin
Lesion Checking and Melanoma
Diagnosis System
A Research on Performance of
Decision Support Systems in
Diagnosis of Coronary Artery
Disease
Detection of Diabetic Retinopathy
Complication by Using
Computational Learning Methods
on Images
Otistik ve Normal MR Görüntüleri
Arasındaki Farkların Kümeleme ve
Sınıflandırma Metotları Kullanarak
Belirlenmesi
Harici Fiksatör Otomasyonu için
Röntgen Filmleri Üzerinde
Kütüphane Tabanlı Görüntü
Tanımlama
X-Ray Görüntülerinde Resim
Tamamlama ve Sınır Bulma
Functional Classification of
Disordered and Multi-Labeled
Proteins
BÜTÇE
TARİH
GÖREV
10,000
06.11.2013/
05.11.2015
Yürütücü
5,940
01.09.2012/
30.01.2014
Yürütücü
DoktoraİADE
MMF-2012
D15
1,000
01.12.2011/
30.11.2012
Yürütücü
Yüksek
Lisans
MMF-2011
YL19
1.980
01.03.2011/
28.02.2012
Yürütücü
Yüksek
Lisans
MMF-2011
YL2
8.000
07.04.2009/
06.07.2011
Yürütücü
BAP
MMF-2009
BAP02
2.000
01.10.2009/
30.09.2010
Yürütücü
Yüksek
Lisans
MMF-2009
YL58
2.000
01.10.2008/
30.10.2009
07.04.2006/
06.04.2007
Yürütücü
Yüksek
Lisans
Doktora
MMF-2008
YL20
MMF-2006
D12
3.960
4
Yürütücü
PROJE
TÜRÜ
BAP
PROJE NO
MMF-2013
BAP19
Drug Design By Artificial Neural
Networks as Data Mining Tools
Destek Vektör Motorlarının
Çekirdek Fonksiyonlar Aracılığı ile
Protein Yapılarını Bulmak için
Gerekli Parametrelerin Optimize
Edilmesi
Neural Networks With Information
Theory on Secondary Structures of
Protein
Destek Vektörleri Yapay Sinir
Ağlarının Protein Yapılarına
Uygulanması
3.960
07.04.2006/
06.04.2007
01.01.2005/
31.12.2005
Yürütücü
Doktora
Yürütücü
BAP
1.040
01.09.2002/
30.08.2003
Yürütücü
Yüksek
Lisans
1.000
01.03.2000/
28.02.2001
Yürütücü
BAP
3.500
MMF-2006
D11
MMF-2004
BAP21
FBE-2002
YL328
MMF-2000/41
İdari Görevler:
1. Çukurova Üniversitesi, Uzay Bilimleri ve Güneş Enerjisi Araştırma Uygulama Merkezi
(UZAYMER), Merkez Yönetim Kurulu Üyeliği (2011 - ).
2. Çukurova Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fak., Makine Alet Cihaz Tasarım İmalat
Araştırma ve Uygulama Merkezi (MACTİMARUM) Merkez Kurulu Üyesi (2007 - ).
3. Çukurova Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Doktora Yeterlilik
Kurul Üyesi (2007- 2010).
4. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Bilgisayar Bilimleri Anabilim
Dalı Başkan Vekili (2005 - 2008).
5. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Yazılım Anabilim Dalı Başkanı
( 2005 – 2008).
6. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, 13.b ile Görevlendirilme (2005- )
7. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Kurucu Üyesi (2003 - 2004).
8. Çukurova Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Elektromagnetik Alanlar
Anabilim Dalı Başkan Vekili (2004 - 2007).
9. Çukurova Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar, Elektronik Cihaz,
Elektrikli Cihaz Teknik Alım Satım Komisyonu Üyesi (2003- 2005).
10. Çukurova Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Bilgisayar Bilimleri
Anabilim Dalı Başkanı (2001-2004).
11. Çukurova Üniversitesi, Üniversite-Sanayi Araştırma Merkezi (ÜSAM-TÜBİTAK)
Yazılım Grubu Üyesi (2000 - 2002).
12. Çukurova Üniversitesi Rektörlüğü, Bilgisayar Bilimleri Uygulama ve Araştırma
Merkezi, Proje Yöneticisi, (1982 - 1985).
Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler:
ÜYELİK
DÖNEMİ
ÜYELİK TÜRÜ
KURULUŞ
2000 - 2009
Üye
IEEE, ABD
2000 - 2005
Üye
IEEE-EMBS, Biomedikal Kulubü
1996 - 2003
Üye
IEEE- Bilgisayar Kulubü
1996 - 2000
Ç.Ü. Öğrenci Kolu Başkanı
IEEE, ABD
1995 - 1999
Öğrenci Üye
IEEE, ABD
5
Ödül ve Destekler:
Erasmus Öğretim Elemanı Değişimi (2014), “University of Avero, Portekiz”, Ç.Ü Rektörlüğü
Dışilişkiler Bölümü, (Kabul edildi.) (Tam destek).
International Center for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB) (2013),
“Applications of Bioinformatics in Modern Moleculer Biology”, ICGEB – New Delhi
Component Aruna Asaf Ali Marg, New Delhi – 110067 Hindistan, 21-25 Ekim 2013, (Tam
destek).
TÜBİTAK (2012), Bilimsel Yayın Destekleme (2 Adet Yayından Dolayı).
TÜBİTAK (2011), Bilimsel Yayın Destekleme (2 Adet Yayından Dolayı).
Yüksek Öğrenim Kurulu –YÖK (2011), Yurtdışı Öğretim Üyesi Yetiştirme Programı, The
Center for Tropical & Emerging Global Diseases & Department of Genetics, University of
Georgia, 20 Haziran – 16 Eylül 2011 (Tam destek)
TÜBİTAK ( 2010 ), Bilimsel Yayın Destekleme.
International Center for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB) ve United
Nations University (BIOLAC) (2010), “Caribbean Training Programme on
Bioinformatics: Applications of Structural and Computational Biology in Biomedical
Sciences”, The University of the West Indies, St. Augustine Campus, Trinidad and Tobago,
18-29 Ocak 2010, (Tam destek).
Konferans Katılım Desteği (2009), “IPCV2009- The 2009 International Conference on Image
Processing, Computer Vision, and Pattern Recognition” Konferansa Katılım, Las Vegas,
Nevada, USA, 13-16 Temmuz 2009, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu, (2000.- TL )
Konferans Katılım Desteği (2009), “III. Ulusal Tıbbi Cihazlar İmalat Sanayi Kongre ve
Sergisi (TİSKON 2009)” sine Katılım, Samsun, 06-07 Kasım 2009, TÜBİTAK-106M466
nolu projesi, (Tam destek).
Konferans Katılım Desteği (2007), “ANNIE2007- SMART SYSTEMS ENGINEERING:
Computational Intelligence in Architecting Complex Engineering Systems” Konferansa
Katılım, St. Louis, Missouri, USA, 11-14 Kasım 2007, Çukurova Üniversitesi Araştırma
Fonu, ( 2000.- TL ).
European Science Foundation (2007), “ESF Mining of High-Throughput Data in Functional
Genomics”, Coleraine, Northern Ireland, 8-10 Mayıs 2007, European Science Foundation
fonundan, (Kısmi destek).
Erasmus Öğretim Elemanı Değişimi (2007), “University of Avero, Portekiz”, 14-18 Temmuz
2007, Ç.Ü Rektörlüğü Dışilişkiler Bölümü, (Tam destek).
IEEE-Student Branch-R8 (2000) “IEEE-R8 Student Branch Congress 2000”, Eindhoven,
Hollanda, 14-19 Mayıs 2000, IEEE – Türkiye, (Tam destek).
6
NATO Advanced Study Institute (1996), “Learning in Graphical Models”, International
School of Neural Nets, Ettore Maiorana Centre, Erice, İtalya, 26 Eylül - 7 Ekim 1996,
NATO, (Tam destek).
Uluslararası Ortak Çalışmalar :
Temmuz-Ağustos
2012
Genetik çalışmalar üzerine
incelemeklerde bulunmak
(Kişisel Ziyaret)
Haziran-Eylül 2011 Sıtma Genetiği Üzerine
Çalışmalar
Cornell University,
Ithaca, NY, USA
Prof. Dr. Jessica Kissinger
Department of Genetics, Institute of
Bioinformatics, Univ. of Georgia,
Athens, GA, USA.
Haziran-Eylül 2004 Biomedikalde Otistik Çocukların Assoc. Prof. Dr. M. Brandt
Beyin Görüntüleri Üzerine
Univ. of Texas at Houston,
Doktora Sonrası Çalışmalar
Computational Biomedicine Center
( CBMC ).
Houston, TX, USA.
Haziran 2001 –
Eylül 2002
Biomedikalde Otistik Çocukların Assoc. Prof. Dr. M. Brandt
Beyin Görüntüleri Üzerine
Univ. of Texas at Houston,
Doktora Sonrası Çalışmalar
Computational Biomedicine Center
(CBMC).
Houston, TX, USA.
Haziran-Eylül 1999 Yapay Sinir Ağları ile Protein
Yapıları Tanımı Uygulamaları
Çalışmaları
Haziran-Eylül 1997 Yapay Sinir Ağları ile Protein
Yapıları Tanımı Uygulamaları
Çalışmaları
Prof. Dr. J. Principe
Univ. of Florida, Computational
NeuroEngineering Lab (CNEL).
Gainesville, FL, USA.
Prof. Dr. Daniel Berleant
Univ. of Arkansas, Computer
Engineering Dept.
Fayetteville,AR, USA
Ulusal Ortak Çalışmalar :
Eylül 1995-Mayıs 1996 Doktora Ön Çalışmaları
7
Boğaziçi
Üniversitesi,
Mühendislik Fak. Bilgisayar
Mühendisliği, İstanbul, Türkiye
Bilimsel Dergilerdeki ve Projelerdeki Hakemlikler
1. Misafir Editor- OMICS Publishing Group - Journal of Data Mining in Genomics
& Proteomics Open Access, Özel sayı, Başlık: Algorithms for Molecular Biology,
( Dec. 2013 )
2. Applied Soft Computing (2013- )
3. PLOS ONE (2013- )
4. BMC Medical Informations and Decision Making (2012 - )
5. Journal of Medical Systems (2012- )
6. TÜBİTAK – Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences ( Konu
Editörlüğü - Hakemlik) ( 2010 - )
7. Expert Systems (2009 - )
8. Türkiye Biyokimya Dergisi ( 2008 - )
9. Bioinformatics ( 2008 – 2011 )
10. Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı – TeknoGirişim Projeleri – ( 2014 )
11. TÜBİTAK-4006 Bilim Fuarları Destekleme Programı TÜBİTAK’ı temsilen (2014)
12. TÜBİTAK- Ortaöğretim Öğrencileri Araştırma Projeleri Yarışması (2014) - Akdeniz
Bölgesi Bilgisayar Jüri Üyesi
13. TÜBİTAK – 1001 Araştırma Projeleri - ( 2013 )
14. TÜBİTAK- Biyomühendislik Değerlendirmesi (2013) - Dış Danışmanı
15. TÜBİTAK- Ortaöğretim Öğrencileri Araştırma Projeleri Yarışması (2013) - Akdeniz
Bölgesi Bilgisayar Jüri Üyesi
16. TÜBİTAK – 1001 Araştırma Projeleri - ( 2011 )
17. Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı – TeknoGirişim Projeleri – ( 2012 )
18. IC-IC 2008 International Conference on Intelligent Computing Sept. 15-18, 2008
19. IC-IC 2007 International Conference on Intelligent Computing Aug. 21-24, 2007
20. IC-IC 2006 International Conference on Intelligent Computing Aug. 16-19, 2006
Sempozyum Görevleri
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SIU-2014 23-25 Nisan 2014 tarihleri arasında K.T.Ü, Trabzon, Hakem
ELECO-2013 29 Kasım - 01 Aralık 2012, Bursa, Hakem
ELECO-2012 29 Kasım - 01 Aralık 2012, Bursa, Hakem
ITUSEM’2009 Çukurova Üniversitesi, Yürütme Kurul Üyesi
ITUSEM’2007 Çukurova Üniversitesi 18-19 Ekim 2007, Yürütme Kurul Üyesi
ITUSEM’2005 Çukurova Üniversitesi, 17-19 Kasım 2005,Yürütme Kurul Üyesi
INISTA’2005 International Symposium on Innovations in Intelligent Systems and
Applications 15-18 Haziran 2005 Istanbul Bilimsel Kurul Üyesi
8. BIYOMUT’2005 Biyomedikal Mühendisliği Ulusal Toplantısı – Boğaziçi Üniversitesi
25-27 Mayıs 2005, Program Üyesi
9. TAINN’96 5. Türk Yapay Zekâ ve Yapay Sinir Ağları Sempozyumu – Boğaziçi
Üniversitesi İstanbul, Yerel Düzenleme Kurulu Üyesi
8
Verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler
1. EEE-117 Computer Programming I
2. INF-101 Fundamentals of Infor. Tech.
3. EEE-425 Programming Language
4. ENF-102 Bilgisayar Programlamaya Giriş
5. EEE-448 Computer Networks
6. BIL-438 Hesaplamalı Biyoloji
7. BIL-429 İnsan-Bilgisayar Etkileşimi
8. BIL-252 İşletim Sistemi
9. BIL-304 Yazılım Mühendisliği
10. EE-587 Artificial Intelligent
11. EE-589 Intr. to Neural Networks
12. EE 588 Advanced Topics in Neural Networks
“EE” ile başlayan dersler, yüksek lisans ve doktora dersleridir.
“EEE” ile başlayan dersler, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümüne verilen derslerdir.
“BIL” ile başlayan dersler, Bilgisayar Mühendisliği Bölümüne verilen derslerdir.
9
ESERLER
A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
1.
I. Ersöz Kaya, A. Çakmak Pehlivanli, and T. Ibrikci, (2014),”Enhanced Prediction of
Intrinsically Disordered Regions with the Optimized Data”, Int. Jour. of Bioscience,
Biochemistry and Bioinformatics, 4(1): 39-44 , DOI: 10.7763/IJBBB.2014.V4.307
2.
M. Karabulut, T. Ibrikci, (2014), “Identification of transcription factor binding sites using
Gaussian mixture models”, Expert Systems, (ISI), 31(1) 70-80. DOI: 10.1111/exsy.12004
3.
M. Karabulut, T. Ibrikci, (2012), “A Bayesian Scoring Scheme based Particle Swarm
Optimization algorithm to identify Transcription Factor Binding Sites”, Applied Soft
Computing, 12(9): 2846-2855. (ISI), DOI: 10.1016/j.asoc.2012.04.006
4.
M. Karabulut, T. Ibrikci, (2012), “A Fuzzy Self-organizing Map Algorithm for Biology
Pattern Recognition”, Expert Systems, 29(1) 25– 38. (ISI), DOI: 10.1111/j.4680394.2010.00560.x
5.
T. Ibrikci, D. Üstün, İ. Ersoz Kaya, (2012), “Diagnosis of Several Diseases by Using a
Novel Hybrid Kernel Support Vector Machine”, Journal of Medical Systems, 36(3) : 18311840. (ISI), DOI: 10.1007/s10916-010-9642-5
6.
A. Aydın, T. Ibrikci, İ.D. Akçalı, (2012), “A Hybrid Image Processing System for X-Ray
Images of an Eexternal Fixator”, Computer Methods in Biomechanics and Biomedical
Engineering, 15(7) : 753-759. (ISI), DOI: 10.1080/10255842.2011.560840
7.
E. M. Karabulut, T. Ibrikçi, (2012) “Effective Diagnosis of Coronary Artery Disease
Using rotation Forest Ensemble Method”, Journal of Medical Systems, 36(5): 3011–3018.
(ISI), DOI: 10.1007/s10916-011-9778-y
8.
9.
E. M. Karabulut, S.A. Özel, T. Ibrikci, (2011), “A Comparative Study on the Effect of
Feature Selection on Classification Accuracy”, Procedia Technology 1 (2012), 323 –
327. DOI: 10.1016/j.protcy.2012.02.068
İ. Ersöz Kaya, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2011), “Prediction of Disorder with New
Computational Tool: BVDEA”, Expert Systems with Applications. 38(12): 14451-14459.
(ISI), DOI: 10.1016/j.eswa.2011.04.160
10. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2011), “Assessment of Clustering Algorithms for Unsupervised
Transcription Factor Binding Site Discovery”, Expert Systems with Applications, 38(9) :
11160-11166. (ISI), DOI: 10.1016/j.eswa.2011.02.161
11. A. Keskiner, T. Ibrikci, M. Çetin (2011), Yapay Sinir Ağlarıyla Coğrafi Bilgi Sistemi
Ortamında Olasılıklı Sıcaklık Tahmini ve Karşılaştırılması, Tarım Bilimleri Dergisi, 17 :
241- 252 (Türkçe). (ISI).
12. C. Türeli Bilen, P.Kokcü, T. Ibrikci (2011) Application of Artificial Neural Networks
(ANNs) for Weight Predictions of Blue Crabs (Callinectes sapidus RATHBUN, 1896)
Using Predictor Variables, Mediterranean Marine Science, 12(2) : 439-446. (ISI).
10
13. T. Ibrikci, M. Karabulut, (2010), “Employing Fuzzy C-Means for DNA Transcription
Factor Binding Site Identification”, Journal of Circuits, Systems, and Computers, 19(1):
15-30. (ISI), DOI: 10.1142/S0218126610005925
14. T. Ibrikci, S. Sacma, V. Yıldırım, T. Koca, (2010), “Application of Artificial Neural
Networks in the Prediction of Critical Buckling Loads of Helical Compression Springs”,
Journal of Mechanical Engineering, 56 (6): 409-417. (ISI).
15. I. Kaya, T. Ibrikci, A. Cakmak, (2008), “Accurate Prediction of Protein Secondary
Structure by Non-Parametric Models”. Journal of Computational Intelligence in
Bioinformatics, 1: 1-11.
16. A. Ç. Pehlivanlı, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2008), “Consensual Classification of Drug and
Nondrug Compounds”, International Jour. of Computational Biology and Drug Design, 1
(3): 224-234. DOI: 10.1504/IJCBDD.2008.021416
17. A. Ç Pehlivanlı, O. K Ersoy, T. Ibrikci, (2008), “Drug/Nondrug Classification with
Consensual Self-Organising Map and Self-Organizing Global Ranking Algorithms”,
International Jounal of Computational Biology and Drug Design, 1(4): 434-445. DOI:
10.1504/IJCBDD.2008.022212
18. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2008), “Fuzzy C-Means Based Motif Discovery”, Lecture Notes
in Computer Science, 5226: 207-218. DOI: 10.1007/978-3-540-87442-3_24
19. U. Orhan, M. Hekim, T. Ibrikci, (2008), “Supervised Gravitational Clustering with
Bipolar Fuzzification”, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 5227: 667-674. DOI:
10.1007/978-3-540-85984-0_8
20. U. Orhan, M. Hekim, T. Ibrikci, (2008), “Gravitational Fuzzy Clustering”, Lecture Notes
in Artificial Intelligence, 5317: 524-531. DOI: 10.1007/978-3-540-88636-5_50
B.
Uluslararası bilimsel toplantılarda
(Proceedings) basılan bildiriler :
sunulan
ve
bildiri
kitabında
1.
İ. D. Akçalı, M. O. Şahlar, K. Ün, A. Aydın, T. Ibrikci, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram,
H., (2009), “A Mathematical Model in the Implementation of a Stewart-Gough Platform
as an External Fixator”, Medical Physics and Biomedical Engineering World Congress,
IFMBE Proceeding 25/V :708-711, 7-12 Sept. 2009, Munih, Almanya.
2.
İ. D. Akçalı, M. O. Şahlar, A. Aydın, T. Ibrikci, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram,
(2009), “Alignment of Bone Fragments Through the Deployment of a Stewart Platform
Mechanism”, Artificial Organs, 33(8) : A99 (Özetçe).
3.
J. Bektas, T. Ibrikci, (2009), “Using Threshold Techniques with K-Means Approch for
MRI Segmentation”, The 2009 International Conf. on Image Processing, Computer
Vision, and Pattern Recognition (IPCV'09), 2: 651-655, 13-16 July 2009, Las Vegas,
Nevada, ABD.
11
4.
U. Orhan, I. Ersoz, T. Ibrikci, (2007), “Prediction of Disordered Regions of Proteins
with N-Pieces Naive Algorithm”, Intelligent Engineering Systems Through Artificial
Neural Networks: Smart System Engineering (ANNIE'07), 17: 43-48, 11-14 Nov. 2007,
St. Louis, Missouri, ABD.
5.
G. Yiğitler, O. K. Ersoy, T. Ibrikci, (2005), “New Transform Techniques for
Enhancement and Fusion of Multispectral and Hyperspectral Images”, ICSC Congress on
Computational Intelligence Methods and Applications (CIMA2005), 15-17 Dec. 2005,
İstanbul, Türkiye. DOI: 10.1109/CIMA.2005.1662344
6.
T. Ibrikci, A. Cakmak, I. Ersoz, O. K. Ersoy, (2005), “Hemoglobin Secondary Structure
Predicts with Four Kernels on Support Vector Machines”, ICSC Congress on
Computational Intelligence Methods and Applications (CIMA2005), 15-17 Dec. 2005,
İstanbul, Türkiye. DOI: 10.1109/CIMA.2005.1662310
7.
T. Ibrikci, A. Çakmak, I. Ersöz, O. K. Ersoy, 2005, “Support Vector Machines on
Hemoglobin Secondary Structures”, 3rd European Medical & Biological Engineering
Conference (EMBEC'05), 11(1), 20-25 Nov. 2005, Prag, Çek Cumhuriyeti.
8.
C. Şahin, T. Ibrikci, R. Erol, (2005), “Neural Networks Approach to the Lot Sizing
Problem”, 35th International Conference on Computers and Industrial Engineering
(CIE2005), 15-19 June 2005, İstanbul, Türkiye.
9.
I. Ersoz, T. Ibrikci, A. Cakmak, O. K. Ersoy, (2004), “Secondary Structure Prediction of
Hemoglobin by Neural Networks”, Intelligent Engineering Systems Through Artificial
Neural Networks: Smart System Engineering (ANNIE'04), 14: 837-842, 7-10 Nov. 2004,
St. Louis, Missouri, ABD.
10. M. Brandt, J. Frederick, T. Ibrikci, L. Kramer, K. Davidson, and J. Fletcher, (2003),
“Estimation of Brain Tissue Volumes from Magnetic Resonance Scans in Spina
Bifida”, Thirty-First Annual International Neuropsychological Society Conference,
Journal of the International Neuropsychological Society, 9, 176, 5-8 Feb. 2003,
Honolulu, Hawaii.
11. T. Ibrikci, M. Brandt, G.Wang, M. Açıkkar, (2002), “Mahalanobis Distance with Radial
Basis Function Network on Protein Secondary Structures”, 24rd International IEEEEngineering in Medicine and Biology (EMBS2002), 3: 2184-2185, 23-26 Oct. 2002,
Houston, TX, ABD.
12. V. Krishnamurthi, T. Ibrikci, S. Arıca, (1995), “Signal of Processing and Modeling of
the Response of Crayfish Photosensitive Ganglion”, International 14th IEEE-Engineering
in Medicine and Biology (EMBS1995), 2: 74-75, 15-18 Feb. 1995, New Delhi, Hindistan.
13. T. Ibrikci, V. Krishnamurthi, (1995), “Application of Neural Network For Home
Security System”, the Second International Conference on Artificial Neural Networks
and Genetic Algorithms (ICANNGA'95), sf: 448-451, 19-21 April 1995, Alès, Fransa.
12
D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
1.
J. Bektaş, T. İbrikçi, (2013), “An MRI Study on Volumetric Changes in the Brain of
Female Adolescents with Autism” , Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and
Architecture, 28 (2): 27-34.
2.
T. İbrikçi, O.Şen (2012), “Comparison of Nonlinear Classication on Brain MRI’s” , Ç.Ü.
Journal of Science and Engineering, 28 (3): 128-137.
3.
İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. Ibrikci, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram,
(2010), “Ortopedik Klinik Uygulamaları için Bir Fiksatörün Tasarımı İmalatı ve
Kullanışı”, Mühendislik ve Makina, 51 (600): 2-9.
4.
G. Çetin, T. Ibrikci, (2010), “Internet Traffic Forecasting and Analizing of Turkey by
Using Neural Networks”, Ç.Ü. Journal of Science and Engineering, 23(3): 187-198.
5.
I. Kaya, Ersöz, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2008), “Prediction of Protein Disorder Regions
with Support Vector Machines”, Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and
Architecture, 23 (2): 257-267.
6.
U. Eşme, I. Kaya, Ersöz, F. Kahraman, A. Sağbaş, T. Ibrikci, (2008), “Comprative
Modelling in Low Plasticity Burning (LPB) Process Using Back-Propagation (BPN) and
General-Regression Networks (GRNN)”, Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and
Architecture, 23 (2): 1-13.
E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan
bildiriler:
1.
İ. Çetin Taş, T. İbrikçi, S. Arıca, (2012), “Fundus Floresan Anjiografi Görüntülerinde
Diyabetik Retinopati Nedeniyle Oluşan Kanamaların Kümeleme, Sınıflama ve İyileştirme
Yöntemlerini Kullanarak Belirginleştirilmesi”, ELECO 2012, 29 Kasım-01 Aralık 2012,
Bursa, Türkiye.
2.
E. Karabulut, T. İbrikçi, (2010), “Birleştirilmiş Yapay Sinir Ağlarıyla Parkinson
Hastalığı Teşhisi”, ELECO 2010, 2-5 Aralık 2010, Bursa, Türkiye.
3.
İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. İbrikçi, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram,
(2009), “Ortopedik Klinik Uygulamalar İçin Bir Fiksatörün Tasarımı İmalatı ve
Kullanılışı”, III. Ulusal Tıbbi Cihazlar İmalatı Sanayi Kongre ve Sergisi (TİSKON 2009),
33-43, 6-7 Kasım 2009, Samsun, Türkiye.
4.
P. Kökçü, C. Türeli, T. İbrikçi, “Sepia officinalis (L.)’nin Bazı Morfolojik Özelliklerinin
Hesaplanmasında Yeni Bir Yaklaşım: Yapay Sinir Ağlarının Kullanılması”, XV. Ulusal
Su Ürünleri Sempozyumu, 01-04 Temmuz 2009, Rize
5.
İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. İbrikçi, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram,
(2009), “Stewart Platform Mekanizmasının Konuşlandırılmasıyla Kemik Fragmanlarının
Hızlanması”, 2.Ulusal Yapay Organlar ve Destek Sistemleri Kongresi, 16, 23-26 Nisan
2009, Antalya, Türkiye.
13
6.
T. İbrikçi, A. Çakmak, İ. Ersöz, M. Açıkkar, (2004), “Destek Vektörlerinin Proteinlerin
İkincil Yapılarını Tahmin etmek için Uygulanması”, X. Biyomedikal Mühendisliği Ulusal
Toplantısı (BİYOMUT 2004), 114-118, 25-27 Mayıs 2004, İstanbul, Türkiye.
7.
T. İbrikçi, A. Çakmak, İ. Ersöz, (2003), “Protein İkincil Yapıların Kendi Kendine
Organize Olma Metodu ile Tahmin Edilmesi”, IX. Biyomedikal Mühendisliği Ulusal
Toplantısı (BİYOMUT 2003), 29-30 Mayıs, 2003, İstanbul, Türkiye.
8.
N. Özdemir, T. İbrikçi, V. Tunay, N. Köroğlu, (2002), “El Yazı Rakamların Hatayı
Hızla Geriye Yayma Metodu Kullanılarak Tanınması”, Dr. Arslan Yazıcı Sempozyumu,
37-39, 27-29 Kasım 2002, Adana, Türkiye.
9.
T. İbrikçi, M. Güler, (2000), “Multilayer Networks Applied to Protein Secondary
Structure Prediction”, Türk Yapay Zekâ ve Sinir Ağları Sempozyumu (TAINN 2000), 199208, 21-23 Haziran, 2000, İzmir, Türkiye.
T. İbrikçi, K. Balasubramanian, Z.G. Altun, (1994), “Learning Time in Neural
Network”, Ç.Ü Müh-Mim. Fak. 15 Yıl Sempozyumu, Çukurova Üniv. Müh-Mim. Fak.
Dergisi Özel Sayısı, 1: 439 - 444, 4-7 Nisan 1994, Adana, Türkiye.
10.
F. Diğer yayınlar :
1.
İ. D. Akçalı, R.Esen, T. İbrikçi, M.K. Ün, (2010), “Fixatör Otomasyonu”, TÜBİTAK
Final Raporu, Proje No: 106M466.
2.
V. Yıldırım, T. İbrikçi, N. Tütüncü, (2008), “Ön Yüklü Helisel Başı Yaylarının Lineer
Statik, Burkulma ve Serbest Titreşim Problemleri için Bir Paket Programın Hazırlanması
ve Tasarım Grafiklerinin Elde Edilmesi”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 106M307.
3.
T. İbrikçi, (2007), “İşlemsel ve İstatistiksel Akıllı Yöntemlerin Düzenli ve Düzensiz
Yapılı Proteinlerin İşlevlerinin Tanımlanması ve Onarıcı İlaç Tasarımına Uygulanması”,
TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 104T505.
4.
T. İbrikçi, (2003), “Destek Vektörleri Yöntemi Kullanarak Proteinlerin İkincil
Yapılarının Tanımlanması”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 100E037.
*24-03-2014 tarihinde güncellenmiştir.
14