özgeçmiş ve eserler listesi özgeçmiş - Bitki Koruma

ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ
ÖZGEÇMİŞ
Adı Soyadı: Özer ÇALIŞ
Doğum Tarihi: 05. 04. 1971
Öğrenim Durumu:
Derece
Lisans
Y. Lisans
Doktora/S.Yeterlik/
Tıpta Uzmanlık
Bölüm/Program
Bitki Koruma Bölümü
School
of
Biological
Sciences
School
of
Biological
Sciences
Üniversite
Akdeniz Üniversitesi- Türkiye
Yıl
1993
University of East Anglia-İngiltere
1997
University of East Anglia-İngiltere
2002
Yüksek Lisans Tez Başlığı (özeti ekte) ve Tez Danışman(lar)ı : Mapping of
resistance to the ‘Ascochyta complex’ pathogens of Pisum sativum.
Tez Danışmanı: Dr. Brian G. LEWIS
Doktora Tezi/S.Yeterlik Çalışması/Tıpta Uzmanlık Tezi Başlığı (özeti ekte) ve
Danışman(lar)ı : Characterisation of RPW8-mediated reistance to powdery mildews of
Arabidopsis thaliana.
Tez Danışmanı: Prof. Dr. John G. TURNER.
Görevler:
Görev Unvanı
Ar.Gör.
Ar.Gör.
Dr. Arş. Gör.
Yard. Doç. Dr.
Yard. Doç. Dr.
Görev Yeri
Entomoloji A.B.D., Bitki Koruma
Akdeniz Üniversitesi
Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma
Gaziosmanpaşa Üniversitesi
Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma
Gaziosmanpaşa Üniversitesi
Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma
Gaziosmanpaşa Üniversitesi
Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma
Akdeniz Üniversitesi
Bölümü, Ziraat Fakültesi
Bölümü, Ziraat Fakültesi
Bölümü, Ziraat Fakültesi
Bölümü, Ziraat Fakültesi
Bölümü, Ziraat Fakültesi
Yıl
1993-1994
1994-2002
2002-2004
2005-2014
2014- …
Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri :
1. Çiğdem (DİNÇ) YAZAR: Arabidopsis thaliana (Fare Kulağı Teresi)'da Konukçu Dışı
Dayanıklılık Lokuslarının Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalık Etmeni İçin
Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi.
2. Şerife TOPKAYA: Domateste Erken Yanıklık Hastalığına Dayanıklılık Sağlayan
Genlerin Moleküler Markörler Yardımıyla Genetik Haritalaması Ön Çalışmaları. Yüksek
Lisans Tezi.
3. Sevilay SAYĞI: Tokat Domates Üretim Alanlarında Bakteriyel Kanser (Clavibacter
michiganensis subsp. michiganensis) Hastalığının Yaygınlığı Ve Bu Hastalığa Karşı
Domates Genotiplerinin Reaksiyonlarının Belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi.
4. Demet ÇELİK: Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp.
michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik Kalıtımın Belirlenmesi.
Yüksek Lisans Tezi.
5. Yusuf BAYAN: Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp.
michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerde Fenolik Maddelerin Araştırılması.
Yüksek Lisans Tezi.
6. Deniz KARABULUT: Bakteriyel kanser ve solgunluk (Clavibacter michiganensis subsp.
michiganensis: Cmm) hastalığına dayanıklı ümitvar domates mutantlarında
dayanıklılığın moleküler karakterizasyonu. Yüksek lisans tezi. Devam ediyor.
Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları:
1. Demet ÇELİK: Orta Karadeniz Bölgesinde Hale Yanıklığı (Pseudomonas syringae pv.
phaseolicola) ile Adi Yaprak Yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv.phaseoli) Etmenlerinin
Belirlenmesi ve Fasulye Hatlarının Bu Hastalıklara Karşı Reaksiyonları. Devam Ediyor.
Projelerde Yaptığı Görevler :
1. Domateste Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalığına Karşı Dayanıklılık Genlerinin
Bulunması. TÜBİTAK Projesi, Proje Yürütücüsü (2004-2007).
2. Orta ve Doğu Karadeniz Bölgesi Doğal Florasındaki Ahududu ve Böğürtlen Genotipleri
Arasındaki Biyoçeşitliliğin Morfolojik, Fitokimyasal, Moleküler Belirteçlerle Saptanması
ve Gen Kaynaklarının Korunmaya Alınması. TÜBİTAK Projesi, Projede Araştırmacı
(2007-2010).
3.
Moleküler Biyoteknoloji Ve Gen Mühendisliği Araştırma
Oluşturulması. DPT Projesi, Projede Araştırmacı (2004-2007).
Merkezi
Altyapısının
4. 'Gen-Pro: Bitkisel Genomik Ve Proteomik Ulusal Mükemmeliyet Ağı- Ulusal Gen
Kaynaklarımızın Karakterizasyonu Ve Modern Biyoteknoloji Yöntemleri Kullanılarak
Değerlendirilmesi Ana Projesi İçerisinde Yeşilırmak Havzasına Uygun Buğday Ve Arpa
Çeşitlerinin Moleküler Destekli Seçim Yoluyla Islahı' Konulu Alt Araştırma Projesi. DPT
Projesi, Projede Araştırmacı (2004-2008).
5. Tahıllarda mikotoksin üreten Fusarium türlerinin tanımlanması, farklı tahıl türlerinde
mikotoksin zearalenone (ZON) miktarının saptanması ve iklim koşullarının ZON
oluşumuna etkisinin araştırılması. DPT Projesi, Projede Araştırmacı (2005-2008).
6. Arabidopsis thaliana (Fare Kulağı Teresi)'da Konukçu Dışı Dayanıklılık Lokuslarının
Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalık Etmenin Kontrolü İçin Araştırılması.
Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2006-2008).
7.
Moleküler Markörleri Kullanarak Domateste Erken Yanıklık Hastalığına
Polimorfizmin Belirlenmesi. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP),
Yürütücüsü (2006-2008).
Karşı
Proje
8. Tokat Domates Üretim Alanlarında Bakteriyel Kanser (Clavibacter michiganensis
subsp. michiganensis) Hastalığının Yaygınlığı Ve Bu Hastalığa Karşı Domates
Genotiplerinin Reaksiyonlarının Belirlenmesi. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi
(BAP), Proje Yürütücüsü (2008-2010).
9.
Domates
Bakteriyel
Kanser
Hastalığı
(Clavibacter
michiganensis
subp.
michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik Kalıtımın Belirlenmesi.
Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2010-2011).
10.
Domates Bakteriyel
Kanser Hastalığı
(Clavibacter michiganensis subp.
michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerde Fenolik Maddelerin Araştırılması.
Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2010-2011).
11.
Karadeniz Bölgesinde Önemli Fasulye Üretim Alanlarında Hale Yanıklığı
(Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) ve Adi Yaprak Yanıklığı (Xanthomonas
axonopodis pv. phaseoli) Etmenlerinin Belirlenmesi ve Bazı Fasulye Islah Hatlarının Bu
Etmenlere Karşı Dayanıklılık Durumlarının Araştırılması. TAGEM Karadeniz Tarımsal
Araştırma Enstitüsü, Proje Danışmanı (2013-2015).
12.
Kiraz, Vişne Gibi Sert Çekirdekli Meyve Ağaçlarında Görülen Hastalıkların
Tanılanması. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (20122013).
13. Bakteriyel Kanser ve Solgunluk (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis:
Cmm) Hastalığına Dayanıklı Ümitvar Domates Mutantlarında Dayanıklılığın Moleküler
Karakterizasyonu. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü
(2013-2014).
14. Domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına karşı dayanıklı M3-9 ve M3-15
mutant domates bitkisinlerinde haritalama çalışmaları. Kurumsal Bilimsel Araştırma
Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2014-2015).
İdari Görevler :
Bitki Koruma Bölümü Başkan Yardımcılığı (2005-2008)
Bölüm ERASMUS Koordinatörlüğü (2005-2008)
Ziraat Fakültesi ERASMUS Koordinatörlüğü (2006-2008)
Bologna Eşgüdüm Komisyonu Üyeliği (2011- Devam Ediyor)
Gaziosmanpaşa Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu Üyeliği (2011-2012)
Bitki Koruma Bölümü Başkan Yardımcılığı (2012- Devam Ediyor)
Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler :
The European Plant Science Organisation (EPSO) (2007 - Devam Ediyor)
Türkiye Fitopatoloji Derneği (2013 – Devam Ediyor)
International Fund for Animal Welfare (IFAW) (2008 - Devam Ediyor)
Ödüller :
Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) 2219- Yurt Dışı Doktora
Sonrası Araştırma Bursu ile Institute For Health and Consumer Protection (IHCP), Joint
Research Centre (JIC), İtalya'da 'Development and Testing of Analytical Methods for the
Molecular Characterisation and Traceability' konusunda 1 (bir) yıl desteklenmiştir.
Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler (Açılmışsa, yaz
döneminde verilen dersler de tabloya ilave edilecektir):
Akademik
Yıl
Dönem
Güz
2012-2013
İlkbahar
2013-2014
Güz
Dersin Adı
Bitki
Hastalıkları
Savaş
Yöntem ve İlaçlar
Bakteriyoloji ve Bitki Bakteri
Hastalıkları
Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş
I
Moleküler Bitki Hastalıkları
Dayanıklılık Genleri ve Protein
Mühendisliği
Viroloji
ve
Bitki
Virus
Hastalıkları
Biyoteknolojiye Giriş
Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş
II
Moleküler BitkiMikroorganizma İlişkileri
Moleküler
Dayanıklılık
Mekanizmaları
Bakteriyoloji ve Bitki Bakteri
Hastalıkları
Mesleki İngilizce I
Depo Ürün Hastalık ve
Zararlıları
Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş
I
Moleküler Bitki Hastalıkları
Bitki Dayanıklılık
Mekanizmaları
Haftalık Saati
Teorik Uygulama
Öğrenci
Sayısı
3
0
28
2
2
30
0
2
30
3
0
3
3
0
2
2
2
30
0
2
26
3
0
30
3
0
2
3
0
2
1
2
35
0
2
13
0
2
30
2
1
32
3
0
6
3
0
4
İlkbahar
Viroloji
ve
Bitki
Virus
Hastalıkları
Fitopatoloji
Mesleki İngilizce II
Biyoteknolojiye Giriş
Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş
II
Moleküler BitkiMikrooorganizma İlişikileri
Bitkilerin Viruslerden
Kazanılmış Dayanıklılık
Mekanizmaları
3
0
2
3
2
2
0
0
0
1
9
26
4
0
32
3
0
3
3
0
3
ESERLER
A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
A1. Calis, O., Saygı, S., Celik, D. (2012). Molecular identification of bacterial canker and
bacterial wilt diseases in tomatoes. Bulgarian Journal of Agricultural Science 18:682-688.
A2. Çalış, Ö., Bayan, Y., Çelik, D. (2012). Characterization of resistant tomato mutants
to bacterial canker disease. African Journal of Biotechnology 11:8070-8075.
A3. Çalış, Ö., Topkaya, Ş. (2011). Genetics analysis of resistance to early blight disease
in tomato. African Journal of Biotechnology 10:18071-18077.
A4. Xiao, S. Y., Calis O, Elaine Patrick, E., Zhang, Z., Charoenwattana, P., Muskett, P.,
Parker, J., Turner, J.G. (2005). The atypical Resistance gene, RPW8, recruits components
of basal defence for powdery mildew resistance in Arabidopsis. Plant Journal 42: 95-110.
A5. Xiao, S. Y., Calis, O., Brown, S., Charoenwattana, P., Ratanasut, K., Patrick, E.,
Holcombe, L., Coleman, M., Jaggard, D. and Turner, J. G. (2002). Characterization of
RPW8-Mediated Mildew Resistance in Arabidopsis and Tobacco. In Biology of PlantMicrobe Interactions (eds. Leong, S.A., Allen, C. and. Triplett, E. W.). Volume 3. pp 1518. International Society for Molecular Plant Microbe Interactions Press.
A6. Xiao, S. Y., Ellwood, S., Calis, O., Patrick, E., Li, T., Coleman, M., and Turner, J. G.
(2001). Broad-Spectrum Mildew Resistance in Arabidopsis thaliana Mediated by RPW8.
Science 291: 118-121.
A7. Tunç, İ., Erler, F., Dağlı, F. and Çalış, Ö. (1997). Insecticidal Activity of Acetone
Vapours Journal of Stored Product Research 33: 181–185.
B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings)
basılan bildiriler :
B1. Xiao, S. Y., Calis, O., Patrick, E., Brown, S., Charoenwattana, P., Ranasut, K.,
Jaggard, D., Coleman, M. and Turner, J. G. (2001). RPW8, Functional characterisation of
RPW8: a broad spectrum resistance gene from Arabidopsis. 10th International Congress
on Molecular Plant Interaction, Wisconsin 2, USA, 10-14 July.
B2. Xiao, S.Y., Calis, O., Patick, E., Brown, S. B., Charoenwattana, P., Ratanasut, K.,
Jaggard, D., Coleman, M., Turner,, J. G. (2001). RPW8, a novel resistance gene locus of
Arabidopsis: Its evolution, signalling, and potential inter-generic utilization. 10th
International Congress on Molecular Plant Interaction, Wisconsin 2, USA, 10-14 July.
B3. Calis, O., Xiao, S. Y. and Turner, J. G. (2000). Characterisation of RPW8-mediated
resistance in Arabidopsis thaliana 6th International Congress of Plant Molecular Biology,
Quebec, Canada, June 18-24.
B4. Xiao, S. Y., Ellwood, S., Calis, O., Patrick, E. Li, T., Jaggard, D., Beckett, P., Oliver,
R. P, Coleman, M. and Turner, J. G. (2000). Arabidopsis mildew resistance BSPP
Presidential Meeting 2000 Plant-pathogen interactions: understanding mechanisms of
resistance and pathogenicity for disease control. Wye College, London, England 18-20
December
B5 Xiao, S.Y., Ellwood, S., Calis, O., Coleman, M. J., Oliver, R. P., Turner, J. G. (1999).
Characterisation of RPW8: A major gene conferring resistance in Arabidopsis to four
species of Erysiphe. Molecular Plant-Microbe Interactions 9th International Congress.
Amsterdam July 25-30 1999
D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
D1. Çalış, Ö., Sayğı, S., Çelik, D., Bayan, Y. (2013). Domates bakteriyel kanser ve
solgunluk hastalığına dayanıklılık ve ters genetik. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi
Dergisi. 26:5-10.
D2. Çalış, Ö., Çekiç, Ç., (2013).Yabani Çilek Genotiplerinde Külleme Hastalık Etmenine
Dayanıklılığın Karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Araştırma Dergisi 6:146-150.
D3. Çalış, Ö., Yazar, Ç. (2011) Fare Kulağı Teresi, Arabidopsis thaliana'da Konukçu Dışı
Dayanıklılığın Erken Yanıklık Hastalık Etmeni Alterneria solani'nin Kontrolü İçin
Araştırılması. Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 28:179-186.
D4. Çalış, Ö. (2011). Bitki Dayanıklılık Genleri ve Proteinleri. Türk Bilimsel Derlemeler
Dergisi 4:1-9.
D5. Çalış, Ö. ve Çelik, D. (2011). Bakteriyel Benek Hastalık Etmenine (Pseudomonas
syringae pv. tomato DC3000) Karşı Kültür Domateslerinde Hassas ve Dayanıklı Hatların
Belirlenmesi. Biyoloji Bilimleri Araştırma Dergisi 4:7-11.
D6. Calis, O. (2010). Molecular analysis of GMOs using real-time PCR and importance of
these analyses for Turkish Biosafety Regulations. Turkish Journal of Scientific Reviews.
3:81-94.
D7. Çalış. Ö. (2004). A novel broad spectrum resistance gene (RPW8) controls powdery
mildews. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 17: 9-17.
E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler:
E1. Çalış,Ö., Karakaş, H., Özdemir, F., Karabulut, D. (2014). Bakteriyel kanser ve
solgunluk hastalığına dayanıklı domates genotiplerinde haritalama çalışmaları. 10. Sebze
Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül, Tekirdağ.
E2. Çalış, Ö., Karabulut, D. (2014). Bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına
(Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) dayanıklı domateslerde dayanıklılığın
karakterizasyonu. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 212, 3-5 Şubat, Antalya.
E3. Çalış, Ö., Atalay, E., Çam, H., Kasap, A. (2014). Bakteriyel kanser ve solgunluk
hastalığına (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) hassas ve dayanıklı
domateslerde ürün kaybının dijital teknolojiyle belirlenmesi. Türkiye V. Bitki Koruma
Kongresi, 214, 3-5 Şubat, Antalya.
E4. Çalış, Ö., Soylu, S., Çekiç, Ç., Karabulut, D. (2014). Yabani ve kültür çileklerinde
hastalık yapan külleme etmeninin (Podosphaera aphanis var. aphanis) klasik ve
moleküler yöntemlerle tanılanması. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 232, 3-5 Şubat,
Antalya.
E5. Çalış, Ö., Yanar, Y., Kara, M., Kara, S., Karabulut, D.(2014). Kiraz ve vişne gibi sert
çekirdekli meyve ağaçlarında kurumalara neden olan hastalıkların belirlenmesi. Türkiye V.
Bitki Koruma Kongresi, 234, 3-5 Şubat, Antalya.
E6. Çalış, Ö., Yanar, Y., Kara, S., Kara, M., Karabulut, D., Belgüzar, S. (2013). Kiraz ve
vişne ağaçlarında kurumalara neden olan hastalıkların belirlenmesi. Ulusal Tarım
Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya.
E7. Çalış, Ö., Sayğı, S., Çelik, D., Karabulut, D., Kara, M. Karakaş, H. (2013). Bakteriyel
kanser hastalığına genetik olarak farklı mutasyonlara sahip dayanıklı domatesler. Türkiye
V. Organik Tarım Sempozyumu, 25-27 Eylül, Samsun.
E8. Özgen, M., Çekiç, Ç., Saraçoğlu, O., Gündüz, K., Çalış, Ö., Yıldız, K., İslam, A.,
Kalkışım, Ö., Macit, İ. (2012). Yabani ve kültür böğürtlenlerinin (Rubus fructicosus L.)
fitokimyasal içeriklerinin karşılaştırılması. 3-5 Ekim, Antalya, 52.
E9. Kara, S., Çalış, Ö., Çekiç, Ç. (2012). Orta Ve Doğu Karadeniz Bölgelerinden Toplanan
Ahududu Ve Böğürtlen Genotiplerinin Armut Ateş Yanıklığı (Erwinia amylovora)
Hastalığına Olan Reaksiyonlarının Belirlenmesi. IV. Ulusal Üzümsü Meyveler
Sempozyumu, 3-5 Ekim, Antalya,
E10. Çalış, Ö., Çekiç, Ç. (2012). Yabani Çilek Genotiplerinde Külleme Hastalık Etmenine
Dayanıklılığın Karakterizasyonu. Tarım Sempozyumu, 20-23 Nisan, Çankırı.
E11. Çalış, Ö., Bayan Y. (2011). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter
michiganensis Subsp. michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerdeki Fenolik
Maddelerin Belirlenmesi Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran,
Kahramanmaraş.
E12. Çalış,Ö., Çelik, D. (2011). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter
michiganensis Subp. michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik
Kalıtımın Belirlenmesi. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran,
Kahramanmaraş.
E13. Çalış, Ö., Çam, H., Gökçe, A. (2011). Badem İçkurdu ve Beyaz Sineğin Moleküler
Tanısı Üzerine Çalışmalar. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran,
Kahramanmaraş.
E14. Çalış, Ö., Çelik, D., Sayğı, S. (2011). Tokat Domates Üretim Alanlarında Tohum ve
Fide Kaynaklı Bakteriyel Kanser Hastalığının Durumu. Türkiye IV Tohumculuk Kongresi
14-17 Haziran, Samsun.
E15. Çalış, Ö., Sayğı, S. (2010). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığına (Clavibacter
michiganensis subsp. michiganensis) Dayanıklılığın Moleküler Temeli. I. Ulusal Moleküler
Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya.
E16. Çalış, Ö., Çelik, D.(2010). Bakteriyel Benek Hastalık Etmenine (Pseudomonas
syringae pv. tomato DC3000) Karşı Kültür Domateslerinde Dayanıklılığın Belirlenmesi I.
Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya.
E17. Çekiç, Ç., Özgen, M., Çalış, Ö., Yıldız, K., İslam, A., Kalkışım, Ö., Macit, İ. (2009).
Orta ve Doğu Karadeniz Bölgesinden Toplanan Yabani Böğürtlen Genotiplerinin Bazı
Pomolojik ve Kimyasal Özelliklerinin Belirlenmesi. III. Ulusal Üzümsü Meyveler
Sempozyumu, 10-14 Haziran, Kahramanmaraş.
E18. Çalış, Ö., Topkaya, Ş. (2008). Domateste Erken Yanıklık Hastalığına Karşı
Dayanıklılık Genlerinin Belirlenmesi. VII. Sebze Tarımı Sempozyumu, 26-29 Ağustos,
Yalova.
E19. Çalış, Ö., Çekiç, Ç., Topkaya, Ş. (2006). Hastalıklara Dayanıklılık Kaynağı Olarak
Yabani Çilek. II. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu s. 378-381, 14-16 Eylül, Tokat.
E20. Çekiç, Ç., Çalış, Ö. (2006). Tokat Florasında Doğal Olarak Yetişen Yabani Çilek
Tipleri Arasındaki Varyasyonun Moleküler Belirteçlerle Belirlenmesi. II. Ulusal Üzümsü
Meyveler Sempozyumu s. 112-115, 14-16 Eylül, Tokat.
E21. Çalış, Ö. (2005). Domateste Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalığına Karşı
Dayanıklılık Genlerinin Bulunması ve Dayanıklı Tohum Üretimi. Türkiye II. Tohumculuk
Kongresi, 9-11 Kasım, Adana.
E22. Çalış, Ö, Çekiç, Ç., Güneş, M. (2003) Bazı Yabancı Çilek Çeşitlerinin Botrytis cinerea
(Kurşuni Küf) Hastalığına Karşı Dayanıklılıklarının Belirlenmesi Üzerine Bir Araştırma.
Ulusal Kivi ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu, s. 277-282, 23-25 Ekim, Ordu.
E23. Çekiç, Ç. Çalış, Ö., Güneş, M., Gerçekçioğlu, R. (2003) Bazı Malç Materyallerinin
Çilekte Hasat Sonrası Görülen Mantari Hastalıkların Önlenmesi Üzerine Etkisi. Ulusal Kivi
ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu, s. 221-225, 23-25 Ekim, Ordu.
F. Diğer yayınlar :
Yüksek Lisans Tez Özeti (İngilizce): Mapping of resistance to the ‘Ascochyta
complex’ pathogens of Pisum sativum L.
Three fungal pathogens Phoma medicaginis var. pinodella Jones, Mycosphaerella
pinodes Berk & Blox and Ascochyta pisi Lib. cause the ‘Ascochyta complex’disease of pea
(Pisum sativum).
When leaves or stems of four different lines of P. sativum were inoculated with the
fungal pathogens, reactions could be distinguished as resistance or susceptibility.
Resistant parents produced limited lesions resembling a hypersensitive reaction, but
susceptible lines produced brown-black spreading lesions. A fairly clear distinction was
observed between JI 15 (resistant) and JI 399 (susceptible) parents. Recombinant inbred
lines (RILs) were created by single seed descent from these lines. The RILs were used to
identify resistance gene(s) with two point multiple linkage analysis program.
Linkage analysis of stem assays showed that resistance to P. medicaginis var.
pinodella was determined by a single resistance gene. This, the Rpm17 gene was linked
with an AFLP marker 7B/2- on the VII. chromosome linkage group.
When the RILs were tested with two isolates (Mp-1, Mp-3) of M. pinodes, genetic
analysis showed that resistance to Mp-1 was identified as monogenic. However, when
analyzed with the linkage program, the gene did not give any linkage with available
molecular markers. Genetic analysis also showed that more than one gene controls the
resistance mechanism to the Mp-3 isolate, pathogenicity test results on the RILs were
analyzed with a linkage program and the Rmp3 gene was found to be linked with the
AFLP marker 7A/5- on the chromosome III. Linkage group.
Finally, pathogenicty tests of RILs were used for three isolates (Bp-1, Bp-2, and
Bp-3) of A. pisi. According to the pathogenicity test results of Bp-1, the ratio differed
from 1 resistant : 1 susceptible. Genetical analysis showed that more than one resistance
gene controls the resistance mechanism. The characterized gene cannot be analyzed with
the two point multiple linkage program. Pathogenicity test results of Bp-2 indicated that
only one resistance gene controls the resistance mechanism, but linkage analysis did not
show linkage with molecular markers. Results of the Bp-3 leaf assays showed that there
is only single resistance gene controlling resistance to the pathogen , the results were
analyzed with the linkage program and the nominated BP3 gene was linked with the
terminal AFLP marker Tps1/11- at the chromosome III linkage group.
Yüksek Lisans Tez Özeti (Türkçe): Bezelye'de (Pisum sativum) 'Ascochyta
kompleks' patojenlerine dayanıklılığın haritalanması
Bezelye'de (Pisum sativum) üç fungal patojen Phoma medicaginis var. pinodella
Jones, Mycosphaerella pinodes Berk & Blox and Ascochyta pisi Lib. 'Ascochyta kompleks'
adı verilen hastalıkları oluşturmaktadır.
Dört farklı Pisum sativum bitkisinin yaprakları ve gövdeleri bu fungal hastalık
patojenleri ile inokule edildiğinde dayanıklı ve hassas reaksiyon gösteren bitkiler ayırt
edilebilir. Dayanıklı ebeveynler hipersensitif reaksiyona benzeyen sınırlı lezyonlar
oluştururken hassas hatlar kahverengi-siyah renkte giderek yayılan lezyonlar
oluşturmaktadırlar. Dayanıklı (JI 15) ve hassas (JI 399) ebeveynler arasında fenotipik
ayrım kolayca yapılabilmektedir. Bu iki ebeveynden oluşturulan Rekombinant Inbred
hatlar (RILs) tek bir tohumun her bir jenerasyonda seçilmesiyle oluşturulmuştur.
Oluşturulan RILs bitkileri dayanıklılık gen(ler)ini bulabilmek için iki noktalı multiple
linkage analysis programında analiz edilmiştir.
Gövde üzerinde yapılan patojenisite testlerinin linkage analiz programındaki
sonuçlarına göre bir genin P. medicaginis var. pinodella hastalık etmenine karşı
dayanıklılığı sağladığı bulunmuştur. Bu Rpm17 adı verilen dayanıklılık geni VII. kromozom
üzerinde bulunan 7B/2 AFLP markörü ile eşleşmiştir.
RILs bitkilerinin M. pinodes fungal etmenin iki izolatı (Mp-1, Mp-3) ile testlenmesi
sonucunda genetik analizler Mp-1 izolatına karşı monogenik bir geni göstermiştir. Fakat,
linkage analiz programı bu genin eşleştiği uygun bir moleküler markörü bulamamıştır.
Genetik analizler Mp-3 izolatına karşı birden fazla genin dayanıklılığı kontrol ettiğini
ortaya koymuştur. RILs bitkileri ile yapılan patojenisite test sonuçlarının linkage
programında analizleri, Rmp3 genin III. kromozom üzerinde bulunan 7A/5- AFLP markörü
ile eşleştiğini ortaya koymuştur.
Son olarak, RILs bitkileri üç A. pisi izolatı (Bp-1, Bp-2 ve Bp-3) ile patojenisite
testlerine tabi tutulmuşlardır. Patojenisite testlerinde Bp-1 izolatına karşı RILs bitkileri 1
dayanıklı: 1 hassas oranından farklı bir oran göstermiş olup genetik analizler birden fazla
genin dayanıklılığı kontrol ettiğini ortaya koymuştur. Burada karakterize edilen
dayanıklılık geni mevcut iki noktalı multiple linkage analysis programında analiz
edilememektedir. Bp-2 izolatı ile yapılan patojenisite test sonuçları bir dayanıklılık genin
dayanıklılık mekanizmasını kontrol ettiğini göstermektedir. Fakat linkage programı bu
dayanıklılık geninin moleküler markörler ile eşleştirememiştir. Bp-3 izolatı ile yapılan
yaprak testleri sonucunda bu hastalık patojenine karşı bir genin dayanıklılığı kontrol ettiği
bulunmuştur. Linkage programı ile yapılan analizler sonucunda BP3 adı verilen genin III.
kromozomun uç kısmı üzerinde Tps1/11- AFLP markörü ile eşleştiği bulunmuştur.
Doktora Tez Özeti (İngilizce): Characterisation of RPW8-mediated resistance to
powdery mildews of Arabidopsis thaliana
The RESISTANCE TO POWDERY MILDEW 8 gene (RPW8) is a novel type of R-gene
from Arabidopsis thaliana ecotype Ms-0, which encodes a small, probable membrane
associated protein with a possible coiled-coil domain (Xiao et al., 2001). The predicted
RPW8 protein is therefore completely different from the products of other R-genes. This
raises the question whether RPW8-mediated resistance is different from that regulated by
other R-genes. The research described here contributes addresses this question by
characterisation of the RPW8 phenotype.
Plant disease resistance (R) genes govern the recognition of specific pathogens
and activate subsequent defense responses. The recently cloned RPW8 gene controls
resistance to powdery mildew pathogens. To characterise RPW8 specificity, a range of
pathogens was examined for virulence on A. thaliana Col-0 containing the RPW8
transgene. All the tested Erysiphe pathogens were avirulent on the RPW8 resistant plants
showing the RPW8 gene was a broad-spectrum powdery mildew resistance gene. The
RPW8 transgenic plants were susceptible to other pathogens tested, including downy
mildew fungus Peronospora paratica Noco2, bacterial pathogen Pseudomonas syringae
pv. tomato, and viral pathogen Cauliflower mosaic virus. To establish the genetic
variation in virulence toward A. thaliana of the powdery mildew isolates/species tested,
they were also screened for virulence on a range of ecotypes of this plant. These tests
revealed that there was a possible gene-for-gene interaction between Arabidopsis
accessions and powdery mildew races.
The resistance conferred by RPW8 gene was associated with a hypersensitive
response (HR). This was characterised by timing of hydrogen peroxide (H 2O2)
accumulation in plant epidermal cells penetrated by the pathogen. The powdery mildew
attacked cells accumulated H2O2 producing rapid cell death. The RPW8 resistance
mechanism was also associated with accumulation of transcript for pathogenesis-related
proteins PR-1, PR-2 and PR-5. The induction of PR genes was significantly increased from
2 day post inoculation (DPI) to 5 DPI. The accumulation of the PR proteins was an
important step to characterise the RPW8-mediated resistance.
To test whether RPW8 uses similar defence signal cascade to that used by other
R-genes, previously isolated mutations were introduced by crossing into RPW8 plants.
The plants, homozygous for both RPW8 transgene and mutation, were inoculated in
pathogenicity tests showing that the RPW8 gene required absolutely EDS1, PAD4, EDS5
genes through a salicylic acid dependent signalling pathway and partial NPR1 gene
function for powdery mildew resistance. Absence of these components in RPW8-mediated
mechanism resulted in susceptibility. RPW8 did not require NDR1 or PBS3 genes or the
jasmonic acid signalling pathway for resistance. The results revealed that the RPW8
induced resistance through a signal pathway similar to that used by TIR-NBS-LRR R
genes.
To identify other required genes for RPW8 resistance, RPW8 seeds were
mutagenised with EMS and screened for mutants susceptible to E. cichoracearum UCSC1.
The screening identified 14 candidate mutants in 5 complementation groups. One of the
mutants, P8-1 was mapped on chromosome 3 with nga6 SSLP marker. Further
complementation tests revealed that the mapped mutant was an allele of PAD4.
Doktora Tez Özeti (Türkçe): Arabidopsis thaliana bitkisinde külleme hastalığına
dayanıklılığı sağlayan RPW8 genin karakterizasyonu
KÜLLEME 8 DAYANIKLILIK geni (RPW8) yeni bir tip dayanıklılık (R) geni olup
Arabidopsis thaliana Ms-0 ekotipinde bulunmuştur. Bu RPW8 geni küçük, membrana bağlı
bir coiled-coil bölgesi içeren protein yapısı kodlamaktadır (Xiao ve ark., 2001). Tahmin
edilen RPW8 proteini diğer R genlerinin kodladıkları protein ürünlerinden tamamen farklı
oluğu anlaşılmaktadır. Bu ise RPW8 genin sağladığı dayanıklılığın diğer R genlerinin
oluşturduğu dayanıklılıktan farkını ortaya koyma zorunluluğunu ortaya çıkarmaktadır. Bu
araştırma RPW8 fenotipinin karakterizasyonunu ve yukarıda çıkan soruları cevaplamak
için gerçekleştirilmiştir.
Bitki hastalıklarına dayanıklılık (R) genleri spesifik olarak patojenleri tanımlamakta
olup bunlara karşı uygun savunma cevapları oluşturmaktadırlar. Yeni klonlanan RPW8
geni külleme hastalığı etmenlerine karşı dayanıklılığı kontrol etmektedir. RPW8 genini
karakterize etmek için virulent külleme etmenleri RPW8 transgeni içeren Col-0 ekotipleri
üzerinde test edilmişlerdir. Test edilen tüm avirulent Erysiphe patojenleri RPW8 geni
içeren bitkiler üzerinde hastalık oluşturmamakta ve RPW8 dayanıklılık geni genişspektrumlu olarak külleme hastalıklarına dayanıklılık sağlamaktadır. RPW8 transgenik
bitkiler diğer patojenlere karşı hassaslık göstermektedir. RPW8 transgenik bitkilerin
hassas olduğu patojenlere mildiyö hastalık etmeni fungal Peronospora paratica Noco2,
bakteriyel etmen Pseudomonas syringae pv. tomato ve viral etmen cauliflower mosaic
virus sayılabilir. Genetik olarak varyasyonu ortaya koyabilmek için A. thaliana bitkileri ile
külleme hastalık etmeni tür/izolatları test edilmiş olup ecotipler üzerinde virulent olan
küllemeler araştırılmıştır. Bu testler Arabidopsis bitkileri ile külleme hastalık ırkları
arasındaki mümkün olan gen-için-gen ilişkilerini ortaya koymuştur.
RPW8 geninin kontrol ettiği dayanıklılık hipersensitif response (HR) ile birlikte
bulunmuştur. Bu durum patojenin epidermal hücrelere penetrasyonu ile aynı zamanda bu
hücrelerde hidrojen peroksit (H2O2) oluşumunun gerçekleşmesiyle karakterize edilmiştir.
Külleme etmenin saldırdığı hücrelerde oluşan H2O2 hücrelerin aniden ölmesinen neden
olmuştur. RPW8 dayanıklılık mekanizması aynı zamanda patojene özelleşmiş proteinlerin
(pathogenesis-related (PR) proteins), PR-1, PR-2 ve PR-5 miktarlarının artmasına neden
olmaktadır. Nitekim PR genlerinin oluşturdukları protein miktarlarında inokulasyondan 2
gün sonra (DPI) ile 5 DPI sonrasında çok büyük miktarda artış bulunmuştur. Bu PR
proteinlerinin miktarındaki artış, RPW8 geni tarafından kontrol edilen dayanıklılık
mekanizmasının aydınlatılmasında önemli bir basamaktır.
RPW8 genin diğer R genleri tarafından kontrol edilen benzer savunma
mekanizmalarının izlemiş olduğu sinyal yolunu ortaya çıkarabilmek için daha önce izole
edilen mutantlar RPW8 geni içeren bitkilerle melezlenmiştir. Oluşturulan bu bitkiler, hem
RPW8 trasgenini içermekte hem de mutasyonu homozigot olarak taşımaktadırlar. Bu
bitkilerde yapılan patojenisite testleri, RPW8 genin EDS1, PAD4, EDS5 genleri ve salisilik
aside bağlı bir sinyal yolunu izlediği ve NPR1 genini kısmen ihtiyaç duyarak külleme
hastalığına karşı dayanıklılığı sağladığı ortaya konmuştur. Bu genlerin RPW8 geni
içerisinde bulunmadığı durumlarda bitkilerde hastalık görülmüştür. RPW8 geni NDR1 yada
PBS3 genlerini yada jasmonik asidi dayanıklılık mekanizmasının oluşturulmasında ihtiyaç
duymamaktadır. Bu sonuçlar RPW8 genin TIR-NBS-LRR dayanıklılık genlerinin izlemiş
olduğu bir sinyal yolunu takip ettiğini göstermektedir.
RPW8 genin dayanıklılık mekanizmasında ihtiyaç duyduğu diğer genleri ortaya
çıkarabilmek için RPW8 geni içeren tohumlar EMS ile mutasyona uğratılarak E.
cichoracearum UCSC1 patojenine hassas olan mutantlar taranmıştır. Taramalar
sonucunda 14 hassas bitki adayı 5 farklı grup içinde toplanmıştır. Bu mutantlar içinden
seçilen P8-1 mutantı 3. kromozom üzerinde olan nga6 SSLP markörü ile yeri
haritalanmıştır. Yapılan detaylı araştırmalar bu mutantın PAD4 genin bir alleli olduğunu
ortaya koymuştur.