SBTengine® Kullanım Talimatları

SBTengine®
Kullanım Talimatları
M14004
GenDx
Telefon: +31 302 523 799
E-posta: [email protected]
Web: www.gendx.com
Adres:
Yalelaan 48
3584 CM Utrecht
Hollanda
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
1
1 Kullanım amacı
SBTengine®, İnsan Lökosit Antijenlerinin (HLA) alellerinin yüksek çözünürlükle tanımlanması için tasarlanmış bir DNA dizilim
analiz yazılımıdır. Dizilimler, HLA-Sekans Temelli Tiplendirim ayıraçları kullanılarak elde edilmişlerdir. SBTengine®, EFI veya
ASHI şartnamelerine göre çalışabilen veya ya EFI ya da ASHI akredite tanılama laboratuvarlarında HLA tiplendirimi ve DNA
dizilimi eğitimi almış laboratuvar teknisyenleri veya doktorlar gibi uzman sağlık çalışanları tarafından in vitro tanısal kullanım
için tasarlanmıştır.
1.1 Sembollerin açılımı
Yasal üretici
Malzeme numarası
In Vitro Tanısal Tıbbi Cihaz
Kullanım Talimatlarına Bakın
1.2 Ürün Kullanım Sınırları
En iyi performansı sağlamak için minimum sistem gereksinimli SBTengine® yazılımını kullanın (Bölüm 2.1 ‘Sistem
gereksinimlerinde belirtildiği şekilde).
SBTengine® yazılımı içerisinde filtre ve fonksiyonların yanlış kullanımı, oluşturulan verilerde farklılıklara yol açabileceğine
dikkat edin. Diğer nedenlerin yanı sıra, yazılımdaki güncelleştirmeler referans veri tabanının en güncel durumunun
kullanıldığından emin olunması için sağlanacaktır, böylelikle her yeni sürümle birlikte yazılımın güncelleştirilmesi şiddetle
önerilmektedir. Veriler farklı yazılım sürümleri kullanılarak analiz edildiyse, olası genotip(ler)in atanması farklılık gösterebilir.
SBTengine®, In Vitro bir Tanısal Tıbbi Cihazdır (IVD). Oluşturulan veriler, EFI veya ASHI akredite tanılama laboratuvarlarında
HLA tiplendirim ve DNA dizilimi eğitimi almış veya EFI veya ASHI şartnamelerine göre çalışabilen laboratuvar teknisyenleri
veya doktorlar gibi uzman bir sağlık profesyoneli tarafından gözden geçirilmelidir. SBTengine® tarafından oluşturulan veriler,
hiç bir şekilde nihai bir sonuç veya tanı sağlamazlar.
SBTengine® yazılımının, referans veri tabanında yetkilendirilmemiş değişiklikler, sahte lisansla kullanım ve benzeri dahil olmak
üzere ancak bunlarla sınırlı kalmayan uygunsuz kullanımı GenDx'in desteklemediği veya sorumlu tutulamayacağı belirgin
değişikliklere yol açabilir. Değişiklikler, hatalı veri analizi, akreditasyon veya düzenleyici sorunlar ve verilerin eksik
depolanması dahil olmak üzere ancak bunlarla sınırlı kalmayan sorunlara yol açabilir.
1.3 Teknik Yardım
Teknik yardım ve daha fazla bilgi için yerel GenDx dağıtımcınızla (www.gendx.com) veya [email protected] adresinde
GenDx destek masamızla veya +31 (0)30-252-3799 numaralı telefonla temas kurun.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
2
2 SBTengine® Yazılımı ve Lisansının Kurulumu
2.1 Sistem gereksinimleri
Minimum Sistem Gereksinimleri
 Windows Vista, Windows 7
 2 GB RAM
 80 MB boş disk alanı
 3500 bağlantı noktasına veya bağlantı noktasından TCP/IP trafiği sağlayan ağ bağlantısı
 Microsoft .NET framework 2.0
Önerilen Sistem Gereksinimleri
 Windows 7
 2 GB RAM
 Lisans doğrulama ve otomatik güncelleştirmeler için İnternet bağlantısı
 250 MB boş disk alanı
 Microsoft .NET framework 2.0
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
3
2.2 Kurulum Talimatları
2.2.1 Yazılım ve Lisans Kurulum Talimatları
SBTengine® aracının önceki bir sürümüne sahipseniz, önce denetim masasına erişerek bu sürümü kaldırın. Buna ek olarak,
lütfen licence.ldf dosyasını kaldırın (bu önceki lisanslama sisteminde kullanılan bir dosyadır). Windows XP kullanıyorsanız, bu
dosya C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\GenDx\Shared\Licensing konumundadır. Windows'un diğer
tüm sürümlerinde bu dosya C:\ProgramData\GenDx\Shared\Licensing konumunda bulunabilir.
1.
2.
3.
4.
Lütfen SBTengine® aracını destek ekibiniz tarafından sağlanan link'i kullanarak kurun.
SBTengine.zip dosyasını kullanarak sıkıştırılmış dosyayı açın ve yazılımı kurun. Daha sonra, lütfen ekrandaki
talimatları takip edin. SBTengine® otomatik olarak başlayacaktır.
SBTengine® aracını ilk defa kullandığınızda, GenDx tarafından sağlanan lisans etkinleştirme anahtarını yapıştırmanız
istenecektir. Etkinleştirme anahtarınız yoksa lütfen destek ekibinizle irtibata geçin.
İlk kullanımda bireysel kullanıcı ve parola bilgisini girmeniz istenecektir. Bunu yapmak için yönetici ayarlarını
kullanmanız gerekmektedir.
Kullanıcı: admin - yönetici
Parola: GenDx (büyük/küçük harf duyarlı!)
5.
[Yönetim] üzerine tıklatın:
6.
Artık yeni kullanıcı ekleyebilir, mevcut kullanıcıları düzenleyebilir ve düzenleme/gözden geçirme seviyelerini
atayabilirsiniz. (yetkilendirme seviyesi hiyerarşisinin tanımı için 2.2.2'ye bakın) Tüm kullanıcıları eklediğinizde Çıkış
seçeneğini tıklatın.
SBTengine® aracını kapatın.
Yazılımı yeniden açın ve ilgili kullanıcı olarak oturum açın.
7.
8.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
4
2.2.2 Yetkilendirme Seviyesi Hiyerarşisi
İlk kullanıma kadar bireysel kullanıcı ve parola bilgisini girmeniz istenecektir. Bunu yapmak için yönetici ayarlarını kullanmanız
gerekmektedir.
Kullanıcı: admin - yönetici
Parola: GenDx (büyük/küçük harf duyarlı!)
Artık yeni kullanıcı ekleyebilir, mevcut kullanıcıları düzenleyebilir ve düzenleme/gözden geçirme seviyelerini atayabilirsiniz.
SBTengine® 3 yetki seviyesini destekler, ‘Yönetici’, ‘İlk Gözden Geçiren’ ve ‘Son Gözden Geçiren’.
1. Yönetici (yönetici)
Yönetici herhangi bir veri göremez. Yönetici yalnızca kullanıcı hesapları oluşturabilir ve her kullanıcının yetkilendirme
seviyelerini tanımlayabilir (veya değiştirebilir).
2. İlk Gözden Geçiren
İlk Gözden Geçiren, henüz onaylanmamış tüm ham verileri analiz edebilir, düzenleyebilir ve onaylayabilir. İlk Gözden
Geçiren, diğer İlk Gözden Geçirenler (kendisi dahil) tarafından onaylanan tüm ham verileri de analiz edebilir,
düzenleyebilir ve onaylayabilir.
Kullanıcı iki seviyede çalışır:
‘Çalışma klasörü’, temel olarak tüm ham verilere erişim sağlayan günlük çalışmadır. Onaylandıktan sonra, verilerin
kimlik bilgileri seviyesi Son Gözden Geçiren seviyesine yükseltilir.
‘Onaylandı’, ilk gözden geçiren kullanıcıların tümü tarafından onaylanan tüm verilere erişim sağlar. Bu, kullanıcı ve
aynı kimlik bilgisi seviyesindeki tüm kullanıcılar tarafından onaylanan verilerin denetlenmesine ve düzenlenmesine
olanak tanır.
3. Son Gözden Geçiren
Son Gözden Geçiren, İlk Gözden Geçirenler tarafından onaylanan tüm verileri analiz edebilir, düzenleyebilir ve
onaylayabilir. Son Gözden Geçiren, diğer Son Gözden Geçirenler (kendisi dahil) tarafından onaylanan tüm ham verileri de
analiz edebilir, düzenleyebilir ve onaylayabilir.
Kullanıcı iki seviyede çalışır:
‘Çalışma klasörü’, temel olarak İlk Gözden Geçirenler tarafından onaylanan tüm verileri içeren ‘günlük iş listesi’dir.
‘Onaylandı’, son gözden geçiren kullanıcılardan herhangi biri tarafından onaylanan tüm verilere erişim sağlar. Bu,
kullanıcı ve aynı kimlik bilgisi seviyesindeki tüm kullanıcılar tarafından onaylanan verilerin denetlenmesine ve
düzenlenmesine olanak tanır.
Bu, şu şekilde özetlenir:
Veri akışı
Yönetici (administrator):
Yalnızca kullanıcı hesapları oluşturabilir ve
yetkilendirme seviyelerini tanımlayabilir/değiştirebilir.
Herhangi bir dizilim verisine erişimi yoktur.
Kullanıcı kimlik bilgisi
seviyesi:
Erişim seviyesi:
Verilere erişim
İlk gözden geçiren
(First reviewer)
İlk gözden
geçiren için
çalışma listesi
Ham veriler
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
Onayla
Son gözden geçiren
(Final reviewer)
İlk gözden geçiren
tarafından
onaylandı
Son gözden
geçiren için
çalışma listesi
Onaylanan veriler
(İlk gözden geçiren tarafından)
Son gözden
geçiren tarafından
onaylandı
Nihai
onaylanan
veriler
5
2.2.3 İnternet erişimi olmayan bilgisayarlarda SBTengine® lisansının kurulumu
SBTengine® aracını internet erişimi olmayan bir bilgisayarda kurmak için aşağıdaki adımlar takip edilebilir:
1. SBTengine® aracını açın. Lisans etkinleştirme ekranı görüntülenir:
2.
Herhangi bir internet erişimi algılanmazsa, aşağıdaki ekran da görünür olacaktır.
3.
4.
Bilgisayarın internet erişimi yoksa Hayır'a basın.
Bir sonraki ekran SBTengine® tarafından oluşturulmuş bir bilgisayar kimliği ile belirecektir (Bilgisayar adı ve rastgele
bilgisayara özel anahtar içerir).
Bilgisayar kimliği görünür değilse, lütfen aşağıda gösterildiği gibi ‘Çevrimdışı Etkinleştirme’ düğmesine basın:
5.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
6
6.
7.
8.
Bilgisayar kimliğini kopyalayın.
İnternet erişimi olan başka bir bilgisayara gidin.
Bir web tarayıcısı açın ve şu adrese gidin:
https://quicklicensemanager.com/gendx/sql2/QlmAspLicenseSite/QlmWebActivation.aspx
9.
Aşağıdaki form görüntülenecektir:
10.
11.
12.
13.
‘Etkinleştirme Anahtarı’ alanında, size e-posta ile sağlanan anahtarı girin.
‘Bilgisayar Kimliği’ alanında, SBTengine® tarafından oluşturulmuş anahtarı girin.
Etkinleştir düğmesine tıklatın.
‘Lisans Anahtarı’ alanında, SBTengine® aracını etkinleştirmek için kullanılabilecek bir Anahtar görüntülenecektir, bu
anahtarı kopyalayın.
14. SBTengine® aracını kurmak istediğiniz bilgisayara geri dönün.
15. SBTengine® aracının Lisans etkinleştirme ekranının alt kısmında oluşturduğunuz Lisans Anahtarını girin.
16. Etkinleştir düğmesine tıklatın.
17. Artık SBTengine® kullanmaya hazırsınız.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
7
3 SBTengine® İş Akışı
SBTengine® iş akışı aşağıdaki adımlara ayrılabilir:
Numune adlandırma
(3.1)
Dizilim dosyalarının içe aktarılması
ve numunelerin seçilmesi (3.2)
Verilerin analiz
edilmesi
(3.3)
Adım 1;
Hizalama tutarsızlıklarının çözülmesi
(3.3.1)
Adım 2:
İzleyiciler arasındaki tutarsızlıkların
çözülmesi
(3.3.2)
Sonuçların onaylanması
(3.4)
Adım 3:
Kritik konumların kontrol
edilmesi/değiştirilmesi
(3.3.3)
Sonuçların rapor
edilmesi
(3.5)
3.1 Numune Adlandırma
ABI dizilim dosyalarının (*.ab1) SBTengine® tarafından analiz edilmesinden önce, örnek ve lokus adı her ABI dizilim dosyası
için tanımlanmak zorundadır. Aşağıdaki örnek sayfada yer alan adlandırma biçimini kullanmanızı öneriyoruz: Her biri bir
altçizgi ile ayrılmış olarak, Numune Ad_ Lokusu_Ekson ve Zincir Dizilimli. Bu, SBTengine® aracının her izleyici için numune adı
ve lokusu otomatik olarak belirlemesini sağlamaktadır.
Örnek olarak, dosya adı: DNA1_HLA-C_Ex5F_diğerbilgiler.ab1:
Örnek Adı:
DNA1
Lokus:
HLA-C
Zincir dizilimli:
Ekson 5 İleri
Diğer bilgiler:
Dizici ayarına bağlı olarak (SBTengine® tarafından adlandırma amacıyla yok sayılmıştır)
GSSP kullanılmışsa, dizilen zincir yerine GSSP etiketini ekleyin.
Örnek olarak, dosya adı: DNA1_HLA-C_C16_diğerbilgiler.ab1:
Örnek Adı:
DNA1
Lokus:
HLA-C
GSSP etiketi:
İz C16 GSSP tarafından elde edilmiştir
Diğer bilgiler:
Dizici ayarına bağlı olarak (SBTengine® tarafından adlandırma amacıyla yok sayılmıştır)
Bundan sonra, SBTengine® numuneleri otomatik olarak okuyabilir.
Diğer örnek ve lokus adlandırma kuralları kullanılabilir. Bunu nasıl yapacağınızı öğrenmek için lütfen SBTengine® içerisindeki
Sözlük'e bakın (Otomatik Ad/Gen Lokusu Ataması veya Manuel Ad/Lokus Ataması) veya Destek Ekibinizle temas kurun.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
8
3.2 Dizilim Dosyalarının SBTengine® içerisine aktarılması ve Numunelerin Seçimi
Dizilim verilerini adanmış bir SBTengine® analiz klasörü içerisinde (örneğin, SBTdata) depolamanızı öneriyoruz.
Bilgisayarlarınız bir ağa bağlıysa, dizilim verilerini SBTengine® aracının yüklü olduğu her iş istasyonundan erişilebileceği bir
dosya sunucusu üzerinde depolamanızı önermekteyiz. Verilerin kazara kaybını önlemek için lütfen bu bilgisayarda düzenli
olarak yedekleme yapıldığından emin olun.
Not: bir ağ ortamı kullanıp kullanmadığınıza bakmadan, bu kılavuzda dizilim dosyalarını içeren klasörden 'SBTdata' klasörü
olarak bahsedeceğiz.
3.2.1 Çekirdek Dizilim Dosyalarının SBTengine® İçine Aktarılması ve Numunelerin Seçilmesi
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Dizilim çalışması tamamlandığında, tam çalışma klasörünü dizilim bilgisayarından SBTdata klasörüne kopyalamanız
gerekmektedir.
SBTengine® aracının SBTdata klasörünün konumunu bilmesi gerekmektedir. Bunu SBTengine® kurulumu başına
yalnızca bir defa yapmanız gerekmektedir. Bunu yapmak için SBTengine® aracını çalıştırın, Numune Yönetimi
penceresine gidin ve soldaki bölmedeki (1) SBTdata klasörünü seçin. SBTengine® aracı birkaç çalışma klasöründen
veri içerebileceğinden, çalışma klasörü SEÇMEYİN.
Çalışma klasörlerindeki SBTdata klasörüne kopyalanmış tüm dizilim dosyaları orta bölmede (2) belirecektir.
SBTengine®, SBTdata klasöründeki ve tüm alt klasörlerdeki dizilim dosyalarının tümünü kaydeder. SBTdata
klasörünün daha alt seviyesinde konumlanan dizilim dosyalar algılanmamaktadır.
Dizilim dosyalarına bir genel bakış sağ bölmede (3) verilmiştir: HLA lokus başına ABI dizilim dosyalarının sayısı her
numune adı için gösterilmiştir.
Numune Yönetimini yenilemek için sağ bölmenin alt tarafında 'Yenile' düğmesine (4) tıklatabilirsiniz. Bu özellikle
SBTengine® çalışıyorken yeni çalışma klasörleri eklendiğinde kullanışlıdır. Bu liste SBTengine® her başlatıldığında
otomatik olarak yenilenmektedir.
"Gelişmiş Dosya Yönetimi" düğmesini (5) kullanarak Windows Explorer'daki dizilim dosyalarına erişebilirsiniz.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
9
3.3 SBTengine® içindeki Verilerin Analiz Edilmesi
Dizilim dosyalarının analizi, Dizilime Genel Bakış penceresinde üç ana adımda gerçekleştirilmektedir:
1) Hizalama tutarsızlıklarının çözülmesi
2) Dizilim izleri arasındaki tutarsızlıkların çözülmesi
3) Kritik konumların kontrol edilmesi/değiştirilmesi
3.3.1 Adım 1: Hizalama Tutarsızlıklarının Çözülmesi
Analiz etmek istediğiniz numuneyi ve HLA lokusu seçin. Daha sonra, seçilen numunenin tüm ABI dizilim dosyaları yüklenir ve
IMGT/HLA veri tabanı ile hizalanır. Örnek dizilimdeki IMGT/HLA veri tabanı ile hizalanmayan belirli konumlar hizalama
tutarsızlıkları olarak bilinmektedirler. Bu tutarsızlıklar genellikle, bu konumlardaki düşük dizilim kalitesi nedeniyle SBTengine®
tarafından yanlış baz bildirimleri yansıtmaktadırlar. (Not, nadir olarak, hizalama tutarsızlığı yeni bir alelin meydana
gelmesinden dolayı olabilir. Şüphe duyuyorsanız Destek Ekibiyle irtibata geçin). Analize devam edebilmeniz için tutarsızlıklarla
ilgilenilmelidir. SBTengine®, dizilim izlerinin (1) sağ tarafındaki pencerede tutarsızlık sayısını gösterecektir.
Bu örnekte, IMGT/HLA veri tabanı, SBTengine® bir [M] çağırmışken (IUPAC-IUB kodları kullanılarak [M] = [A] veya [C]) [A]'nın,
HLA-A Ekson 3'ün 508 (2) konumunda olması gerektiğini göstermektedir. Alt izleyicideki ters primer, [A]'yı üst ön primer
izleyicisinde rahatlıkla çağırmanızı sağlayarak 508 konumunda açık bir [A] göstermektedir.
Bu konumu düzenlemek için fare işaretçisi ile üzerine tıklatarak veya dizilime genel bakışın (3) sağ bölmesindeki listede takip
ederek seçin. Seçilen konum, dizilim izleyicisinde yanıp sönen bir işaretçi ile gösterilmektedir. Klavyenizi (4) kullanarak doğru
baz bildirimini (A, T, C veya G) girin ve Giriş tuşuna basın. Giriş tuşuna bastıktan sonra, SBTengine® otomatik olarak, varsa,
sonraki hizalama tutarlılığına geçecektir. Başka yoksa SBTengine® “Hizalamalar TAMAM” raporu verecektir ve otomatik olarak
veri analizi işleminin 2. Adımı “Dizilim izleyiciler arasındaki tutarsızlıkların çözülmesine” bölümüne geçer.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
10
3.3.2 Adım 2: Dizilim izleyiciler arasındaki tutarsızlıkların çözülmesi
İzleyici dosyaları arasında tutarsızlıklar meydana gelebilir, örneğin ileri ve geri dizilim arasında. SBTengine® ekranın sağ
tarafında, aşağıda gösterildiği gibi tutarsızlıkları gösterecektir. (1)
Bunlar, bölüm 3.3.1'de (Adım 1: Hizalama tutarsızlıklarının çözülmesi) açıklandığı gibi düzenlenebilir. Giriş tuşuna basın ve
SBTengine® sizi otomatik olarak sıradaki tutarsızlığa veya analiz işleminin 3. adımına götürecektir: “Kritik Konumların Kontrol
Edilmesi/Değiştirilmesi”
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
11
3.3.3 Adım 3: Kritik Konumların Kontrol Edilmesi/Değiştirilmesi
Bundan sonra, tüm önemli konumları (1) kontrol etmelisiniz ve baz bildiriminin dizilim izleyici ile uyumlu olup olmadığını
doğrulamalısınız. Gerekirse, baz bildirimi düzenlenebilir. SBTengine®, önemli konumları dinamik olarak hesaplar ve
değiştirilirse başka bir alel atanmasına yol açacak olan ilgili tüm nükleotid konumlarını listeler. Bu nedenle, bu konumlarda
baz bildirimi manuel olarak kontrol etmek son derece önemlidir. Tüm önemli konumlar değerlendirildiğinde ve tüm konumlar
açıkça ve doğru şekilde ölçümlendiğinde, alel atanması tamamlanmıştır. Kalan belirsizlikleri çözmek için SBTengine (2)
tarafından önerilen GSSP'leri kullanın.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
12
İş Yükünün Azaltılması
Kontrol edilecek önemli konumların sayısı çoğu zaman 100'den fazla olabilir. İş yükünü azaltmak için “Kalite Değeri Filtresi”
(QV filtresi) seçeneği kontrol edilebilir. Bu, SBTengine® aracının bildirimlerinde %100 güvenli olduğu kusursuz kalitede pikleri
seçer.
Aşağıda görebileceğiniz gibi QV filtresi kapalıyken 140 önemli konum kontrol edilmelidir (1). QV filtresi açıkken (2), manuel
olarak kontrol edilmesi gereken önemli konum sayısı ciddi bir düşüşle 12'ye inmiştir.
1
2
3.4 Sonuçların Onaylanması
Alel atama işlemi bittiğinde, İlk Gözden Geçiren [Onayla] düğmesine (sağ alt) tıklatarak analizi sonlandırabilir. İlk gözden
geçirenin adı otomatik olarak [Onayla] kutusunda (1) belirecektir ve istenirse (2) yorum eklenebilir.
1
2
İlk Gözden Geçirenin adı, onayın tarihi ve saati ile birlikte bu alel atamasını yetkilendiren kişi olarak raporda saklanacaktır. Son
Gözden Geçiren (örneğin, denetleyici) artık analizin kontrolü için oturum açabilir ve sonra ikinci defa örneği onaylayabilir. Son
Gözden Geçirenin adı da tarih ve saat bilgisiyle birlikte raporda saklanır. İlk ve Son Gözden Geçirenler hakkında daha fazla
ayrıntı için lütfen bölüm 2.2.2 Yetki Seviyesi Hiyerarşisine bakın.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
13
Alel atanmasını onaylayarak, numunenin dizilim dosyaları arşiv klasörüne taşınmıştır ve bir XML raporu oluşturulmuştur. XML
raporu etiketli yapıda saklanan bilgiyi içeren bir metin dosyasıdır. XML dosyası, numuneyi ve alel ataması bilgilerini daha fazla
işleme için çeşitli yazılım programlarına (örneğin, bir LIMS sistemi) aktarılması için kullanılabilir.
SBTengine®, Tiplendirim Sonuçları sekmesindeki onaylı tüm lokuslar için klinik için bir rapor belgesi oluşturmak üzere tercih
ettiğiniz programa (örneğin,. Microsoft Word) aktarılabilecek olan bir rapor oluşturur.
3.4.1 Onaylanmış verilere erişim
Onaylanmış verilere erişmek için aşağıdaki gösterildiği gibi Onaylandı düğmesine tıklatmalısınız:
3.4.2 Hali hazırda analiz edilmiş ve onaylanmış bir örneğe ilave dizilim dosyası eklenmesi
Bir numune için ilave dizilim gerçekleştirildiyse, örneğin, GSSP'ler, dizilimler numunenin hali hazırda onaylanmış herhangi bir
verisi ile birleştirilmelidir. Bunu gerçekleştirmek için çalışma klasörünü GSSP dizilimleri ile birlikte SBTdata çalışma klasörüne
kopyalayın. SBTengine'i açın ve numuneyi seçin. SBTengine GSSP dosyalarını yükleyecek ve arşivde bulunan herhangi bir
izleyiciyi otomatik olarak geri alacaktır. Birleşik verilerin analizi, genotipleri veya alel belirsizliklerini ortadan kaldırarak son alel
atamasını değiştirebilir. Analiz tamamlandığında yeniden onaylanmalıdır. Yeni eklenen dosyalar arşiv haritasına taşınacaktır
ve XML dosyası dışa aktarılacaktır. SBTengine® sonraki alel atamasının öncekinden daha iyi olacağını varsayar. Bu nedenle
otomatik olarak eski XML dosyasının üzerine yazılacaktır.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
14
3.5 Sonuçların Raporlanması
Tiplendirim Sonucu sekmesinin altında "Mevcut lokus için tiplendirim sonucu" ve "Onaylanmış lokuslar" sekmelerini
bulabilirsiniz. Burada yazım sonuçlarınız hakkında bilgi bulabilirsiniz. Bu raporlar, pencerenin alt tarafındaki Yazdır veya
Kaydet düğmelerine tıklatılarak sırasıyla doğrudan yazdırılabilir veya Zengin Metin Belgesi (*.rtf) olarak kaydedilebilir.
Bir raporu *.rtf dosyası olarak kaydettiğinizde, onu herhangi bir metin düzenleyicide (örneğin, Microsoft Word)
açabilirsiniz ve klinik tedavi uzmanı için bir rapor oluşturmak üzere antetinizi ve ilave metninizi ekleyebilirsiniz. Bunu
otomatik hale getirmek için metin düzenleyicinizde bir makro oluşturmayı dahi değerlendirebilirsiniz. Makro oluşturma
hakkında ayrıntılar için lütfen metin düzenleyicinize bakın.
3.5.1 Mevcut Lokus için Tiplendirim Sonucu
Bu pencerede, mevcut numunenin yani mevcut halde Dizilime Genel Bakış penceresinde (1) yüklü olan numunenin
tiplendirim durumuna detaylı bir genel bakış bulabilirsiniz. Genotip belirsizlikleri varsa, tekil belirsizlikler (2) ve belirsizlikleri
çözebilecek olan GSSP'ler (3) hakkında ayrıntılı bilgi bulabilirsiniz.
Lütfen bunun onaylanmış numuneler için bir rapor OLMADIĞINI dikkate alın.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
15
3.5.2 Onaylanmış Lokuslar
Onaylanmış Lokuslar sekmesinin (1) altında ilgili sekmeyi (2) seçerek ‘Tüm numuneler’ gibi ‘Mevcut Numune’ hakkında da
rapor bilgisi bulabilirsiniz. Mevcut Numune sekmesi Dizilime Genel Bakışta mevcut halde analiz edilen numunenin raporunu
gösterirken, Tüm Numuneler sekmesi önceden analiz edilen numunelerin tümünün raporlarına erişiminizi sağlar. Açılır
menüden (3) bir örnek seçebilirsiniz.
Hem Mevcut Numune hem de Tüm Numuneler sekmelerinde, raporun gereksinimlerine bağlı olarak açılıp kapatılabilecek
birkaç görünüm seçeneği (4) vardır. Açılıp kapatılabilecek görünüm seçenekleri şunlardır:





Alel Atanması: onaylanmış her lokus için HLA alel atamasına genel bakış
Çözüm Stratejileri: kullanılması gereken GSSP'ler
Uygulanan GSSP'ler: kullanılan GSSP'ler
NMDP raporu: NMDP kodlu kullanıcılar için
P ve G grubu raporu: P ve G grubundan kullanıcılar için (belirsiz alel tiplendirmelerinin rapor edilmesini basitleştirmek
için)
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
16




Onaylama: alel atamasını onaylayan kişiye, kimlik bilgilerine ve onayın hangi tarih ve saatte yapıldığına genel bakış. Her
onay eylemi saklanmaktadır.
Yorum: Tiplendirimi onaylarken eklenen herhangi bir yorum
Veri tabanları: alel sayıları dahil hangi IMGT/HLA veri tabanının kullanıldığına genel bakış
Genel bakış: bu genel bakış her lokustaki alel ataması için hangi dizilim bilgisinin kullanıldığını gösterir. İleri ve tersine
oklar ileri ve tersine dizilimleri gösterirler. Sarı renk diziliminin heterozigoz olduğunu gösterirken kırmızı renk homozigoz
dizilimi gösterir.
SBTengine® kullanımı ile ilgili daha ayrıntılı bilgi için lütfen SBTengine® yazılımının Sözlüğündeki Yardım İşlevine danışın.
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
17
Sorumluluk Reddi
Genome Diagnostics B.V., bu Kullanım Talimatlarının hatasız olmasını sağlamak için gereken tüm çabayı göstermiştir.
Genome Diagnostics B.V. meydana gelmiş olabilecek hatalar veya eksiklikler konusunda sorumluluğu reddeder. Kullanım
Talimatlarındaki bilgiler bildirim yapılmadan değiştirilebilir.
Genome Diagnostics B.V., Kullanım Talimatları belgesinde içerilebilecek herhangi bir hata konusunda sorumluluk kabul etmez.
Genome Diagnostics B.V. bu Kullanım Talimatları belgesinde ve/veya Kullanım Talimatları belgesinde tanımlanan ürünlerde
herhangi bir bildirim yapmaksızın geliştirme yapma hakkını saklı tutar.
Telif Hakkı
Tüm fotoğraflar, resimler dahil olmak üzere, bu yayın uluslararası telif hakkı yasalarıyla, tüm hakları saklı olacak şekilde
korunmaktadır. Gerek bu Kullanım Kılavuzu, gerekse burada yer alan materyalin herhangi biri, yazarın yazılı izni olmadan
kopyalanamaz.
© Telif Hakkı 2014
M-14004 SBTN-IFU-V1-2014-01
18