(1) Sistemin Genel Teknik Özellikleri

1
KEMİLÜMİNESANS JEL DOKÜMANTASYON SİSTEMİ TEKNİK ŞARTNAMESİ
(1) Sistemin Genel Teknik Özellikleri:
1. Cihaz western blotlama, nükleik asit tayini, 2-D jel elektroforezi, DIGE ve dot-blot
uygulamalarında
kullanılabilmelidir.
Ayrıca
cihaz
dansitometre
olarak
da
kullanılabilmelidir.
2. Cihaz, kompakt karanlık oda, UV transillüminatör çalışma istasyonu ve soğutmalı CCD
kameradan oluşmalıdır.
3. Cihaz, Trans-UV, Trans-Beyaz, Epi-Beyaz, Trans-mavi, 3 Renk LED (Mavi, Kırmızı,
Yeşil) ve Boyasız (Stain-Free) veya Epi-IR olmak üzere en az 8 farklı illüminasyon
moduna sahip olmalıdır.
4. Cihaz, otomatik zoom ve fokus yapabilmelidir.
5. Cihaz kemilüminesans, floresan ve kolorimetrik (dansitometri) çalışmalara uygun
olmalıdır.
6. Cihaz aşağıdaki boyalara ve uygulamalara uygun olmalıdır;
-
Nükleik Asit Elektroforezi: Etidyum Bromür, SYBR Green, SYBR Safe, SYBR Gold,
Gel Green, Gel Red, Fast Blast.
-
Protein Jel Elektroforezi: Coomassie Blue, Copper Stain, Zinc Stain, Flamingo
fluorescent gel stain, Oriole Stain, Silver Stain, Coomassie Fluor Orange, SYPRO
Ruby, Krypton.
-
Blotlama Çalışmaları: Kemilüminesan HRP (Horse Radish Peroksidaz) ve AP (Alkalin
Fosfataz), Kolorimetrik Q-Dot’lar 525-565-625, CY2, Alexa Flour 488, Dylight 488,
Fluorescein.
7. Cihaz, Kırmızı, Yeşil ve Mavi renklerden oluşan LED kombinasyonuna sahip olmalıdır.
Bu sayede, bir jel/membrandan en az 3 farklı boyanın aynı anda tesbitini yapmalıdır.
Kırmızı LED:
Cy5, Cy5.5, Alexa Fluor 647, Alexa Fluor 680, DyLight 649, DyLight
680, IRDye 680.
Yeşil LED:
Cy3, Flamingo, Krypton, Pro-Q Diamond, Alexa Fluor 546, DyLight
549, Rhodamine.
Mavi LED:
Cy2, Coomassie Fluor, Orange, Alexa Fluor 488, DyLight 488, Pro-Q
Emerald 488, Qdot 523, Qdot 605, Qdot 625, Qdot 705.
Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN
Prof. Dr. A. Rüçhan AKAR
Prof. Dr. Günhan GÜRMAN
2
8. Cihaz görüntülerin analiz edilmesi amaçlı yukarıdaki tüm boya ve uygulamaların kayıtlı ve
kullanılabilir olduğu bir yazılım programı (software) ile gelmelidir.
9. Ayrıca üretici firmanın ileri analiz seçeneklerine göre aşağıdaki özelliklerde program veya
programlar da isteğe bağlı olarak sunulmalıdır;
-
İki boyutlu jellerde protein jellerin eşleştirilmesi, spot kantitasyonu ve spot kesici (Spot
Cutter) cihazını da kontrol edebilen bir program.
-
Mikrobiyolojik çalışmalar için petride koloni sayımı yapabilen bir program.
-
Filogenetik çalışmalar için soy ağacı (dendogram) çizilebilen bir program.
(2) Kameranın Teknik Özellikleri:
1. Peltier soğutmalı CCD kamera olmalıdır.
2. Soğutma sistemi (supercooling) sayesinde en az -30oC soğutma sağlanmalıdır.
3. CCD kamera en az 16 bit olmalıdır.
4. Elde edilen görüntüler en az 4 Megapiksel veya daha iyi olmalıdır. Her bir piksel 6.45 x
6.45 mikron veya daha yüksek olmalı ve en az 65.500 gri seviye yoğunluğunda
olmalıdır.
5. Sistemin dinamik aralığı en az 104 (>4 orders of magnitude) olmalıdır.
(3) Karanlık Odanın Teknik Özellikleri:
1. Cihaz en az 25x25 cm boyutunda jellereden görüntü alabilmelidir.
2. Cihazın kontrolleri kompakt karanlık odasının üzerindeki tuşlarla kolaylıkla sağlanmalıdır.
Ayrıca program yardımıyla cihaz kalibrasyonu sayesinde tuşlara hiç ihtiyaç duymadan
otomatik olarak da yakınlaştırma (zoom) ve netlik (focus) gibi fotoğraf kalitesini yükselten
ayarları yapabilmelidir.
3. Cihaz eksitasyon kaynağı olarak Trans-UV, Trans-White, Epi-White, Blue Led, Green
Led ve Red Led standardında bulunmalıdır. Cihazla, standart olarak 302nm UV lambası
gelmeli ve ayrıca 254nm ve 365nm UV lambaları da opsiyonel olarak sunulabilmelidir.
Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN
Prof. Dr. A. Rüçhan AKAR
Prof. Dr. Günhan GÜRMAN
3
4. Cihaz en az altı pozisyonlu emisyon filtre tutucuya sahip olmalıdır. Bunlar, standart filtre
(548-630nm amber filtre; EtBr), Yeşil filtre, Mavi filtre, Kırmızı filtre, ve Flat Fielding (Alan
düzeltme) veya IR filtre ile gelmelidir.
5. UV transillüminatör güvenli bir çekmecede bulunmalı ve bu sayede jeller kolaylıkla
cihazın dışında yerleştirilebilmelidir. Güvenlik açısından eğer UV lambaları açık ise, UV
transilluminatör çekmecesi veya cihazın kapağı açıldığında UV lambaları sönmelidir.
6. Cihaz ile beraber beyaz ışık dönüşüm tablası “White Light Conversion Screen” veya
“White Trans Illuminator” verilmelidir.
(4) Yazılım Programının Teknik Özellikleri:
1. Yazılım;
kemilüminesans,
radyoaktif,
floresan,
kolorimetrik
örneklerin,
başka
phosphoimager sistemlerin ve jel dökümantasyon sistemlerinin görüntülediği, sakladığı
fotoğrafları değerlendirebilmelidir.
2. Yazılım; Point to point, semilog, logistic, cubic spline ve linear semilog olmak üzere hızlı
molekül ağırlığı değerlendirmeleri yapabilmelidir.
3. Yazılım; protein jellerde çekilen fotoğrafların bantlarının yoğunluğunu hesaplayarak,
istendiğinde üç boyutlu alınabilecek kantitatif veriler sağlamalıdır.
4. Yazılım; sistemi kalibre eden bir algoritmaya sahip olmalıdır. Bu algoritma sayesinde
kamera herhangi bir zoom seviyesinde iken otomatik fokuslama kontrolü yapabilmeli ve
artifaktlar otomatik olarak giderilebilmelidir.
5. Yazılım, fotoğrafları birisi tiff olmak üzere en az iki farklı formatta kaydedebilmeli ve
analiz raporlarını Excel formatında kopyalamaya izin vermelidir.
6. Yazılım, saklanan protokolleri tekrar kullanıma olanak sağlayarak, sonraki bir çalışmada
boyayı, boya için gerekli ışık kaynağını, jelin yakınlaştırmasını, jelin görüntüsünün
netleştirilmesini ve kullanılan standardın (Protein veya DNA Ladder) seçimi ile diğer
kuyulardaki bantların boylarını (kD veya bp) otomatik olarak hesaplamalıdır ve tüm
bantların yoğunluğu (intensity), yüzdesi ve bant büyüklüğünü bir rapor olarak vermelidir.
Raporlar isteğe göre Excel veya PDF olarak alınabilmelidir.
7. Yazılım, makalelere konulması için kabul gören en az 300 dpi çözünürlükte fotoğrafı
standardında alabilmeli, ayrıca bu çözünürlüğü en az 600 dpi’ye kadar istenen oranda
arttırabilmelidir.
Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN
Prof. Dr. A. Rüçhan AKAR
Prof. Dr. Günhan GÜRMAN
4
8. Yazılım, jellerde elektroforez esnasında olabilecek eğik yürüme gibi sorunları otomatik
olarak algılamalı ve istendiğinde analize alırken hata olmaması için düzeltebilmelidir.
9. Yazılım, jel görüntüleri üzerine örnekleri tanımlayacak kodlar yazılmasını ve işaretler
konulmasını sağlayabilmelidir.
10. Yazılım, Bant yoğunluğu hesaplarında kullanılması için standart eğri grafiği (standart
curve) çıkartabilmelidir.
11. Yazılım DIGE (Difference Gel Electrophoresis) jellerini görüntülemeli ve analiz
edebilmelidir.
(5) Sistemle birlikte boyasız çalışmalar için aşağıdaki ekipmanlar verilmelidir:
1. En az dört adet minijeli aynı anda yürütebilen, aracıların camın üzerine yapışık olduğu
Minidikey Elektroforez Cihazı (Dört adet);
2. En az dört çıkışlı, en az 300 V-75 watt-400 mA gücünde Güç Kaynağı Cihazı (Dört adet);
3. En az dört adet Minijelin membrana transferini aynı anda yapabilecek hızlı (en fazla 7
dakika) transfer cihazı
(sistem açık bir cihaz olmalı ve piyasadaki tüm sarflarla
çalışabilmelidir) (İki adet)
verilmelidir.
Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN
Prof. Dr. A. Rüçhan AKAR
Prof. Dr. Günhan GÜRMAN
5
Diğer Şartlar
1.
Tüm cihazlar, fabrikasyon ve montaj hatalarına karşı 2 yıl ücretsiz, müteakip 10
yıl ücretli yedek parça, bakım ve onarım garantili olmalı, bu durum teklif veren
firma tarafından taahhüt edilmelidir.
2.
Teklif veren firma teklif ettiği her üründe yetkili temsilcisi olmalıdır veya yetkili
temsilcisi tarafından yetkilendirilmelidir.
3.
Cihazların eğitimi üretici firmanın personeli tarafından verilmedir. Bu husus ile
ilgili Üretici firmadan cihazın eğitimini laboratuarımızda vereceğine dair
taahhütname teklif ile ihale komisyonuna sunulmalıdır.
4.
Cihazın üretici firmasının ISO belgesi olmalı; cihaz CE standartlarına uygun
olmalıdır.
5.
Cihaz demo amacıyla bile olsa hiçbir şekilde kullanılmamış olmalı ve orijinal
fabrika ambalajında teslim edilmelidir.
6.
Kabul ve muayenede oluşabilecek kaza ve hasardan satıcı firma sorumludur.
7.
Firmalar teklif ettikleri cihazın özellikleri hususunda orijinal katalogları üzerinde
Teknik şartnameye Madde Madde cevap vermelidirler.
Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN
Prof. Dr. A. Rüçhan AKAR
Prof. Dr. Günhan GÜRMAN