Barış BİNAY - İstanbul Arel Üniversitesi

Barış BİNAY - İstanbul Arel Üniversitesi

Barış BİNAY
KİŞİSEL BİLGİLER
Doğum Tarihi
Yazışma Adresi
Elektronik posta adresi
Telefon
:03.04.1979
:Cumhuriyet Mah. Adil Sok. 3/4 Bahçelievler/İstanbul
:[email protected]
:533-2313614
EĞİTİM
Doktora Sonrası
Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji
Bilimleri ve Biyomühendislik Bölümü (2013-sürüyor)
Doktora
İ.T.Ü, Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Prog. (2006-2012)
Yüksek Lisans
İ.T.Ü, Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Prog. (2003-2006)
Yüksek Lisans
Y.T.Ü, Kimya/Biyokimya Bölümü (2003-tamamlanamadı)
Lisans
Ankara Üniversitesi, Kimya Bölümü (1997-2002)
Hazırlık Okulu
Ankara Üniversitesi, TÖMER-İngilizce Hazırlık Okulu, Kontenjanla
Sınırlı, Fen Fakültesinde ilk on(10) kişiye (1996-1997)
Ortaöğretim
İstanbul Bahçelievler Lisesi (1993-1996)
YAPTIĞI STAJLAR
06-09/2000 BAYER TÜRK İlaç Fabrikası A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü
06-09/1999 SİKA KİMYA ve Yapı Kimyasalları A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü
06-09/1998 DETEKS KİMYA ve Tekstil Kimyasalları A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü
EĞİTİM SERTİFİKALARI
İ.T.Ü. 6. Yüksek Başarımlı Hesaplama ve Paralel Programlama Yaz Okulu, 13-30 Haziran
2010, İ.T.Ü. Bilişim Enstitüsü, Hesaplı Bilişim ve Mühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye
Katılımcı
International Non-coding RNAs: Computational Challenges and Applications of WorkshopRNA’08-, 28-30 Nisan 2008, Antalya, Türkiye, Katılımcı
İŞ DENEYİM
2013-
Öğretim Görevlisi, Yardımcı Doçent Dr. Arel Üniversitesi, FEF, Moleküler
Biyoloji ve Genetik Bölümü
2013-
Araştırmacı; Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi,
Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye
2005-2013 Araştırma Görevlisi; İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi,
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, İstanbul, Türkiye
Barış Binay
1
Özgeçmiş 2013
2010-2011 Araştırma Görevlisi; Manchester Üniversitesi, Manchester İnterdisipliner
Biyomerkez (MIB), Manchester, İngiltere
2007-2008 Araştırmacı; Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik, Sabancı Üniversitesi,
İstanbul, Türkiye
05-08/2006 Araştırma Görevlisi; Bristol Üniversitesi, Biyokimya Okulu, Bristol, İngiltere
06-09/2002 Kalite Kontrol ve Üretim Planlama Sorumlusu; MER-SU Tekstil Tic. San. Ltd.
Lüleburgaz, Kırklareli, Türkiye
06-09/2001 Plastik Üretim Bölümü, Kalite Kontrol ve Üretim Sorumlusu Yardımcısı; Vİ-KO
Elektrik ve Elektronik End. San. ve Tic. A.Ş. Sancaktepe, İstanbul, Türkiye
ARAŞTIRMA DENEYİMİ
20132009–2010
Sabancı Üniversitesi, “Tekstil Biyoteknolojisi için CLEA selülaz enzimi üretimi”, “DNA
hibrid shuflling yöntemi ile endüstriyel lipaz üretimi” Prof. O. Uğur Sezerman
(Sabancı Universitesi),
Manchester Üniversitesi, İngiltere. Fenilalanin liyaz enziminin substrat tanımasının
genetik mühendisliği ile değiştirilmesi ve elde edilen mutant enzimin
karakterizasyonu ve büyük hacimlerde üretim prosesinin tasarlanması. Danışman:
Prof. Dr. N. J. TURNER (Manchester Üniversitesi), (TÜBİTAK-2214 ve İngiltere
Biyoteknoloji ve Biyolojik Bilimler Araştırma Merkezi (BBSRC) tarafından
desteklendi)
2008 - 2010
İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği ile Laktat dehidrogenaz enzmine
mandelik asitin substrat olarak tanıtılması ve mutant enzimin karakterizasyonu.
Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr.
Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü),
2007-2008
Sabancı Üniversitesi, İstanbul, Türkiye. Endüstriyel öneme sahip enzimlerin tolere
eden bölgelerine fonksiyonel peptitler yerleştirerek ikili fonksiyonel hale getirme.
Danışman: Doç. Dr. Osman Uğur Sezerman (Sabancı Üniversitesi).
2006-2007
İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İmmobilize metal afinite kromatografi yöntemiyle laktat
dehidrogenaz enziminin saflaştırılmasının iyileştirilmesi ve daha yüksek miktarlarda
elde edilmesi, Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü)
05-08/2005 Bristol Üniversitesi, İngiltere. Protein mühendisliği ile laktat dehidrogenaz ve format
dehidrogenaz enzimlerinin endüstriyel uygulamalar için yeniden tasarlanması ve
üretilmesi, Bristol Üniversitesi, İngiltere, Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R.B.
Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) (DPT tarafından
desteklendi)
2004-2008
İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği teknikleri kullanılarak laktat
dehidrogenaz enziminin substratlarını değiştirme ve mutant enzimin
karakterizasyonu. Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol
Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü).
2005-2008
İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İlaç sanayisi için enzim bazlı hammadde üretimi (DPT-90188)
Danışmanlar: Prof. Dr. Candan Tamerler (İ.T.Ü.), Doç.Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.)
2003-2004
İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Laktat dehidrogenaz enziminin yönlendirilmiş mutasyonlarla
Barış Binay
2
Özgeçmiş 2013
substrat özgüllüğünün değiştirilmesi ve mutant enzimin karakterizasyonu
(TÜBİTAK-TBAG-2249), Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.)
2002-2003
YTÜ, İstanbul, Türkiye. Sentetik aşı geliştirme, YTÜ Kimya/Biyokimya Bölümü
Yüksek Lisans Projesi (tamamlanamadı), Danışman: Prof. Dr. M. Mustafaev Akdeste
(Y.T.Ü)
01-06/2002 Ankara Üniversitesi, Ankara, Türkiye. Gıda endüstrisinde kullanılan lipaz enzimleri,
Prof. Dr. Sibel Sungur (Ankara Üniversitesi)
YÜRÜTÜLEN PROJELER
Proje No
Projedeki Görevi
TBAG-2249102T178
Araştırmacı
DPT-90188
Araştırmacı
TUBİTAK2214
Yurtdışı
Doktora
Araştırma
Programı
SAN-TEZ1302.STZ.20
12-1
TUBİTAK3001/
213S099
Bursiyer,
Araştırmacı
Yardımcı
Araştırmacı
Yürütücü
Proje Adı
Bacillus Stearothermophillus’tan İzole
Edilen L-Laktat Dehidrogenaz
Enziminin Substrat Spesifikliğinin
DNA Shuffling Yöntemi Kullanılarak
Genişletilmesi.
İlaç Endüstrisine Yönelik Enzim Bazlı
Hammadde Üretimi
Biyokatalizör olarak fenil amonya
liyazın klonlanması ve endüstriyel
uygulamalar için yeniden
tasarlanması_BBSRC_Manchester
Üniversitesi-İngiltere
Başlama-Bitiş Tarihi
Destek Miktarı (TL)
01.01.2003
01.01.2007
25750
01.01.2006
01.01.2008
547000
23.09.2009
23.09.2010
TÜBİTAK katkısı24000/BBSRC Katkısı
10000 İngiliz Poundu
Tekstil Sanayiine Yönelik Katma
Değerli Selülaz Enzimi Üretimi
01.02.2013
01.02.2015
Bacillus Stearothermophillus Laktat
Dehidrogenazın (Bs LDH),
Endüstriyel Öneme Sahip Kiral αHidroksi Asitlerin Asimetrik Sentezi
için, Tekrarlamalı Doygunluk
Mutagenez (Ism) Metoduna Dayalı
Tasarlanması
01.04.2014
01.04.2016
289500
75560
ÖĞRETİM DENEYİMİ
2004-2013 Laboratuar Asistanı, BIO311Biyokimya, İTÜ, İstanbul.
2005-2013 Ders Asistanı, BIO311 Biyokimya1-2, İTÜ, İstanbul.
2005-2013 Ders Asistanı, BIO342E Enzimoloji, İTÜ, İstanbul
2010-2011 Laboratuar Asistanı, BIO112 Genel Biyoloji, İTÜ, İstanbul
2005-2008 Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul
2005-2008 Ders Asistanı, MBG621E Nükleik Asit ve Protein Biyokimyası, İTÜ, İstanbul
2005-2008 Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul
Barış Binay
3
Özgeçmiş 2013
2005-2008 Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul
2005-2006 Laboratuar Asistanı, BIO331E Moleküler Genetik, İTÜ, İstanbul
2006-2007 Laboratuar Asistanı, BIO411 Moleküler Biyoloji, İTÜ, İstanbul
2005-2006 Ders Asistanı, BIO332E Biyolojide Modern Teknikler, İTÜ, İstanbul
2004-2005 Ders Asistanı, MBG513 Enzim Kinetiği, İTÜ, İstanbul
2004-2005 Ders Asistanı, MBG511 Fermantasyon Biyoteknolojisi, İTÜ, İstanbul
DANIŞMANLIK DENEYİMİ
2008-2009 Musa Özboyacı Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2007-2009 Osman Doluca Yüksek Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2006-2007 Osman Doluca Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde )
2006-2007 H. İbrahim Kısakesen Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2005-2008 Zafer Candan Yüksek Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2004 – 2005 Hasan Karaman Lisans Mezuniyet Tezi, (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2004 – 2005 Duygu Altıntaş Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
2004 – 2005 Emrah Yelboğa Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler
gözetiminde)
YAYINLAR
A. TEZLER
Doktora Tez Çalışması: Development of Novel Biocatalysts for Industrial Applications, 2012.
Danışmanlar: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü), Prof. Dr. N.J.TURNER, (Manchester Üniversitesi)
Yüksek Lisans Tez Çalışması: Protein Engineering Applicationson NAD-dependent L-lactate
dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus, 2005. Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler
(İ.T.Ü)
Lisans Tez Çalışması: Gıda Endüstrisinde Lipaz Enzimlerinin Kullanılması, 2002. Danışman: Prof.
Dr. Sibel Sungur(Ankara Üniversitesi)
B. PATENT
Barış Binay
4
Özgeçmiş 2013
I. Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner, “Mutant PAL
enzyme”Avrupa Patent Ofisi, AMRI Global tarafından, 2010
C. ULUSLARARASI HAKEMLİ DERGİLERDE YAYINLANAN MAKALELER
Binay B., Karagüler N.G., Attempting to remove the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase
from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. Appl. Biochem. Biotechnol, 2007 MayJun;141(2-3):265-72
Karagüler N.G., Binay B., Ordu E.B., Clarke A.R., Protein engineering applications of industrially
exploitable enzymes: Geobacillus stearothermophilus LDH and Candida methylica FDH. Biochem Soc
Trans, 2007 Dec;35(Pt 6):1610-5
Binay B., Shoemark D.K., Sessions R.B., Clarke A.R. and Karaguler N.G., Increasing the substrate
specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling.
Biochemical Engineering Journal, 2009,48, 118–123
Binay B., Sessions R. B., Gül-Karagüler N., A double mutant of highly prufied Geobacillus
stearothermophilus LDH recognizes mandelic acid as a subsbstrate. Enzyme and Microbial
Technology, 2013, 52, 393-399
Binay,B. Rowles, I.,Malone, Fotheringham, KI., and Turner,NJ. Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning,
Mutagenesis and Screening and characterisation. Journal of American Chemical Society ’a
gönderildi. Patentin tamamlanmasını bekliyor
D. ULUSLARARASI KONGRELERDE SUNULAN BİLDİRİLER
Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Removing the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase
from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. 6th International conference on
Protein Stabilization ProtStab2004, 26-29 Eylül 2004. Bratislava, Slovakya (Poster)
Meray Akkor, Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Arzu Karabay. Relations of microtubules with LDH:
clue for neurodegenerative diseases. 31st FEBS Congress, 24-29 Haziran 2006, FEBS JOURNAL,
2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 241-241. İstanbul, Türkiye (Poster)
Barış Binay
5
Özgeçmiş 2013
Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Increasing the substrate specificity of bacillus stearothermophillus
lactate dehydrogenase by DNA shuffling. 31st FEBS Congress, 24-29 Haziran 2006, FEBS JOURNAL,
2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 336-336. İstanbul, Türkiye (Poster)
Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Changing the substrate specificity of the bsLDH.
ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster)
Doluca O., Bıçakçı E., Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Tamerler Behar C., Gül-Karagüler N.
Enhancing thermal stability of the cmFDH by cysteine-cysteine bridge. ProtStab2007, Exeter,
İngiltere (Poster)
Yelboga E., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Alteration the coenzyme
specificity of cm FDH. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster)
Binay B., Sezerman O.U., Predict Permissive Sites of Protein for Insertion Domains. International
Symposium on Health Informatics and bioinformatics, HIBIT’08, 18-20 Mayıs 2008, İstanbul, Türkiye
(Poster)
Yelboga E., Candan Z., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., and Gül-Karagüler N. Crucial
residues in NAD+/NADP+ specificity of Candida methylica FDH. 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB
Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, FEBS JOURNAL, 2008, Volume: 275 Supplement: 1 Pages:
234-234, Atina, Yunanistan (Poster)
Doluca O., Bıçakçı E., Binay B.,Kısakesen H.I., Session R.B., Clarke A.R., Tamerler C., Gül-Karagüler N.
Effects of cysteine/cysteine engineering on thermal stability of candida methylica FDH. 33rd FEBS
Congress and 11th IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan (Poster)
Barış Binay, Kemal Şanlı, Emel Ordu, Nevin Gül Karagüler. Application of computational methods to
design thermostable Candida methylica FDH. International Enzyme Engineering Symposium-IEES’08,01-05 Ekim 2008, Kuşadası, Türkiye (Poster)
Binay B., Özboyacı M., Sessions R. B., Gül-Karagüler N. Construction of 246Gly and 240Ala mutant
for changing the substrate specificity of the bacillus sterothermophillus Lactate dehydrogenase. ESF
Research Conference on Protein Design and Evolution for Biocatalysis, 25 - 30 Ekim 2008, Saint Feliu
de Guixols, İspanya (Poster)
Barış Binay
6
Özgeçmiş 2013
Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Richard Sessions. Introducing malate dehydrogenase based on
rational design to the lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus by DNA shuffling.23th
Annual Symposium of The Protein Society & 20th Anniversary Celebration.5-9 Ağustos 2006, Boston,
ABD (Poster)
I.Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner,Ammonia Lyase
Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening. 5th International Congress on Biocatalysis 2010
(Biocat2010), Ağustos 29 - Eylül 2, 2010 Hamburg, Almanya (Poster)
Binay, B., Rowles, I., Turner, N. J., and Karaguler, N.G. (2012). Protein Engineering Applications for
Increasing Substrate Specificity of PAL and LDH Enzymes. 9th International Conference on Protein
Stabilization ProtStab2012, 2-5 Mayıs 2012, Lizbon, Portekiz (Poster)
E. ULUSAL KONGRELERDE SUNULAN BİLDİRİLER
Nevin Gül Karagüler, Emel Ordu, Baris Binay, Emrah Yelboğa, Gülşah Par, R.B. Session, A.R Clarke.
Nanobiyokatalizör geliştirilmesinde Protein Mühendisliği Uygulamaları. İTÜ Nano-Bilim ve NanoTeknoloji Çalıştayı, 12-13 Şubat 2009, İstanbul, Türkiye (Poster)
E. Bıçakçı, B. Binay, R. B. Sessions, A. R. Clarke, N. Gül Karagüler, Protein Engineering Applications on
Pharmaceutically Important Enzymes: LDH&FDH, PROTEOMICS, Protein Structure and Function
Workshop, “With International Participation”, 20-23 Eylül 2006, Antalya, Türkiye.
Barış Binay, Emrah Yelboğa, Nevin Gül Karagüler. Characterisation and inhibition studies of D38R
mutant L-lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus, 1.Ulusal Moleküler Tıp Kongresi,
16-19 Nisan 2005, İstanbul, Türkiye (Poster)
ÖDÜLLER
TÜBİTAK_2214 Yurtdışı Doktora Araştırma Bursu (8 ay)
Manchester Üniversitesi, “Producing unnatural amino acids by novel mutant PAL enzyme”,
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBRSC) Bursu, İngiltere (4ay)
TÜBİTAK Yayın Teşvik Ödülleri ve Kongre Katılım Bursları
YETENEKLER
Kimya Lab Teknikleri
Barış Binay
7
Özgeçmiş 2013
HPLC, FPLC, GC ve diğer Kromatografi Teknikleri
Enzim Mühendisliği
Protein Saflaştırma ve Karakterizasyon Teknikleri
Mutant Enzimin Üretimi için Hücrenin Büyütülmesi için Proses Tasarımı
DNA Saflaştırma, Sekanslama ve Klonlama Teknikleri
Gen Modifikasyonu ve Mutasyonu
PCR ve İlgili Metotları
Elektroforez (SDS-polyakrilamid jel ve agaroz jel)
Moleküler Modelleme; MS-Office, LINUX, Mol Script, Raster 3D, Bob Script, Biyoinformatik Araçları
(TESSER homology, NACCESS vb.) ve NCBI, EMBI, VMD-NAMD, HyperChem, Spdbv, INSIGHTII
Moleküler Modelleme Programları
Biyoinformatik
Akıcı İngilizce
Almanca bilgisi
REFERANSLAR
Doç. Dr. Nevin Gül KARAGÜLER
M.Sc. ve Ph.D. Tez Danışmanı
İstanbul Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, 34469, Maslak,
İstanbul, TÜRKİYE
Tel: +90 212-285-7251
e-mail: [email protected]
Prof. Dr. Nicholas James TURNER
Ph.D. Eş Tez Danışmanı
Manchester Institute of Biotechnology,131 Princess Street, Manchester, M1 7DN, UK.
Tel:+44 (0)161 306 5170
e-mail: [email protected]
Barış Binay
8
Özgeçmiş 2013