Prof-Dr-Serdar

K. Serdar DİKER
Ankara Üniversitesi
Veteriner Fakültesi
Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Kanatlıların İnfeksiyöz Hastalıkları
Kolibasilloz
Nekrotik enterit
Mycoplasma inf.
Infeksiyöz hepatit
İnfeksiyöz sinovit
Tavuk tifosu
Campylobacter inf.
İnfeksiyöz sinuzit
Avian influenza
İnf. koriza
Hemorajik enterit
Infeksiyöz laringotraheit
Coronavirus inf.
Mikoplazmoz
CRD
Ornitobacterium inf.
Infeksiyöz
bronşit
Omfalit
Gangrenöz dermatit Rotavirus inf. Ulseratif enterit
Enterik parvovirus inf.
Amiloid
arthropati
Pullorum hast.
Psittakoz
Koksidiyoz
Astrovirus inf.
Çiçek hast.
İnfeksiöz bursal hast.
Favus
Newcastle hast.
Erisipel inf.
Avibacterium inf.
EDS
Botulizm Sarı kesesi yang.
Marek hast.
Stafilokok inf.
Reovirus inf.
Streptokok inf. Tavuk kolerası
Leukoz
Spiroket inf. Tüberküloz
Circovirus inf.
C İnfeksiyöz anemi
Paratifo inf.
Arizona inf.
Salpingit Listeria inf.
Retiküloendotelioz
Aspergilloz
Kanatlı İnfeksiyöz Hastalıkları
Serotip
Alttür
Rezistotip
Metabolik tip
Patotip
Filotip
Organootip
Virotip
Genotip
Zor Mikroorganizmalar
Anaeroblar
Mikoplazmalar
Spiroketler
Sistemik mantar
Riketsiyalar
Kültür edilemeyen b.
Klamidyalar
DNA virusları
Mikobakteriler
RNA vrusları
•
•
•
•
•
•
Çok tür-Farklı örnekler: Çok hastalık olasılığı
Miks/ko-infeksiyonlar: Geniş panel gerekli
Çok örnek: Yoğun iş gücü ve sarf gerekli
Yoğun kontaminasyon: Deneyim ve özel işlem gerekli
Zor örnekler: Deneyim ve özel işlem gerekli
Tanı maliyeti: SGK yok
Mikrobiyal Tanının Değişkenleri
•
•
•
•
•
•
Mikroorganizma türü
Süre
Maliyet
Zorluk-Deneyim/İş gücü
Laboratuvar kapasitesi/Teknik donanım
Geçerlilik-Spesifite/Sensitivite
Broyler Sektörü
Hızlı-Doğru Mikrobiyal Tanının Değeri
•
•
•
•
30-35. günlerde ölüm
Hızlı tanı, erken müdahale, sağaltım
%1 kayıp önleme
Sadece et değeri = 50 milyon lira / yıl
Dünya In Vitro Diagnostik (IVD) Pazarı
Toplam IVD
36 milyar E
Veteriner IVD
2013 – 2 milyar E
2018 – 3 milyar E
Toplam moleküler diagnostik
1990 – yok
2011 – 3 milyar E
2015 – 5 milyar E
Veteriner moleküler diagnostik
2013 – 292 milyon E
2018 – 500 milyon E
%45 USA
%30 Euro
%20 GD Asya
Dünya Pazarında Türkiye Üretim ve
Diagnostik Payı
Dünya Broiler Üretimi
100
Türkiye Broiler Üretimi
2
Dünya Yumurta Üretimi
100
Türkiye Yumurta Üretimi
2
Dünya Veteriner Moleküler
Diagnostik Pazarı
100
Türkiye Veteriner Moleküler
Diagnostik Pazarı
0.0001
Moleküler Tanı SWOT Analizi
Gücü (S)
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Yüksek spesifite,sensitivite kesin adlandırma, 10 mikrop/ml
Kısa süre
1 saat, 4-5 saat, 1 gün
Her düzeyde tüm patojenler sınıf-takım-aile-cins-tür-soy-suş
Yeni & bilinmeyen m.o.
16SrRNA, kültür edilemeyenler
Uygun olmayan örnekler
uygun taşınmayan, saklanmayan
Tüm örneklerde direkt
organ, dışkı, kan, yem, altlık
Antibiyotik sonrası bile
ölü mikrop DNA’sı
Aynı anda çok sayıda patojen >20 bakteri+virus
Direnç & virulens saptama
antibiyotik direnci, patotip
NA miktarı, mikrop yükü
pikogram DNA, kantitatif
Tiplendirmede ayrım gücü
moleküler epidemiyoloji
Data paylaşımı, temini
açık Web, GenBankaları
Moleküler Tanı SWOT Analizi
Zayıflığı (W)
• Yüksek laboratuvar maliyeti
• Nisbeten yüksek test maliyeti (her mo için doğru değil)
• Kompleks yöntemler, kalite kontrol, kalibrasyon (klasik tanı
için de geçerli, her mo için)
• Nisbeten yüksek hatalı pozitif (kontrolle önlenebilir)
• Hatalı negatif ihtimali (klasik tanı için de geçerli)
• NA daima aktif inf. değil (infeksiyona göre değişir)
• Canlı-ölü mikrop ayrımı (ayırt etmek mümkün mRNA)
• Mo arşivlenemez, kullanılamaz
Moleküler Tanı SWOT Analizi
Fırsatlar (O)
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Moleküler tanı IVD marketinde en hızlı büyüyen segment
Veteriner ve sektörden gelen talepler
Veteriner IVD için daha az kural, daha çok yeni teknoloji
Moleküler tanıda artan otomasyon
Sahada uygulanacak testlere yoğun talep
Basit, hızlı, etkili NA ekstraksiyona artan talep
Yeni moleküler testlerin gelişmesi için teknoloji altyapıları
Yeni nesil sekans yaklaşımları ile yeni uygulamalar
Profesyonel öncülük ve eğitim fırsatları
Kolay erişilebilir gen ve genom sekans bilgileri
Klasik tanıda azalan ekspertiz, işgücü
Moleküler Tanı SWOT Analizi
Tehditler (T)
• Maliyetleri düşük tutma baskısı
• Laboratuvarlararası uyum, eşgüdüm sorunu
• Moleküler test sonuçlarını medikal açıdan yrumlamak için
gerekli algoritmaların kullanımı ???
• Saha ve lab personelinin yeni teknolojileri kabullenme ve uyum
sorunu
• Yeni moleküler testleri valide etmek için referans materyal
temin ??? ve altın standart kurma zorluğu
Moleküler Tanı SWOT Analizi
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
•
•
•
•
•
•
•
•
W
W
W
W
W
W
W
W
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
O
O
O
O
O
O
O
O
O
O
•
•
•
•
•
T
T
T
T
T
Kokuşmuş
Kurumuş
Kontamine
Altlık
Dışkı
Çevresel
Yem-gıda
Miks infeks.
yok
yok
yok
selektif ekim
selektif ekim
yok
selektif ekim
Çok ekim
tüm m.o.
tüm m.o.
tüm m.o.
tüm m.o.
tüm m.o.
tüm m.o.
tüm m.o.
tek test
Mikoplazma tür
Salmonella serotip
C.jejuni alttür
NC virus
ILT virus
IB virus
Enterik virus
>8-12 g
>10 g
>4 g
>7 g
>7 g
>7 g
>6-12 g
4-12 s
6-18 s
4-8 s
5-18 s
4-16 s
5-18 s
6-12 s
Sayısal (MDL)
>103
>10
Nitel (örn.)
E.coli
P.multocida
S.Typhimurium
Newcastle virus
IB virus
clade2 Ec
Dtx Pm
klon101 ST
LaSota
Mısır suşu
Tanı konulabilen infeksiyon
Tanıya katkı-kontrol
İş gücü gereksinimi
Örnek başına maliyet
Donanım gereksinimi
Tıbbi atık miktarı
Literatüre katkı
ARTTI
ARTTI
AZALDI
DEĞİŞKEN
ARTTI
AZALDI
ARTTI
Örnekler
ETY izolasyon >1 hafta,
İnfluenza
Seroloji 1 gün/ tip ayrımı yok
Multiplex rPCR 4-5 saat, sekans 4 saat
ETY izolasyon >1 hafta, hayvan deneyi patotip
Newcastle
İB
İLT
İBD
Seroloji 1 gün/ tip ayrımı yok
Multiplex rPCR 4-5 saat, sekans 4 saat
ETY izolasyon >1 hafta,
Multiplex rPCR 4-5 saat, sekans 4 saat
ETY izolasyon >1 hafta,
Multiplex PCR 4-5 saat, sekans 4 saat
ETY izolasyon >1 hafta,
RFLP tiplendirme 8 saat, sekans 4 saat
Örnekler
İzolasyon identifikasyon >10 gün, Seroloji 1 gün
Mycoplasma
Multiplex PCR 4-5 saat, sekans 4 saat
M.synovia, gallisepticum, iowa, meleagridis
İzolasyon identifikasyon serotip >5-12 gün
Salmonella
E.coli
Campylobacte
r
Listeria
Multiplex PCR 4-5 saat, sekans 4 saat
Serotip PCR 12 saat, ribotip 8 saat, sekans 4 saat
Patotip hayvan deneyi 72 saat, antibiyogram 48 saat
Multiplex rPCR 4-5 saat, sekans 4 saat
İzolasyon identifikasyon >5 gün
Multiplex PCR 4-5 saat, sekans 4 saat
İzolasyon identifikasyon >5-20 gün
Multiplex PCR 4-5 saat, sekans 4 saat
İş Paketleri-Yöntemler 1
Örnekten direkt PCR, rtPCR --- Paneller
İş Paketleri-Yöntemler 2
Kültürde tür-tip ayrımı/onayı
• Tür-tip spesifik PCR : Yakın zamana kadar izole edilebilen
bakteriler için kullanıldı. Artık kullanılmıyor.
• 16S rDNA & Viral NA dizi analizi-BLAST: Kullanılıyor. %100
yeterli sonuç.
-Daha önce bulunmayan türler
-Patotipler
-Serotipler
-Epidemik tipler
-Rezistotipler
İş Paketleri-Yöntemler 3
Örnekten direkt 16S rDNA dizi analizi
• Tüm iç organlar (karaciğer, dalak, böbrek, B.fabricius,
akciğer, beyin, kemik iliği, eklem, testis, yumurtalık,
ovidukt) yumurta : Campylobacter, Salmonella, Pasteurella,
Mycoplasma, Avibacterium, Ornithobacterium, Mycobacterium,
Chlamydophila, Listeria, Helicobacter, Staphylococcus, Streptococcus,
Arizona,
• Diğer örnekler :Bazen saf
İş Paketleri-Yöntemler 4
Moleküler epidemiyolojik analiz
• Ribotiplendirme, RFLP, RAPD, PFGE
Küçük Ölçek: Kümes içi kaynak, bulaşma, takip
Orta Ölçek: Kümesler-arası, bölgeiçi, kaynak,bulaşma, takip
Büyük Ölçek: Bölgelerarası, ülke, kaynak, bulaşma, takip
Tavuk
Yem
Rodent
Su
Dezenfeksiyon
önce
sonra
sonra sonra
İş Paketleri-Yöntemler 5
Mikrobiyom Analiz
Tavuk jejunum
İş Paketleri-Yöntemler 5
Mikrobiyom Analiz
Sudan Direkt Sekans
Kültürden Sekans
İş Paketleri-Yöntemler 5
Mikrobiyom Analiz
Kümes 1
Kümes 2