Dotlet - Journal of Cell and Molecular Biology

Dotlet - Journal of Cell and Molecular Biology

Journal of Cell and Molecular Biology 7(2) & 8(1): 81-82, 2010
Haliç University, Printed in Turkey.
http://jcmb.halic.edu.tr
Software Review
Dotlet©: powerful and easy strategy for pairwise comparisons
Authors: Marco PAGNI & Thomas JUNIER, form the Swiss Institute of Bioinformatics in
Epalinges, Switzerland.
License: Freeware
Dotlet at a glance
For a molecular biologist, making dot plots are the
simplest means for comparing two sequences. This
is because dot or matrix plots provide an easy and
powerful means of sequence analysis (Junier and
Pagni, 2000). For instance, it is very useful in
searching out regions of similarity between two
sequences and repeats regions within a single
sequence. In this regard, Dotlet is one of the most
user-friendly dot-plot programs available over the
internet. Dotlet program is a very convenient tool
for making dot plots because of it is free of charge,
easy to use, doesn’t need any installation, and can
run on any computer that has access to internet.
Recently, it has been extensively used to build
pairwise comparisons in many peer-reviewed
scientific articles.
Dotlet history
The authors described the reason why they wrote
dotlet as they needed a diagonal plot tool during
their practical sessions in bioinformatics, in
December 1998, at the Institute of Biochemistry in
Switzerland. At that time, they needed a program
that would run in a web browser based on the
World-Wide Web. To my knowledge, this program
was the first dot plots software based on the
internet then.
Advantages and disadvantages of Dot plot
Advantages
-
Dotlet is very easy to use and free of charge.
-
Dotlet is an internet-based program that runs on
(almost) any computer that has access to the
internet.
-
Dotlet is not a server but a Java applet which
means that everything Dotlet does, it does on
your own computer offline.
-
Dotlet is safe to use because each sequence you
compare with Dotlet stays on your computer
-
Dotlet can compare DNA, RNA and protein
sequences.
Disadvantages
-
It needs some training and good experience to
interpret Dotlet results. In other words one must
learn how to fine-tune Dotlet to yield an
informative dot plot
-
Dotlet cannot work with long sequences (more
than 10,000 amino acids or nucleotides).
-
The speed of the program depends on your own
computer. The faster your computer, the faster
Dotlet runs. Differences become apparent with
sequences longer than 1.000 residues.
Dotlet contribution to research
Many researchers in the field of Molecular biology
have used Dotlet modules in building Pairwise
Comparisons during their original research. With
many hundreds of citations, Dot let is widely cited
bioinformatic programs in biology. The freeware
license and its efficient modules beside its quick
ability to produce results make it one of the most
popular
programs
for
making
Pairwise
Comparisons nowadays.
Software Design
-
Dotlet is an open source freeware. It can
generate pairwise comparison for a given a
couple of sequences of proteins or DNA. It has
been built as a JAVA applet. The Dotlet source
code is available free of charge for academic
users.
82
The distribution is in
ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/software/java/dotlet.
Limitations in use
Dotlet is an ideal pairwise comparisons tool for
sequences with lengths of less than 10,000 amino
acids or nucleotides. So, it can be helpful for most
proteins sequences but is restricted to small DNA
sequences.
This program can use as long as 100.000 characters
of either proteins or DNA sequences like Dnadot,
However, it is designed to use Unix, Linux and
Windows as a platform. It is available online on the
following URL:
http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte
r.html
Dottup
(IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet
(Mac users):
http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/Dotlet.html
Although this program is also using the same range
of DNA as the previous program, it can also be
used for complete genomes. It also uses Unix and
Linux as a platform. It is available online as a
useful integrated module in emboss package.
URL: http://emboss.sourceforge.net/
Other online dot plot programs
References
Dnadot
Junier T. and Pagni M. (2000) Dotlet: diagonal
plots in a web browser. Bioinformatics.
16(2):178-9.
Dotlet availability online
This program can use a range of 100,000 long
characters of either proteins or DNA sequences and
it has been designed using Java language. Dnadot is
available online on the following URL:
http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/
http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/
Dotter
Ahmed MANSOUR
Genetics Department,
Faculty of Agriculture,
Zagazig University, Egypt
(author for correspondence; [email protected])
Received: 01 September 2008; Accepted: 11 December 2009
83
Dotlet©: İkili karşılaştırmalar için güçlü ve kolay strateji
Yazarlar: Marco PAGNI & Thomas JUNIER, the Swiss Institute of Bioinformatics,
Epalinges, Switzerland
Lisans: Ücretsiz
Kısa Bir Bakışla Dotlet
Bir moleküler biyolog için, iki diziyi eşleştirmenin
en basit yolu dot blot yapmaktır. Çünkü dot ya da
matriks blotlar dizi analizini kolay ve güçlü şekilde
sağlar. Örneğin, iki dizi arasındaki benzer
bölgelerin ve bir dizideki tekrarlayan bölgelerin
araştırılmasında çok kullanışlıdır. Bu bakımdan
Dotlet internet yoluyla ulaşılabilen dot-plot
programlarının en kullanıcı dostu olanıdır. Dotlet
programı ücretsiz ve kolay kullanımlı olduğu,
kuruluma ihtiyacı olmadığı ve internete girilebilen
her bilgisayarda çalışabildiği için dot plotları
yapmak için çok uygun bir araçtır. Son günlerde
çok sayıda benzer bilimsel makalede ikili
eşleştirmeleri yapmak için yaygın olarak
kullanılmaktadır.
sonuç üretme yeteneğinin çabukluğu onu, ikili
karşılaştırmaları yapmak için en popüler program
haline getirmiştir.
Dot Plot’ın Avantajları ve Dezavantajları
Avantajları
‐
‐
‐
‐
‐
Dotlet’in kullanımı kolay ve ücretsizdir.
Dotlet internet tabanlı bir program olup
internete
bağlanabilen
her
bilgisayarda
çalışabilir.
Dotlet sunucu bir program değildir ama
bilgisayarınız kapalıyken Dotlet’in yapabildiği
her şeyi yapan bir Java uygulamasıdır.
Dotlet’in kullanımı Dotlet ile karşılaştırdığınız
her dizi bilgisayarınızda kaldığı için güvenlidir.
Dotlet DNA, RNA ve protein dizilerini
karşılaştırabilir.
Dotletin Tarihi
Dezavantajları
Yazarlar, dotlet programını yazmalarının sebebini
Aralık
1998’de
İsviçre’deki
Biyokimya
Enstitüsünde kendi biyoinformatik çalışmaları
sırasında diyagonal bir plota ihtiyaç duymaları
olarak açıkladılar. Bu arada world-wide web tabanlı
web tarayıcısında çalışabilen bir programa da
ihtiyaçları vardı. Bildiğim kadarıyla bu program o
zamanlarda internet tabanlı ilk dot plot yazılımıydı.
‐
Dotletin Araştırmalara Katkısı
Moleküler biyolojinin bu sahasındaki çoğu
araştırmacı kendi orijinal araştırmaları süresince
ikili karşılaştırmaların yapılandırılmasında Dotlet
modüllerini kullanmıştır. Yapılan yüzlerce atıfla
Dotlet biyolojideki biyoinformatik programları
arasındaki yerini almıştır. Bu günlerde ücretsiz
yazılım lisansı ve onun etkili modülleri dışında
‐
‐
Dotlet sonuçlarını yorumlamak için biraz
alıştırma ve iyi bir deneyim gerekmektedir.
Başka bir deyişle, bilgi verici bir dot plot
sağlamak için Dotlet’e nasıl ince ayar
yapılacağı öğrenilmelidir.
Dotlet uzun diziler (10,000 amino asit ya da
nükleotitten daha fazlası) ile çalışmayabilir.
Programın hızı bilgisayarınıza bağlıdır.
Bilgisayarınız ne kadar hızlıysa dotlet o kadar
hızlı çalışır. 1000 rezidüden daha uzun diziler
ile belirgin farklılıklar oluşabilir.
Yazılım Dizaynı
Dotlet açık kaynaklı bedava bir yazılımdır. Verilen
bir çift protein ya da DNA dizisi için ikili
karşılaştırmalar üretebilir. Java uygula-macığı
olarak yapılandırılmaktadır. Dotlet kaynak kodu
akademik kullanıcılar için ücretsiz olarak
erişilebilir.
84
Dağıtım:
URL: http://emboss.sourceforge.net/
ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/software/java/dotlet
Kaynaklar
Kullanım Sınırlamaları
Junier T. ve Pagni M. (2000) Dotlet: web
tarayıcısındaki diyagonal plotlar. Biyoinformatik. 16(2):178-9.
Dotlet 10,000 amino asit ya da nükleotitten daha
kısa uzunluktaki diziler için ideal bir ikili
karşılaştırma aracıdır. Böylece çoğu protein dizileri
için yardımcı olabilir ama ufak DNA dizileri için
sınırlanmıştır.
Çevrimiçi Dotlet Erişilebilirliği
IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgibin/dotlet
(Mac users): http://www.isrec.isbsib.ch/java/dotlet/Dotlet.html
Diğer Çevrimiçi Dot Plot Programları
Dnadot
Bu program protein ya da DNA dizilerinin 100,000
uzunluğundaki bir dizi karakterini kullanabilir ve
Java dilini kullanarak dizayn edilebilir. Dnadot’a
aşağıdaki URL ile çevrimiçi ulaşılabilir:
http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/
http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/
Dotter
Bu program da protein ya da DNA dizilerinin
100,000 uzunluğundaki bir dizi karakterini Dnadot
gibi kullanabilir. Bununla birlikte, platform olarak
Unix, Linux ve Windows kullanılarak dizayn
edilebilir. Aşağıdaki URL ile çevrimiçi erişilebilir:
http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte
r.html
Dottup
Bu program önceki program gibi DNA’nın aynı
aralığını kullanmasına rağmen tüm genom için de
kullanılabilir. Platform olarak Unix ve Linux
kullanabilir. “Emboss” paketinde kullanışlı
birleştirilmiş bir modül olarak çevrimiçi ulaşılabilir.
Ahmed MANSOUR
Genetik Bölümü,
Ziraat Fakültesi,
Zagazig Üniversitesi, Mısır