Türkiye`deki bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler ile genetik

Journal of Cell and Molecular Biology 13(1-2):16-25, 2015
Haliç University, Printed in Turkey.
http://jcmb.halic.edu.tr
Research Article 16
Türkiye’deki bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler ile
genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of various cat breeds in Turkey by
using microsatellites
Tekin EROĞLU1, Yusuf ÖZŞENSOY2, Ercan KURAR3, Vahdettin ALTUNOK1*, Mehmet
NİZAMLIOĞLU1, Nazmi YÜKSEK4
1
Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, 42031, Konya , Türkiye
2
Cumhuriyet Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyometri ve Genetik Anabilim Dalı, 58140, Sivas,
Türkiye
3
Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, 42080, Konya,
Türkiye
4
Yüzüncüyıl Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Van, Türkiye
(* author for correspondence; [email protected])
Received: 27 January 2015; Accepted: 25 May 2015
Abstract: Genetic characterization of populations and thereby determination of diversity are critically
important for development of management programs for genetic resources and determination of
population migrations in the history. The aim of this study was to determine genetic characterization
of cat breeds reared in Turkey using microsatellite DNA markers. Ninety six of animals of cat
populations, Turkish Van, Turkish Angora, Turkish Tekir, Siamese and Persian were genetically
characterized by using 10 microsatellite loci including FCA069, FCA075, FCA105, FCA149,
FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 and FCA678. The amplified Polymerase Chain
Reaction (PCR) products were separated by capillary electrophoresis using a CEQ-8000 Beckman
Coulter Genetic Analysis System and allele genotypes were determined. A total of 274 different
alleles were observed ranging from 3.7 (Siamese) to 8.3 (Turkish Van). The observed heterozygosity
(Ho) and expected heterozygosity (He) were ranged from 1.0000 to 0.1667 and from 0.8939 to
0.1667, respectively. Factorial Correspondence Analysis (FCA) suggested the fact that genetic
relationships of present-day Turkish cat breeds are consistent with their historical origins. Lower
genetic diversities were observed in these breed. Siamese and Persian cats were separated in a group
from the other breeds raised in Turkey. It was observed that Tekir population was totally separated but
located close to the Turkish Angora and Turkish Van populations.
Keywords: Cat, genetic characterization, genetic diversity, microsatellite
Özet: Popülasyonların genetik karakterizasyonu ve çeşitliliğin seviyesinin belirlenmesi genetik
kaynakların yönetim programlarının geliştirilmesi ve tarihteki popülasyon göçlerinin belirlenmesi için
kritik öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de yetiştirilen bazı kedi ırklarının mikrosatellit
markörler kullanılarak genetik karakterizasyonunun yapılmasıdır. Van, Ankara, Tekir, Siyam ve İran
kedi popülasyonlarından toplam 96 örnek, 10 mikrosatellit markörü (FCA069, FCA075, FCA105,
FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 ve FCA678) kullanılarak genetik
karakterizasyonu yapılmıştır. Elde edilen Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ürünleri CEQ-8000
Beckman Coulter Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforez ile ayrıştırılmış ve allel
genotipleri belirlenmiştir. Toplam 274 farklı allel ve her lokus için tespit edilen ortalama allel
sayısının 8.3 (Van kedisi) ile 3.7 (Siyam) arasında değiştiği gözlenmiştir. Gözlenen (Ho) ve beklenen
(He) heterozigotluk değerleri sırasıyla 1.0000-0.1667 ile 0.8939-0.1667 arasında değişmektedir.
Faktöriyel Benzerlik Analizi (FCA) sonuçları çalışmaya konu olan kedi ırklarının tarihi kökenleri ile
uyumlu olduklarını göstermiştir. Çalışılan kedi ırklarında düşük genetik çeşitlilik gözlenmiştir. Siyam
17 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu
ve İran kedisinin Türkiye’deki ırklardan ayrı grup oluşturduğu, Tekir popülasyonunun Ankara ile Van
popülasyonlarına yakın olmakla birlikte tamamen ayrıldığı gözlenmiştir.
Anahtar sözcükler: Genetik çeşitlilik, genetik karakterizasyon, kedi, mikrosatellit
GİRİŞ
Popülasyonların genetik karakterizasyonu ve
popülasyonlar arasındaki genetik çeşitliliğin
belirlenmesi
genetik
kaynakların
yönetim
programlarının geliştirilmesi ve tarihte göçlerin
belirlenmesi için kritik öneme sahiptir. M.Ö. 5 000
yılında
Mısır’da
başlayan
kedilerde
evcilleştirmenin M.Ö. 1 600 yılından itibaren
tamamlandığı ileri sürülmüştür (Eizirik et al., 2001;
Tamada et al., 2005; Lipinski et al., 2008).
Avrupa’da ise evcilleştirme 2 000 yıl öncesine
dayanmaktadır (Tamada et al., 2005). Türkiye’de,
kedilere ait evcilleştirmeyi destekleyen Hacılar'da,
M.Ö. VI. yüzyıla ait, kedi ile oynayan kadın
heykelleri bulunmuştur (Demirsoy, 1992).
Bugünkü evcil kedilerin atalarının, Avrupa (Felis
silvestris) ve Afrika yaban kedisi (Felis silvestris
lybica) olduğu kabul edilmektedir (Eizirik et al.,
2001; Tamada et al., 2005).
Kedilerde
yapılan
genetik
karakterizasyon
çalışmaları,
vahşi
ve
evcil
kedilerde
gerçekleştirilmiştir. Vahşi kedilerden Puma (Culver
et al., 2000), Asya aslanları ve Hindistan kaplanları
(Shankaranarayanan et al., 1997), Rusya panterleri
(Uphyrkina et al., 2002), Güney Afrika çitaları
(O’Brien et al., 1985), Kalifornia dağ aslanları
(Ernest et al., 2000), leopar (Uphyrkina et al.,
2001), Tanzanya leoparları (Spong et al., 2000),
Hindistan’daki büyük kediler (Singh et al., 2004)
ve kaplanlarda (Xu et al., 2005) farklı sayıda
markör kullanılarak genetik karakterizasyon
çalışmaları gerçekleştirilmiştir.
Lipinski ve ark. (2008)’nın çalışmasında 22 saf
kedi ırkında, çeşitli ülkelerden rastgele seçilen 17
popülasyon ve 3 vahşi ırka ait DNA örnekleri
üzerinde 38 mikrosatellit markör kullanılarak
filogenetik ilişkiler incelenmiştir. Bu çalışma
sonucunda Akdeniz, Avrupa, Asya ve Afrika
kedilerinin genetik açıdan ayrılabilen gruplar
oluşturduğu, Kuzey Amerika kedilerinin ise Avrupa
kedileriyle
genetik
benzerlik
gösterdiği
belirlenmiştir (Lipinski et al., 2008). Mikrosatellit
markör kullanılarak yapılan bir çalışmada
sokak kedilerinin oluşturduğu kolonilerin
belirgin
olarak
heterozigot
olduğu
belirlenmiştir (Say et al., 2003).
Kedilerde
biyokimyasal
genetik
varyasyonun özelliklerinin araştırıldığı
çalışmada (O’Brien, 1980), jel elektroforezi
ile 55 biyokimyasal markörün analizi
gerçekleştirilmiştir. Kedilerde polimorfik
lokusların genetik frekansları ilk defa bahsi
geçen çalışma ile hesaplanmış ve HardyWeinberg dengesinde olan popülasyonda
ortalama heterozigotluk düzeyi 0.07 olarak
tespit edilmiştir (O’Brien, 1980). Afrika
vahşi kedileri ile evcil kedilerin birbirleri ile
farklılaşması ve melezlenme miktarını
belirlemek için vahşi kedilerle evcil
kedilerin karşılaştırıldığı çalışmada Afrika
vahşi kedilerinin belirgin bir şekilde
melezlenme
tehdidi
altında
olduğu
belirlenmiştir (Wiseman et al., 2000).
Ayrıca evcil kedilerin kendi aralarında
karşılaştırıldığı (Menotti-Raymond et al.,
1999; Say et al., 1999) ve evcil kediler ile
vahşi kediler arasında karşılaştırmaların
(Beaumont et al., 2001; Pierpaoli et al.,
2003)
yapıldığı
çalışmalar
da
bulunmaktadır.
Dünya’nın
farklı
bölgelerinde yetiştirilen kedilerin tarihteki
evcilleştirmeye
ve
ırkların
genomik
çeşitliliğe nasıl ışık tuttuğu mikrosatellit
markörler
kullanılarak
araştırılmıştır
(Driscoll et al., 2007).
Mikrosatellitler, genomda yaygın olarak
bulunmaları, yüksek oranda polimorfizm
göstermeleri, polimeraz zincir reaksiyonu
(PZR) teknolojisi ile kolayca analiz
edilebilmeleri,
ko-dominant
özellikte
olmaları nedeniyle farklı genom ve
popülasyon analizlerinde tercih edilmektedir
(Özşensoy ve Kurar, 2012).
Bu çalışmada, Türkiye’de yetiştirilen bazı
kedi ırklarının mikrosatellit markörler
Eroğlu T. et al. 18
kullanılarak genetik karakterizasyonunun yapılması
amaçlanmıştır.
MATERYAL ve METOT
Türkiye’de yetiştirilen Van (62), Ankara (6),
Tekir (18), Siyam (6) ve İran (6) kedilerinden
toplam 98 kan örneği Vena cephalica
antebrachii’den
antikuagulantlı
(K3EDTA’lı)
tüplere alınmış ve analize kadar -20˚С’de
saklanmıştır.
DNA
örnekleri
standart
fenol/kloroform metodu (Sambrook et al.,
1989)
kullanılarak
elde
edilmiştir.
Çalışmada kullanılan 10 mikrosatellit
markör (FCA069, FCA075, FCA105,
FCA149, FCA220, FCA229, FCA240,
FCA310, FCA441 ve FCA678) Uluslararası
Hayvan Genetiği Derneği (ISAG) tarafından
tavsiye edilen listeden (Lyons, 2004)
seçilmiştir (Tablo 1).
Tablo 1. Kullanılan mikrosatellit lokusları
Lokus
Kromozom
FCA069
B4
FCA075
E2
FCA105
A2
FCA149
B1
FCA220
F2
FCA229
A1
FCA240
X
FCA310
C2
FCA441
D3
FCA678
A1
Primer Sekansı
(5’ –> 3’)
AATCACTCATGCACGAATGC
AATTTAACGTTAGGCTTTTTGCC
ATGCTAATCAGTGGCATTTGG
GAACAAAAATTCCAGACGTGC
TTGACCCTCATACCTTCTTTGG
TGGGAGAATAAATTTGCAAAGC
CCTATCAAAGTTCTCACCAAATCA
GTCTCACCATGTGTGGGATG
CGATGGAAATTGTATCCATGG
GAATGAAGGCAGTCACAAACTG
CAAACTGACAAGCTTAGAGGGC
GCAGAAGTCCAATCTCAAAGTC
TCTTTAAGATGGCCGGACTG
TCCCCTCAAATATGCAAAGG
TTAATTGTATCCCAAGTGGTCA
TAATGCTGCAATGTAGGGCA
ATCGGTAGGTAGGTAGATATAG
GCTTGCTTCAAAATTTTCAC
AGCAATCTCCAGAATGTGTGG
TCAAAAGATTAAAGCCTTCCAA
PZR protokolü olarak bir reaksiyonunda 1X
Mg’suz PZR buffer, 200 mM dNTP, 1.5 mM
MgCl++, 0.375 ünite Taq polimeraz, 5 pmol her
bir primer çifti (Tablo 1) ve 50 ng kalıp DNA
kullanılarak her bir PZR reaksiyonu toplam 15
µl hacimde hazırlanmıştır.
Polimeraz zincir reaksiyonları, MJ Research
PTC-200 thermal cycler ve Touchdown PZR
profili (Don et al., 1991) kullanılarak iki
aşamada gerçekleştirilmiştir. PZR profili;
95C’de 4 dk ile tam bir denatürasyon
sağlandıktan sonra I. aşamada 16 döngü için
94°C‘de 30 saniye denatürasyon, primerlerin
ideal bağlanma noktasının sağlanması için
PZR Ürünü (bç)
96-116
104-146
173-205
104-118
210-224
150-176
179-201
112-140
145-173
216-236
60°C‘den başlayarak her bir döngüde 0.5°C
düşürülen ve 30 saniye süren bağlanma ve
72°C’de 30 saniye uzama sağlanmıştır. II.
aşamada ise 94°C‘de 30 saniye denatürasyon,
52°C‘de 30 saniye bağlanma ve 72°C‘de 30
saniye uzama olacak şekilde toplam 25 döngü
kullanılmıştır. Son olarak örnekler 72°C’de 10
dk tutularak tam bir adenilizasyona olanak
sağlanmıştır.
Elde edilen PZR ürünleri CEQ-8000 Beckman
Coulter Genetik Analiz Sisteminde daha önce
tanımlandığı (Özşensoy et al., 2010) gibi
ayrıştırılmıştır. Allel genotipleri, FragTest ve
size standart-400 kullanılarak tespit edilmiştir.
19 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu
Toplam allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve
beklenen (He) heterozigotluk değerleri, FIS ve
FST değerleri ile filogenetik ağaçlar; Population
1.0 (Goldstein ve Pollock, 1997), TreeWiev
(Nei et al., 1983), GenePop (Raymond ve
Rousset, 1995), GenAlEx6 (Peakall ve Smouse,
2006)
paket
programları
kullanılarak
hesaplanmıştır. Popülasyon içi akraba olan
bireylerin tespiti amacıyla Identy testi Cervus
v2.0 (Marshall et al., 1998) paket programı
kullanılarak
yapılmıştır.
Farklı
kedi
popülasyonların birbirleri ile genetik olarak
benzerliği veya ayrılmasının tespit edilmesi
amacıyla Faktöriyel Benzerlik Analizinde
(FCA), Genetix 4.0 (Belkhir et al., 1996) paket
programı kullanılmıştır.
(Tablo 2).
SONUÇLAR
Çalışmada kullanılan 98 örnekten, Identy
testi sonucunda iki farklı kedinin diğer iki kedi
ile aynı genotipe sahip olması nedeniyle 2
kediye ait genotipik veri çıkarılarak popülasyon
analizinde 96 kediye ait genotip verileri
kullanılmıştır.
Toplam 274 farklı allel gözlenmiş ve ortalama
allel sayısı 5.48 bulunmuştur. Ortalama allel
sayısının 8.3 (Van kedisi) ile 3.7 (Siyam)
arasında değiştiği gözlenmiştir. Her lokus için
heterozigotluk
seviyeleri
incelendiğinde
gözlenen (HO) ve beklenen (He) heterozigotluk
değerlerinin sırasıyla 1.0000-0.1667 ile 0.89390.1667
arasında
değiştiği
belirlenmiştir
Eroğlu T. et al. 20
Tablo 2. Popülasyonlarda gözlenen allel sayısı (Na), beklenen (He) ve gözlenen (Ho) heterozigotluk değerleri
Van
Lokus
Ankara
İran
Siyam
Tekir
NA
NA
Ho
He
NA
Ho
He
NA
Ho
He
NA
Ho
He
NA
Ho
He
Toplam
Ortalama
FCA069
10
0.7541
0.8086
8
0.6667
0.8939
3
0.3333
0.5455
4
0.5000
0.6364
6
0.8235
0.7932
31
6.2
FCA075
10
0.6721
0.7956
5
1.0000
0.8182
4
0.5000
0.7727
5
0.5000
0.7424
6
0.7647
0.7950
30
6
FCA105
10
0.8167
0.8511
5
1.0000
0.8667
4
0.6667
0.6364
4
0.6667
0.6970
8
0.6667
0.8514
31
6.2
FCA149
6
0.7541
0.7756
6
0.6667
0.8485
5
0.6667
0.7424
5
0.6667
0.7879
6
0.8125
0.8024
28
5.6
FCA220
8
0.5246
0.5284
3
0.3333
0.5455
3
0.3333
0.4394
5
0.8333
0.7576
6
0.4118
0.5258
25
5
FCA229
9
0.7241
0.8148
4
0.6000
0.7778
4
0.1667
0.7727
4
0.4000
0.5333
5
0.5882
0.7683
26
5.2
FCA240
6
0.3443
0.6631
3
0.1667
0.5909
2
0.1667
0.1667
4
0.5000
0.6970
6
0.4706
0.7344
21
4.2
FCA310
9
0.9016
0.8361
6
0.8000
0.8889
4
0.8333
0.7424
3
0.6667
0.7121
7
0.6875
0.7238
29
5.8
FCA441
8
0.7705
0.8056
4
1.0000
0.7424
4
0.8333
0.6970
2
0.5000
0.5303
7
0.7647
0.7772
25
5
FCA678
7
0.6393
0.7741
5
0.5000
0.8030
4
0.3333
0.5606
5
0.5000
0.7576
7
0.6667
0.7908
28
5.6
Ortalama
8.3
0.6901
0.7653
4.9
0.6733
0.7776
3.7
0.4833
0.6076
4.1
0.5733
0.6852
6.4
0.6657
0.7562
5.48
21 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu
Fıs, alt popülasyonlar da birbirine akraba olan
bireylerin içinde homolog alleller arasındaki
korelasyonları tanımlamaktadır. FST ise alt
popülasyonların genetik farklılaşma derecelerini
hesaplamada kullanılmaktadır. Popülasyonlar için
hesaplanan genel FIS değerleri 0.09894 (Van
Kedisi) ile 0.22043 (Siyam Kedisi) arasında
değişmektedir ve Ankara kedisi hariç tüm
popülasyonlarda istatistiksel olarak önemli
bulunmuştur (Tablo 3). Bu değerler, Siyam
kedisinin daha saf olarak kaldığını, Van kedisinin
ise saf yetiştirmeden uzaklaştığını ancak heterozigot
fazlalığını göstermektedir. Popülasyonlar arası
varyasyonun önemli olup olmadığının araştırılmasında
FST değerleri hesaplanmıştır (Tablo 4). Ankara
popülasyonu ile Van ve Tekir popülasyonları arasında
hesaplanan FST değerlerinin istatistiksel olarak
anlamsız olduğu, diğer tüm popülasyonlar arasında ise
FST değerlerinin önemli olduğu görülmüştür. Ankara
kedisi ile Van ve Tekir kedileri arasında varyasyonun
düşük ve genetik olarak daha benzer olduğu
görülmektedir.
Tablo 3. Popülasyonlar arasında bulunan genetik farklılıkların F IS değerleri
Van Kedisi
0.09894****
Ankara Kedisi
0.14588*
Siyam Kedisi
0.22043**
İran Kedisi
0.17703**
Tekir Kedisi
0.12340***
*önemsiz,
**P<0.05,
***P<0.01,
****P<0.001
Tablo 4. Popülasyonlar arası FST değerleri
Van
Ankara
Van
Ankara
Siyam
İran
Tekir
0
-0.00759*
0.08008****
0.08157****
0.01699**
0
0.08182**
0.10225**
-0.01384*
0
0.11255**
0.06524***
0
0.05584***
Siyam
İran
Tekir
0
*önemsiz, **P<0.05,
Nei’nin DA genetik uzaklığı kullanılarak komşu
birleştirme metodu ile çizilen ağaç (NJT) Şekil 1 de
sunulmuştur. Siyam ve İran kedisinin Türkiye’deki
***P<0.01, ****P<0.001
ırklardan ayrı grup oluşturduğu, Tekir popülasyonunun
Ankara ile Van popülasyonlarına yakın olmakla
birlikte tamamen ayrıldığı gözlenmiştir.
Eroğlu T. et al. 22
Şekil 1. Komşu Birleştirme Ağacı
FCA grafiğinde (Şekil 2) İran, Siyam, Ankara ve
Van popülasyonlarının birbirlerinden ayrılarak
kendi gruplarını oluşturdukları, yerli kedi
popülasyonlarının (Van, Ankara ve Tekir kedisi)
birbirleri ile yakın oldukları ve Tekir popülasyonunun
ise diğer popülasyonlara dağılmış durumda olduğu
gözlenmiştir.
Şekil 2. Faktöriyel Benzerlik Analizi Grafiği
TARTIŞMA
Dünyadaki diğer evcil kedi ırklarıyla
karşılaştırıldığında, Türkiye’deki kedilerde görülen
genetik çeşitliğin birkaç kedi popülasyonu hariç
belirgin düzeyde yüksek olduğu görülmektedir
(Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008).
Özellikle Van kedisinde gözlenen ortalama allel
sayısının (8.3) diğer çalışmalarda incelenen kedi
popülasyonlarından (Lipinski et al., 2007; Lipinski
et al., 2008) daha yüksek olduğu tespit edilmiştir.
Lipinski ve ark. (2007) tarafından yapılan
çalışmada kullanılan mikrosatellitlerden 9 tanesi
(FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220,
FCA229, FCA310, FCA441 ve FCA678) bu
çalışma ile aynı olmasına rağmen, elde ettikleri Ho
değerlerinin hepsi, bu çalışmanın değerlerinden daha
düşük seviyede bulunmuştur.
Bu çalışmada Türkiye’de bulunan kedi ırklarının (Van
ve Ankara kedisi) Ho ve He değerlerinin diğer
çalışmalara (Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008;
Menotti-Raymond et al., 2008) göre daha yüksek
olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada kullanılan örnek
sayısının sınırlı olmasına rağmen Siyam ve İran
kedilerinde Ho değerleri diğer çalışmalar (Lipinski et
al., 2007; Lipinski et al., 2008; Menotti-Raymond et
al., 2008) ile benzer olduğu tespit edilmiştir. F IS
değerleri de diğer çalışmalarla (Lipinski et al., 2007;
Menotti-Raymond et al., 2008) benzer bulunmuştur.
Bu çalışmada tespit edilen pozitif ve sıfıra yakın F IS
değerleri,
popülasyonlarda
genel
olarak
saf
yetiştirmeden
uzaklaşıldığı
ancak
heterozigot
23 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu
fazlalığını göstermektedir. Yeni bir kedi ırkı olarak
tanımlanan Selkirk Rex kedi popülasyonunda
yapılan karakterizasyon çalışmasında (Filler et al.,
2012) elde edilen ortalama allel sayısı (3.04), FIS
(0.057), Ho (0.630) ve He (0.654) değerleri Türkiye
yerli kedi popülasyonlarından (Ankara, Van ve
Tekir) daha düşük bulunmuştur. Türkiye’de
bulunan kedi ırklarında görülen ortalama allel
sayılarının yüksek olmasının sebebinin Türkiye’nin
coğrafi konum itibariyle eski medeniyetlerin yaşam
alanı olması ve kedilerin evcilleştirmelerinin
başladığı Mısır’a yakın ve ticaret yolları üzerinde
olmasından
kaynaklanmış
olabileceği
düşünülmektedir.
Nei’nin DA genetik uzaklığı kullanılarak çizilen
komşu birleştirme (NJ) ağacında 2 ana grup
oluşmuştur. Türkiye yerel kedi ırklarının birlikte bir
grup oluşturduğu, Siyam ve İran kedilerinin ise
birbirlerine benzediği ve aynı grup içerisinde
diğerlerinden ayrıldığı görülmektedir. NJ ağacında
Tekir
popülasyonunun,
Van
ve
Ankara
popülasyonlarıyla karışım içerisinde bulunmasının,
bu ırkın saf bir ırk olmadığının göstergesi olarak
düşünülmektedir. Lipinski ve ark. (2008)’nın
yaptığı çalışmada NJ ağacında Ankara ve Van kedi
popülasyonları benzer şekilde birbirleri ile genetik
olarak yakın mesafede olduğu tespit edilmiştir.
Ancak, Siyam ve İran kedilerinin ise birbirlerine
genetik olarak çok uzak olduğu gözlenmiştir. Bu
farklılığın Siyam kedisi ve İran kedisi için bu
çalışmada kullanılan ancak sınırlı sayıda örnek
sayısından kaynaklanmış olabileceği tahmin
edilmektedir.
FCA grafiğinde İran kedisi ve Siyam kedisinin
belirgin bir şekilde diğer ırklardan ayrıldığı
gözlenmektedir. Van kedisi ile Ankara kedisinin de
birbirlerinden ayrıldığı görülmektedir. Tekir
popülasyonunun öbeklenme oluşturmadığı ve diğer
popülasyonların
arasına
yayıldığı
gözlemlenmektedir. Bu sonuçlar, Tekir ırkının saf
bir
ırk
olmadığının
göstergesi
olarak
düşünülmektedir. FCA sonuçları genel olarak
günümüzdeki Türk kedi ırklarının tarihi kökenleri
ile uyumlu olduklarını göstermiştir.
Her ne kadar bu çalışmada nispeten daha yüksek
oranda heterozigotluk tespit edilmiş olsa da,
Lipinski ve ark (2008) kedilerde kan yakınlığının
diğer hayvan türlerine göre yüksek olması
nedeniyle, kedi yetiştirme programlarının daha
dikkatli yapılması gerekliliğini ileri sürmüşlerdir.
Özellikle mevcut kedi ırklarından bazılarının son
50-75 yılda tespit edilmesi, bu ırkların yalnızca
sınırlı oranda genetik varyasyona sahip olduklarını
akla getirmektedir (Lipinski et al., 2008;
Kurushima et al., 2013).
Sonuç
olarak,
Van
ve
Ankara
kedisi
popülasyonlarında
daha
önce
yayınlanan
çalışmalara göre daha yüksek oranda genetik çeşitlilik
tespit edilmiştir. Siyam ve İran kedilerinin ise nispeten
daha düşük seviyede genetik çeşitlilik gösterdiği, bu iki
kedi ırkının (Siyam ve İran kedisi) Türkiye’deki
ırklardan ayrı grup oluşturduğu ve Tekir
popülasyonunun
Ankara
ile
Van
kedisi
popülasyonlarına yakın olmakla birlikte tamamen
ayrıldığı belirlenmiştir. Siyam ve İran kedilerinde
örnek ve mikrosatellit lokusu sayısının artırılarak
genetik karakterizasyon çalışmalarının yapılması, bu
popülasyonların genetik yapılarının daha detaylı
incelenmesine olanak sağlayacaktır.
TEŞEKKÜR
Çalışma Selçuk Üniversitesi BAP Koordinatörlüğü
tarafından (BAP 06202011) desteklenmiştir. Çalışma
ilk yazarın tezinden özetlenmiştir. Ayrıca bu çalışma
uluslararası kongrede (33. FEBS Congrees & 11.
IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008,
Yunanistan) sunulmuştur
KAYNAKLAR
Beaumont M, Barratt EM, Gottelli D, Kitchener AC,
Daniels MJ, Pritchars JK, Bruford MW. Genetic
diversity and introgression in the Scottish wildcat.
Mol Ecol, 10(2): 319-336, 2001.
Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Goudet J, Bonhomme F.
GENETİX 4.00 WindowsTM software for sample
genetics. Laboratoire Genome, Populations,
Interactions, University of Montpellier, France,
1996.
Culver M, Johnson WE, Pecon-Slattery J, O’Brien SJ.
Genomic ancestry of the American Puma (Puma
concolor). J Hered, 91(3): 186-197, 2000.
Demirsoy
A.
Yaşamın
temel
kurallarıOmurgalılar/Amniyota. Meteksan A.Ş. Yayın Evi,
Ankara, 1992.
Don RH, Cox PT, Wainwright BJ, Baker K, Mattick
JS. ‘Touchdown’ PCR to circumvent spurious
priming during gene amplification. Nucleic Acids
Res, 19(14): 4008, 1991.
Driscoll CA, Menotti-Raymond M, Roca AL, Hupe K,
Johnson WE, Geffen E, Harley EH, Delibes M,
Pontier D, Kitchener AC, Yamaguchi N, O’Brien
SJ, Macdonald DW. The Near Eastern origin of cat
domestication. Science, 317(5837): 519-523, 2007.
Eizirik E, Kim JH, Menotti-Raymond M, Crawshaw
PG Jr, O’Brien SJ, Johnson WE. Phylogeography,
population history and conservation genetics of
jaguars (Panthera onca, Mammalia, Felidae). Mol
Ecol, 10(1): 65-79, 2001.
Ernest HB, Penedo MCT, May BP, Syvanen M, Boyce
WM. Molecular tracking of mountain lions in the
Yosemite Valley region in California: genetic
analysis using microsatellites and faecal DNA. Mol
Ecol, 9(4): 433-441, 2000.
Eroğlu T. et al. 24
Filler S, Alhaddad H, Gandolfi B, Kurushima JD,
Cortes A, Veit C, Lyons LA, Brem G. Selkirk
Rex:
Morphological
and
genetic
characterization of a new cat breed. J Hered,
103(5): 727-733, 2012.
Goldstein
DB,
Pollock
DD.
Launching
microsatellites: A review of mutation processes
and methods of phylogenetic inference. J
Hered, 88: 335-342, 1997.
Kurushima JD, Lipinski MJ, Gandolfi B, Froenicke
L, Grahn JC, Grahn RA, Lyons LA. Variation
of cats under domestication: genetic assignment
of domestic cats to breeds and worldwide
random-bred populations. Anim Genet, 44, 311324, 2013.
Lipinski MJ, Amigues Y, Blasi M, Broad TE,
Cherbonnel C, Cho GJ, Corley S, Daftari P,
Delattre DR, Dileanis S, Flynn JM, Grattapaglia
D, Guthrie A, Harper C, Karttunen PL, Kimura
H, Lewis GM, Longeri M, Meriaux J-C, Morita
M, Morrin-O'Donnell RC, Niini T, Pedersen
NC, Perrotta G, Polli M, Rittler S, Schubbert R,
Strillacci MG, Van Haeringen H, Van
Haeringen W, Lyons LA. An international
parentage and identification panel for the
domestic cat (Felis catus). Anim Genet, 38(4):
371-377, 2007.
Lipinski MJ, Froenicke L, Baysac KC, Billings NC,
Leutenegger CM, Levy AM, Longeri M, Niini
T, Ozpinar H, Slater MR, Pedersen NC, Lyons
LA. The ascent of cat breeds: Genetic
evaluations of breeds and wordwide randombred populations. Genomics, 91(1): 12-21,
2008.
Lyons LA Report by Leslie Lyons on allele
sequencing of panel markers for the cat. ISAG
Tokyo, 2004.
Marshall TC, Slate J, Kruuk LEB, Pemberton JM.
Statistical confidence for likelihood-based
paternity inference in natural populations. Mol
Ecol, 7(5): 639-655, 1998.
Menotti-Raymond M, David VA, Lyons LA,
Schaffer AA, Tomlin JF, Hutton MK, O’Brien
SJ. A genetic linkage map of microsatellites in
the domestic cat (Felis catus). Genomics, 57(1):
9-23, 1999.
Menotti-Raymond M, David VA, Pflueger SM,
Lindblad-Toh K, Wade CM, O'Brien SJ,
Johnson WE. Patterns of molecular genetic
variation among cat breeds. Genomics, 91(1): 111, 2008.
Nei M, Tajima F, Tateno Y. Accuracy of
estimated phylogenetic trees from molecular
data II. Gene frequency data. J Mol Evol,
19(2): 153-170, 1983.
O’Brien SJ, Roelke ME, Marker L, Newman A,
Winkler CA, Meltzer D, Colly L, Evermann JF,
Bush M, Wildt DE. Genetic basis for species
vulnerability in the cheetah. Science, 227(4693):
1428-1434, 1985.
O’Brien SJ. The extent and character of biochemical
genetic variation in the domestic cat. J Hered, 71:
3-8, 1980.
Özşensoy Y, Kurar E, Doğan M, Bulut Z, Altunok V,
Işık A, Çamlıdağ A, Nizamlıoğlu M. Türkiye’de
bulunan bazı yerli sığır ırklarının STR markörler ile
genetik karakterizasyonu. BİBAD, 3(1): 163-171,
2010.
Özşensoy Y, Kurar E (2012): Markör sistemleri ve
genetik
karakterizasyon
çalışmalarında
kullanımları. J Cell Mol Biol, 10(2): 11-19, 2012.
Peakall R, Smouse PE. GENALEX 6: Genetic analysis
in Excel, population genetic software for teaching
and research. Mol Ecol Notes, 6: 288-295, 2006.
Pierpaoli M, Biro ZS, Herrmann M, Hupe K,
Fernandes M, Ragni B, Szemethy L, Randi E.
Genetic distinction of wildcat (Felis silvestris)
populations in Europe, and hybridization with
domestic cats in Hungary. Mol Ecol, 12(10): 25852598, 2003.
Raymond M, Rousset F. GENEPOP (v 1.2). A
population genetics software for exact test
and ecumenicism. Montpellier, France, 1995.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular
clonning: A laboratory manual. Second edition,
Volume 2, pp: 9.16-9.19. Cold-Spring Harbor, New
York, USA, 1989.
Say L, Bonhomme F, Desmarais E, Pontier D.
Microspatial genetic heterogeneity and gene flow
in stray cats (Felis catus L.): a comparison of coat
colour and microsatellite loci. Mol Ecol, 12(6):
1669-1674, 2003.
Say L, Pontier D, Natoli E. High variation in multiple
paternity of domestic cats (Felis catus L.) in
relation to environmental conditions. Proc R Soc
Lond B, 266(1433): 2071-2074, 1999.
Shankaranarayanan P, Banerjee M, Kacker RK,
Aggarwal RK, Singh L. Genetic variation in Asiatic
lions and Indian tigers. Electrophoresis, 18(9):
1693-1700, 1997.
Singh A, Gaur A, Shailaja K, Bala BS, Singh L. A
novel microsatellite (STR) marker for forensic
identification of big cats in India. Forensic Sci Int,
141(2-3): 143-147, 2004.
Spong G, Johansson M, Bjorklund M. High genetic
variation in leopards indicates large and long-term
stable effective population size. Mol Ecol, 9(11):
1773-1782, 2000.
Tamada T, Kurose N, Masuda R. Genetic diversity in
domestic cats Felis catus of the Tsushima Islands,
based on mitochondrial DNA cytochrome b and
control region nucleotide sequences. Zool Sci,
22(6): 627-633, 2005.
Uphyrkina O, Johnson WE, Quigley H, Miquelle D,
Marker L, Bush M, O’Brien SJ. Phylogenetics,
genome diversity and origin of modern leopard,
Panthera pardus. Mol Ecol, 10(11): 2617-2633,
2001.
Uphyrkina O, Miquelle D, Quigley H, Driscoll C,
O’Brien SJ. Conservation genetics of the Far
25 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu
Eastern Leopard (Pantera pardus orientalis). J
Hered, 93(5): 303-311, 2002.
Wiseman R, O’Ryan C, Harley EH. Microsatellite
analysis reveals that domestic cat (Felis catus)
and southern African wild cat (F. lybica) are
genetically distinct. Anim Conserv, 3(3):
221–228, 2000.
Xu YC, Li B, Li WS, Bai SY, Jin Y, Li XP, Gu
MB, Jing SY, Zhang W. Individualization of
tiger by using microsatellites. Forensic Sci Int,
151(1): 45-51, 2005.