Klinik Tanıda Yeni Nesil Sıralama

Klinik Tanıda Yeni Nesil Sıralama:
Erken Uygulamaya Koyanların Deneyimleri
Moderatörler: Elaine Lyon1,2* ve Franklin R. Cockerill lll3,4,5
Uzmanlar: Sherri J. Bale6, Carol Beadling7, Lynn Bry8, Jill Hagenkord9, Shashikant Kulkarni10,
Richard Press11 ve Glenn E. Palomaki12
1
Patoloji Doçenti, Utah Üniversitesi Tıp Fakültesi, Salt Lake City, UT; 2Tıbbi Direktör, Moleküler
Genetik, ARUP Laboratuvarları, Salt Lake City, UT; 3Profesör ve Başkan, Tıbbi Laboratuvar ve Patoloji
Bölümü ve 4Başkan ve CEO, Mayo Tıbbi Laboratuvarları, Mayo Kliniği, Rochester, MN; 5Mevcut
bağlılığı, Quest Diagnostics (01/10/2014); 6İdari Direktör, GeneDx, Gaithersburg, MD; 7Direktör
Yardımcısı, Patoloji Geçişi Araştırma Laboratuvarı, Knight Tanısal Laboratuvarları, Oregon Sağlık ve
Bilim Üniversitesi, Portland, OR; 8Yönetici, Klinik ve Geçiş Metagenomik Merkezi, Brigham ve Kadın
Hastanesi ve Patoloji Doçenti, Harvard Tıp Fakültesi, Boston, MA; 9Tıbbi Sorumlu, 23andMe, Inc. ve
10
Doçent, Patoloji ve İmmünoloji, Pediyatri ve Genetik, Sitogenomik ve Moleküler Patoloji Yöneticisi,
Washington Üniversitesi Tıp Fakültesi, St. Louis, MO; 11Patoloji Bölümü ve Knight Kanser Enstitüsü,
Oregon Sağlık ve Bilim Üniversitesi, Portland, OR; 12Patoloji ve Tıbbi Laboratuvar Bölümü, Kadın ve
Bebek Hastanesi, Brown Üniversitesi Alpert Tıp Fakültesi, Providence, RI.
*
Bu yazarın iletişim bilgileri: ARUP Laboratories, 500 Chipeta Way, Salt Lake City, UT 84108. Faks 801584-5207; e-posta [email protected]
Standart dışı kısaltmalar: NGS, yeni nesil sıralama; MPS, yoğun paralel sıralama; NHGRI, Ulusal İnsan
Genomu Araştırma Enstitüsü; NIBSC, Ulusal Biyolojik Standartlar ve Kontrol Enstitüsü; FFPE,
formalinle sabitlenmiş, parafine yatırılmış; WES, tam ekzom sıralaması; CNV, kopya sayısı değişkeni;
CAP, Amerikan Patologlar Birliği; SNV, tek nükleotid değişkeni; HMP, İnsan Mikrobiyom projesi; LIS,
laboratuvar bilgi sistemi; ACMG, Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Birliği; GUS, önemi bilinmeyen
gen; VUS, önemi bilinmeyen değişken; IF, tesadüfi bulgu; HGMD, İnsan Gen Mutasyonu Veri Tabanı;
ccf, dolaşımda hücre yok; NIPD, girişimsel olmayan doğum öncesi tanı; NIPT, NIP testi; NIPS, NIP
tarama.
Yoğun paralel sıralama (MPS) olarak ta adlandırılan yeni nesil sıralama (NGS), hızla klinik laboratuvar
testleri ile bütünleştirilmektedir. Mevcut uygulama alanları arasında kalıtsak hastalıklardaki germ
sırası değişkenlikleri, kanserlerdeki somatik değişkenler, dolaşımdaki hücresiz DNA alt popülasyonları
ve enfeksiyonlar veya normal ya da farklılaşmış insan florasındaki tek viral ya da metamikrobiyal
genomlar sayılabilir. Her uygulama özgündür ve kendine özgü avantaj ve dezavantajlara sahiptir. NGS
süreçlerinin karmaşıklığı (numunelerin hazırlanması, test edilmesi ve çok fazla miktarda verinin
incelenmesi) geçerliliğin doğrulanması, kalite kontrol ve verilerin yorumlanması ile ilgili
laboratuvarların karşı karşıya kaldığı pek çok sorun oluşturmaktadır. Bu soru-cevap bölümünde farklı
alanlardan (kalıtsal hastalıklar, kanser, enfeksiyöz hastalıklar ve gebelik tetkikleri) uzmanlar bu
teknolojileri klinik kullanıma alma deneyimleri ile ilgili yanıtlar vermektedir. Yanıtları kişisel görüşlerini
ve kendi uzmanlık alanlarına özgü deneyimlerini yansıtmaktadır. Uzmanlar ve ilgi alanları şu
şekildedir: Sherri Bale ve Jill Hagenkord (kalıtsal hastalıklar); Richard Press, Carol Beadling ve
Shashikant Kulkarni (onkoloji); Lynn Bry (enfeksiyöz hastalıklar); ve Glenn Palomaki (anne
plazmasından girişimsel olmayan şekilde doğum öncesi genetik inceleme). Paylaştıkları deneyimler ve
düşünceler karşılaşılan sorunların çeşitliliğini göstermekte ve nasıl çözüldüklerine dair örneekler
sunmaktadır.
Geçerlilik: Analitik geçerlilik klinik bir testin doğruluk ve tekrarlanabilirliğini, yani duyarlılık düzeyini
ölçer. Genomik sıralama açısından duyarlılık, eğer varsa, genetik varyantları saptama yeteneğini,
özgünlük ise “normal” (vahşi tip) sıralamayı doğru olarak belirleme derecesini ifade eder.
1: MPS kullanılan bir testin geçerliliğini belirlemenin en zor yönü hangisidir? Laboratuvarlar bu
gereksinimleri nasıl karşılamıştır?
Sherri Bale: MPS kullanılan bir testin geçerliliğini belirlerken
karşılaşılan en önemli sorun üç bileşenin (sıralama platformu,
genlerin özgün test/paneli ve biyoinformatik boru hattı) aynı
anda optimizasyonunu gerektiren ve kendini tekrarlayan bir
süreç olmasıdır. Sistemin herhangi bir parçası farklılaştırıldığında
(örneğin, hedef zenginleştirme aşamasında başlangıçtaki DNA
miktarını değiştirmek, yüzlerce bileşenden oluşan bir havuza tek
bir öncül eklemek/değiştirmek veya informatik boru hattındaki
bir parametreyi ayarlamak) bütün tetkikin geçerliliğinin baştan
belirlenmesi gerekir. Bu testlerin tamamlanması günler, hatta
haftalar sürdüğünden ve hatırı sayılır maliyetler söz konusu
olduğundan bir NextGen panelinin geçerliliğinin araştırılması çok
zaman alan, pahalı bir süreçtir.
Jill Hagenkord: Geçerlilik araştırmasının en zor taraflarından biri
değişkenlerin duyarlık ve özgünlüğünü saptamak için yeteri kadar
geniş (10-100 bp) indeller içeren örnekler bulmaktır. Ben Coriell
Enstitüsü’nde saklanan Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü
(NHGRI) İnsan Genetik Araştırmaları için Numune Deposu İnsan
Varyasyonları Alt Grubu kaynaklı, özellikleri iyi bilinen
genomlardan elde edilen DNA örneklerini (Katalog ID NA19240,
NA12878) kullanıyorum. Bu genomlar genomun kodlayan ve
kodlamayan bölgelerinde yer alan binlerce yayınlanmış varyantı
içerir. Mendel yasalarına göre hesaplama yapmaya olanak
sağlayan akrabaların genomları da bulunmaktadır. Aynı zamanda
Ulusal Biyolojik Standartlar ve Kontrol Enstitüsü’nden (NIBSC) numuneler de kullanıyorum. Bu
genomlardaki geçerliliği saptanmış varyantlar NGS ile en kolay saptananlardır. Böylece geçerlilik
araştırmasını bilinen genetik bozuklukların bulunduğu örneklerde yürütüyoruz.
Richard Press ve Carol Beadling: Kanserle ilişkili mutasyonların
NGS çalışmaları ile sınırlı olan bizim laboratuvarımızda geçerlilik
araştırmalarında karşılaştığımız en büyük zorluk gerçeğin, yani
bilinen geniş bir aralıktaki sıralama değişkenliklerini içeren veri
ve/veya numune grubunun altın standardının ne olduğunu
bulmaktır. Başarılı analizlerin ileriye doğru tekrarlanması sonucu
belirlenen doğru sıralamanın optimizasyonu için parametre
ayarlamaları yapılır, ancak hangi tekrarın optimum duyarlık ve
özgünlüğü sağladığının belirlenmesi için hedef sıralamadaki her
bir temelin bilinmesi gereklidir. Sonuçta laboratuvar topluluğu
gerçeği farklı laboratuvarlarda ve farklı yöntemlerle elde edilen
sonuçların bir fikir birliği şeklinde ifade etmektedir. Örneğin, NGS
için sıralama numunenin türü (formalinle sabitlenmiş, parafine
yatırılmışa [FFPE] karşılık doğal), istenen hedef (her tümör türü için farklıdır), saklamaya yönelik
hazırlık yöntemi (PCR temelliye karşılık hibrid yakalama) ve sıralama platformuna bağlı olarak
değişebilir. Dolayısıyla “gerçek” tanımı üzerinde bir fikir birliği sağlamak ciddi derecede zordur.
Arşivimizde bilinen mutasyonları bulunan çok sayıda kanserli numune yer aldığından, farklı tümör
türlerinde sık görülen varyantların (ve yalnızca bu varyantların) NGS temelli saptanması sürecinin
duyarlılığını ve tekrarlanabilirliğini belirleme imkanına sahibiz. Ayrıca, başka bir platformda (Sanger
sıralaması) NGS ile belirlenen yeni varyantların özgünlüğünü de değerlendirebiliyoruz. Ancak daha
önce incelenen mutasyonların sayısı sınırlı olduğundan, başka pozisyonlardaki yalancı negatif
bulguları ekarte etmek için kullanışlı bir yöntem yoktur. Benzer şekilde, panellerimizi daha fazla
sayıda gen içerecek şekilde genişlettiğimizde teorik olarak daha önce hedeflenmeyen pozisyonlarda
yalancı negatif bulgularla karşılaşma olasılığımız vardır. İdeal olmasa da bir diğer çözüm önerisi
birbirinden kesin sınırlarla ayrılan mutasyon sınıflarının duyarlık, özgünlük ve tekrarlanabilirliğinin
saptanması olabilir. Biz de bu sınıfların her birindeki tüm mutasyonları saptamada sıralama kimyası ve
analiz hattının eşit derecede etkili olacağı varsayımıyla tüm tek nükleotid değişiklikleri, tüm
eklenmeler ve tüm silinmeler için geçerlilik verilerini bir araya getirdik.
Shashikant Kulkarni: MPS ile derin sıralama düşük düzeydeki
(<%5 alel sıklığı) varyantları belirleyebilir. Sanger sıralaması gibi
altın standart dikey yöntemlerle bu tür düşük seviyedeki
varyantlar belirlenemez.
Geçerlilik için pozitif kontrol numunelerinin bulunmaması en
önemli sorunu oluşturmaktadır. Numune değişimi için pek çok
laboratuvarla iletişim kurduk ve farklı genler için pozitif
kontroller bulmakta çok güçlük çektik.
Laboratuvarımızda 2011 yılında MPS hizmeti sunmaya
başladığımızda altın standart verilerden oluşan referanslar henüz
Referans Materyali Programı) ve NIST geçerlilik incelemelerinde
kullanılabilecek referans genom verileri oluşturdu. Yakın geçmişte de farklı numune yapılarında (FFPE
bloklar, hücre süspansiyonları) hücre dizilerinden hazırlanan ve niteliği iyi bilinen ticari ürünler
piyasaya verilmeye başlamıştır. Saptama sınırlarının geçerliliğini belirlemek için bu ürünler farklı
karışımlar halinde bulunmaktadır.
Lynn Bry: Viral genotipleme tetkiklerinin dışındaki patojen genom sıralaması ya da metagenomik
çalışmalarında Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) onaylı platformlar, kitler ye da cihazlar kullanılmamaktadır.
Ayrıca CLIA düzeyindeki tetkikleri destekleyecek içeriğe ya da referans genomlara sahip değiliz.
Kalite parametreleri/mükemmellik testleri: Klinik laboratuvarlar gerçekleştirdikleri tetkiklerin
performans özelliklerini izlerler. Genomik sıralama tetkiklerinde kalite güvencesi için farklı ya da ek
parametreler gerekebilir.
2: Laboratuvarınızda her hasta ve her tetkik için hangi kalite parametrelerini kullanıyorsunuz?
Mükemmellik ya da diğer değerlendirmeler için gereksinimleri nasıl karşılıyorsunuz?
Sherri Bale: Biz NextGen panellerimizde sıralama kalitesi, kapsam derinliği ve Sanger doldurması için
gerekli amplikon sayısını izliyoruz. Tam ekzom sıralama (WES) testlerinde kapsam derinliği (ortalama
kapsam ile beraber 1X ve 10X düzeyindeki ekzom yüzdesi) heterozigot/homozigot oranları ve kopya
sayısı varyant (CNV) saptamasını takip ediyoruz.
Panellerin mükemmellik testleri (veya alternatif tetkikler) QA (kalite güvence)/QC bölümlerince
geçmişte yapılan testlerden çok sayıda gen ve varyantları seçmek ve bunların mükemmellik
incelemesi yapılmak üzere gönderildiğini bilmeyen laboratuvarlara göndermek suretiyle
yürütülmektedir. WES için Amerikan Patoloji Birliği (CAP) aracılığı ile rastgele olarak seçilen beş WES
laboratuvarından yararlanıyoruz ve tek nükleotid varyasyonu (SNV) saptanmasının uyumluluğunu
değerlendiriyoruz.
Jill Hagenkord: Hasta kalite parametreleri açısından DNA parmak izleri, cinsiyet kontrolü, beklenen
genom davranışı (heterozigot/homozigot oranı ya da geçiş/dönüşüm oranı gibi), kontaminasyon ve
GC yönlendirmesini kullanıyoruz. Varyant kalite skorları açısından ise alelik okuma yüzdeleri ve
kapsamını kullanıyoruz. Yürütme parametreleri için ise yakalama ve sıralama ölçümlerinden
yararlanıyoruz.
DNA parmak izleri ve cinsiyet kontrolü numunenin işlem sırasında değiştirilmediğini doğrulayabilir.
Toplam kontaminasyon oranı tüm homozigot varyant çağrılarının yerleşimlerindeki referans
okumaların değerlendirilmesi ile hesaplanır. Referans alellerde rastgele hatadan beklenen düzeyin
altında bir aşırılık uyumsuz çağrılara yol açan ikinci bir genomun varlığını gösterir. Bu yöntemle küçük
miktarlardaki (<%5) kontaminasyon oranları doğru olarak tahmin edilebilir, ancak aynı durum büyük
miktarlardaki kontaminasyonlar için geçerli değildir. Heterozigot/homozigot oranının artması da
kontaminasyon düzeyinin yüksek olduğunu gösterir.
İnsan genomu etnik farklılıklara göre değişiklik gösterebilen beklenen düzeyde varyantlar içerir.
Afrika kökenlilerdeki varyant çeşitliliği beyazlardan fazladır. SNV/indel sayıları, heterozigot/homozigot
oranları ve yenileşme hızları farklıdır. Çağrı doğruluğunu ölçmek için kullanılabilecek sabit ve özgün
bir değer insan genomlarında yalnızca küçük bir aralıkta oynama gösteren geçiş SNV/dönüşün SNV
oranıdır. Bu oranda hatırı sayılır bir sapma olması sistemik bir çağrı taraflılığını gösterir. SNP sayısının
çok düşük olması duyarlılığın yetersiz olduğu anlamına gelir.
GC taraflılığının izlenmesi numune hazırlanmasının kalitesi ve kapsamın doğruluğu hakkında bilgi
sağlayabilir. Kapsam iki doğrultuda ölçülebilir: genişlik, yani bir genomun hangi sıklıkta çağrıldığı ve
derinlik, yani her yerleşimde kaç tane örtüşen okumanın çağrıyı oluşturduğu. Genişlik ölçümünde
seçilmiş üslerin yüzdesi kullanılabilir. Derinlik ölçümünde ise okuma derinliğinin >20 olduğu
hedeflenmiş bölgeler yüzdesi ve haritalanmış üslerin toplam sayısından yaralanılabilir.
Richard Press ve Carol Beadling: Önceleri FFPE ya da taze DNA örnekleri florometre ile ölçülürdü.
A260/280 spektrofotometrik ölçümlerde DNA konsantrasyonları 10 kat ya da daha fazla yüksek
bulunabilir. Biz sıralamadan önceki geçici formları ölçmek için PCR temelli teknikler kullanıyoruz.
Sıralama sonrası amplikon başına ortalama sıralama okuma derinliği, hedef okuma yüzdesi, ortalama
okuma uzunluğu ve her numune için okuma kalitesini izliyoruz. İstatistiksel hesaplara göre %5
düzeyinde bir alel varyantını saptamak için 450 AQ20 okuması yeterlidir. Amplikon başına yaklaşık
1500 okuma (taze lösemi numunelerinde daha da fazla) yapılır ki bu amplikonların %95’inden
fazlasında >500 okuma yapıldığı anlamına gelir. Amplikon kitaplıklarında tipik olarak %95’ten fazla
hedef okuma söz konusudur. Ek olarak her numunenin sıralı amplikon boyut dağılımı aşırılıklar
açısından manüel olarak incelenir. Ayrıca mükemmellik değerlendirmesi için numune değişimi yapılır.
Aynı ya da başka platformlarda Coriell Hap-Map gibi referans numuneler körlemesine olarak test
edilir.
Shashikant Kulkarni: Her hastaya kalite ölçütleri uygulanır ve referans aralıklarla (toplam okuma,
genomun haritalanma yüzdesi, hedef okuma haritalanma yüzdesi, toplam hedef okuma sayısı, eşsiz
olan hedef okuma yüzdesi, ortalama haritalama kalitesi, 50X, 400X ve 100X kapsama derinliklerinde
eşsiz olan pozisyonların yüzdesi ve ortalama eşsiz kapsam) karşılaştırılır.
Lynn Bry: Enfeksiyon ajanları açısından sıralama kalitesi ve kapsam için Phred skorları gibi standart
parametrelere bakıyoruz ve teknik ya da biyoinformatik süreçlerin performansını değerlendirmek
üzere bilinen kontrolleri ekliyoruz. Aynı zamanda analizlerde kullanılan oluşturulmuş içeriği de
değerlendiriyoruz. Mikrobiyal idantifikasyonun bir parçası olarak referans sekansları kullanarak
filogenetik bir ağaç oluşturuyor ve bilinmeyen organizmadan gelen sekansları yerleştiriyoruz. Böylece
potansiyel direnç genlerini ve bilinen direnç genlerinin farklılaştırıcılarını saptıyoruz. HIV ve HCV
(hepatit C virüsü) gibi referans içerik 10 yıldan uzun süredir klinik kullanımda olmakla birlikte başka
virüsler, bakteriler ve ökaryot patojenler için içeriğin derinliği ve niteliği çok değişken olabilir.
Sanger esaslı viral genotipleme dışında ABD’de enfeksiyöz hastalıklarda NGS uygulaması için
mükemmellik test programları bulunmamaktadır. Çoğu olguda genom sıralaması bilinen referans
organizmalar alınır veya 16S rRNA gen filotiplemesi ya da metagenomik analizler için tanımlanmış
topluluklar oluşturulur. İnsan Mikrobiyom Projesi (HMP) bazı test materyalleri geliştirmiştir ve NIST
iyi oluşturulmuş bakteri zincirlerinde iyi iş görmektedir.
İnformatik: İnformatik oluşturulan verilerden iyi yararlanmak için gereklidir ve laboratuvarlar ya da
dışarıdan yazılım şirketleri tarafından informatik iletim hatları geliştirlmiştir.
3: İnformatik iletim hatları için nelerin gereklilik oluşturduğunu düşünüyorsunuz ve bu konudaki
yaklaşımınız nedir? Bu iletim hatlarının kalitesini nasıl değerlendiriyorsunuz?
Sherri Bale: Biz bu iletim hatlarını çoğunlukla kendi bünyemizde oluşturuyoruz, ancak açık kaynaklar
ya da lisanslı yazılımlardan da yararlanıyoruz. İletim hatlarımızı mükemmellik testi örnekleri
kullanarak analiz ediyoruz ve yeni yazılımların β versiyonları çıktıkça verilerimizi denetliyoruz.
Tamamen geçerli olduğunu göstermeden (ilk soruya bakınız) hiçbir iletim hattımızı güncellemiyor ya
da yeni bir yazılım geliştirmiyoruz.
Richard Press ve Carol Beadling: İnformatik bilgi hatlarının kalitesini değerlendirirken bir taraftan
bilinen varyantların saptanması için duyarlık/özgünlüğü karşılaştırırken, bir taraftan da bu hattın
hızına ve mevcut laboratuvar akışına uyarlanma kolaylığına bakıyoruz. Herhangi bir tetkik yönteminin
yeni bir sürümü söz konusu olduğunda klinik uygulamaya girmeden önce geçerliliği (a) sekansın
oluşturduğu veri bilgileri arşivinin yeniden incelenmesi ve (b) genotipleri bilinen numunelerin
sıralamasının tekrar yapılması yoluyla denetlenir. Bu geçerlilik çalışmalarında karşılaşılan önemli bir
sorun yeni varyantların yeni iletim hatları tarafından ortaya çıkarılıp çıkarılmadığının, önceki
yöntemlerle belirlenip belirlenemediğinin ve gerçek pozitif sonuç olup olmadığının bilinememesidir.
Yeni varyant varsayımları laboratuvarda yapılabiliyorsa Sanger sıralaması gibi yöntemlerle
doğrulanabilir. Özellikle silinme-eklenme varyantları söz konusu olduğunda, yeni versiyonlarla
genellikle eskilere göre daha uzun bir mutasyon listesi saptanmaktadır.
Shashikant Kulkarni: MPS sıralamayı referans genomla karşılaştırıp varyantların saptayan karmaşık
bir bilgisayar sürecidir. Yer değiştirmelerin, küçük ya da büyük eklenme ve silinmelerin ve kopya sayısı
değişkenlerinin (CNV) saptanması için farklı yazılımlardan yararlanılır. Dahası, bu yazılımlar bir
varyantın somatik mi, yoksa germ sırası ile mi ilgili olduğunu ayırt edecek şekilde optimize edilir. Bu
analiz sürecinde herhangi bir aşamadaki herhangi bir değişiklik geçerliliğin yeniden belirlenmesini
zorunlu kılar. Tabii ki bu zorunluluk değişikliğin boyutu ile bağlantılıdır; yeni bir varyantı belirleyecek
değişikliğin geçerliliğinin baştan başlanarak belirlenmesi gerekirken, küçük bir yazılım değişikliği için
yalnızca doğrulama yeterlidir. Geçerlilik uygun şekilde belirlendikten sonra iletim hattının sürümü
yenilenir ve rutin üretime geçilir.
Lynn Bry: İnformatik pek çok anlam taşıyabilir – enfeksiyon ajanları için klinik genomik testi
kapsamında “Patoloji İnformatiği” genomik testinin mevcut laboratuvar tetkikleri ile ne şekilde
bütünleştirildiği ile bağlantılıdır. Laboratuvar bilgi sistemi (LIS) bu karmaşık moleküler testlerin nerede
analizlere dahil edileceği, bildirilebilir bir sonuca ulaşacağı, moleküler ya da genomik bulguların diğer
fenotipik bilgilerle bütünleştirileceği ve faturalandırma ile ilgili bilgilere sahip olmalıdır. Bu bilgilerin
bir bölümü LIS içerisinde yer alabilirse de, hiçbir tedarikçi tüm biyoinformatik, donanım, yazılım ve
veri deposunu erişime açmaz.
Biyoinformatik iletim hatlarının kalitesinin değerlendirilmesi klinik veya araştırma amacıyla
kullanılması ile ilişkilidir. Tüm yöntem ve algoritmaların zayıf ve kuvvetli tarafları tam olarak
anlaşılmalıdır. CAP NGS kontrol listesinin biyoinformatik bölümleri enfeksiyon hastalıkları için testler
de dahil olmak üzere iletim hatları geliştirilmesi ve yönetimi için iyi bir başlangıç noktası oluşturur. Bu
listelerde iletim hattı belgelenmesi, geçerliliğin değerlendirilmesi, kalite kontrol programı
geliştirilmesi gibi genel gereksinimler ve her bir numune/olgu ile yapılan tüm incelemelerin
izlenebilirliği gibi bilgiler yer alır.
Farklı numune türleri ile ilgili sorunlar:
4: Tümör dokusu (biyopsi şekli, korumaya alınmış ya da taze, vs.) veya enfeksiyöz hastalıklar gibi
farklı numune türleri için karşılaşılan başlıca sorunlar nelerdir?
Richard Press ve Carol Beadling: FFPE kanser dokuları için başlıca sorun DNA parçalanmasına bağlı
kalitenin değişkenlik göstermesi, kemik iliği numuneleri için ise deaminasyondur. Biz yetersizlik sınırı
olarak hedef çevresinde en az 100 okuma olmasını kabul ediyoruz. Ayrıca deaminasyon lehine veri
bulunan (C>A/G>A varyantları) numuneleri yetersiz olarak işaretliyoruz.
Shashikant Kulkarni: FFPE bloğundan tümör dokusunu tam olarak işaretleyerek çevre dokudan
diseksiyonunu sağlamak için kılavuz bir slayttan yararlanılabilir. Böylece tümör DNA içeriği
zenginleştirilerek heterojeniteden kaynaklanan sorunların üstesinden gelinebilir.
Lynn Bry: Enfeksiyon hastalıkları için test numuneleri saf bir mikrobiyal izolattan elde edilen bir
nükleik asitten, konakçı hücrelere göre mikrop yükü düşük olan sıvı ve dokulara ya da dışkı gibi
ortamda bulunan bakterilerin patojenlerden kat kat fazla olduğu steril olmayan numunelere kadar
geniş bir aralıkta değişir. Ayrıca yöntem seçiminde GC içerik yüzdesi aralığı, genom uzunluğu,
hareketli genetik elemanlar ve tekrarlana bölgeler de göz önüne alınmalıdır.
Özellikle FFPE materyali söz konusu olduğunda malzemenin testten önce doğru şekilde saklanması da
önemlidir. Numune alındığı andan itibaren çevresel kontaminasyon riski yüksektir. Geniş
metagenomik yaklaşımlarda, hatta 16s rRNA gibi korunmuş hedeflerin amplifikasyonunda çevresel
faktörlerin bulaşma olasılığı hesaba katılmalıdır.
Varyant/gen öneminin yorumlanması ve bildirilmesi: Klinik laboratuvarlar tipik olarak varyantları
sınıflamak için beş kademeli (patojen, olasılıkla patojen, bilinmeyen, olasılıkla benign, benign) bir
sistem kullanırlar. Ancak bu sistem yalnızca hastalıklarla ilgili olduğu bilinen genler için geçerlidir.
İncelenen pek çok somatik varyantın hastalığın ilerlemesi ya da tedavi yanıtı için önemli olduğu
gösterilmiş olmakla birlikte genomik sıralama uygulamaları yeni varyantları ortaya çıkaracaktır.
5: Patojen bir varyant bulunduğunda hastalık fenotipi ile ilişkisi olup olmadığını nasıl anlıyorsunuz?
Laboratuvarınız somatik varyantlara yol açan mutasyonları saptıyor olsaydı daha önce
tanımlanmamış somatik varyantları nasıl yorumlardınız?
Sherri Bale: Kalıtsal hastalıklarda önemli olduğu bilinen genlerin patojenitesini değerlendirirken
Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Birliği’nin (ACMG) kılavuzlarından yararlanıyoruz. Hastalık
gelişimi ile Mendel kanunları düzeyinde olmayan ilişkisi bulunduğu bilinen genler için bu kılavuzları
biraz modifiye etmiş bulunuyoruz ve bu durumdaki varyantları riskli aleller olarak bildiriyoruz.
Jill Hagenkord: Beş kademeli sistem varyant sınıflandırması ile paralellik gösterir: hastalığa neden
olan, hastalığa neden olması olası olan, önemi bilinmeyen (GUS), olasılıkla hastalığa neden olmayan.
Varyant sınıflandırması gibi gen sınıflandırmasında da bir parça maharet gerekir. GUS kapsamında
patojen veya olası patojen bir varyant bulunamaz, ancak önemi bilinmeyen bir varyant (VUS)
bulunabilir. Pazardan tersine yönde bir talep olsa da gen panellerini belirlerken önemi bilinmeyen
genleri içermemesine dikkat ediyoruz. Ancak panel talebinde bulunan hekimlerin hastalarına
belirsizlik açıklaması yaparken pek zorlanmadığını da gözlüyoruz.
Krichard Press ve Carol Beadling: Somatik mutasyon testleri yapıyoruz ve varyantları yorumlarken
genel veri tabanları (COSMIC, My Cancer Genome, Leiden Open Variation Database, dbSNP, 1000
genomes), yayınlanmış literatür (PubMed) ve mutasyon sıralamalarının öngörücülerinden (SIFT,
PolyPhen2) yararlanıyoruz. Aynı zamanda kendi varyant ve tümör arşivimize de başvuruyoruz. NGS ile
saptanan bir varyanta ait alel sıklığı morfoloji ya da akım sitometrisi ile saptanan tümör yüküne göre
çok daha fazla bilgi vermektedir. Örneğin, alel yükü %50 olan yeni bir varyant saptadığımızda eğer
morfolojik tümör yükü yalnızca %20 ise bu varyantı bir germ dizisi olarak adlandırma eğiliminde
oluruz ve olasılıkla tümörle ilişkili olmadığı sonucuna varırız. Ek olarak lösemi olgularında seri NGS
çalışmaları ile tedavi öncesi ve sonrası varyant alel sıklıklarını karşılaştırarak patojenite hakkında bir
ipucu elde ederiz. Daha önce bilinmeyen şeklinde sınıflandırılmış bir varyantın alel sıklığının %50
düzeyinde kalmaya devam ettiği bir tedavi sonrası lösemi olgusunu özellikle diğer yöntemlerle lösemi
yükünün azaldığı gösterilmişse tümör ile bağlantılı olmayan bir germ dizisi olarak sınıflandırmak daha
doğrudur. Yorumlamaya yardımcı olan kaynaklara rağmen, hala sıklıkla daha önceden tanımlanmamış
varyantlar buluyoruz ve bunları tümörle ilişkisi belirsiz şeklinde rapor ediyoruz.
Shashikant Kulkarni: Halen somatik varyant sınıflandırmasına yönelik bir kılavuz bulunmamaktadır.
Tümöre özgü olarak mevcut ACMG kılavuzlarını modifiye ederek kullanıyoruz.
Lynn Bry: Klinik olarak patojen belirleme, tedavi duyarlılığı ya da direncinin önceden belirlenmesi ve
toksin üretimi üzerine odaklanmış durumdayız. Araştırma alanında ise mikroorganizma
topluluklarının yapısı, hastalıklarda konakçıda ortaya çıkan değişiklikler, gen içeriğindeki değişiklikler
ve metabolitlerle bağlantısını değerlendirecek sıralama yöntemleri kullanılmaktadır. Araştırmaların
amacı mikroorganizmaların hastalık oluşturma mekanizmalarının belirlenmesidir. Buradan elde
edilecek bilgiler bu tür yöntemlerin klinik kullanıma girip giremeyeceğini de belirleyecektir. Ancak
henüz çok başlangıçta olduğumuzdan klinik bildirimin naıl yapılacağını henüz bilmiyoruz.
Tesadüfi bulgular: ACMG test edilme nedeni ile ilişkisi olsun olmasın tesadüfen saptanan “etkili
olabilecek” patojenik varyantların bir listesini sunmaktadır.
6: Laboratuvarınızın tesadüfen bir varyant saptandığında izlediği yol nedir? Bu tür varyantları
özellikle arıyor musunuz? Bu tesadüfi bulguların (IF) bildirimini nasıl yapıyorsunuz? ACMG önerileri
doğrultusunda mı hareket ediyorsunuz?
Sherri Bale: WES sürecini tamamladığımız, bilinen ve beklenen patojen varyantları belirlediğimiz
hastalarda, hasta aksi bir talepte bulunmadığı sürece, ACMG önerileri ve gen listesi doğrultusunda
hareket ediyoruz. WES analizinin bir parçası olarak aile bireyleri de tarandıysa ve bu tarama sırasında
indeks olgu ile bir aile bireyinde IF saptandıysa, bunu da bildiriyoruz. Ancak indeks olguda
bulunmayan bir IF için tüm aile bireylerinde tarama yapmıyoruz.
Jill Hagenkord: Hekimle hasta hangi ve ne miktarda koruyucu bilgi istedikleri konusunda ortak karar
vermelidir. Tümü ya da hiçbiri yerine neleri öğrenmek istediklerini seçebilmelidirler.
Koruyucu genlerdeki patolojik varyantları araştırmakta kullanılan genel yaklaşım ClinVar ya da İnsan
Gen Mutasyonu Veri Tabanı (HGMD) gibi referanslardan yararlanmaktır. Eğer gerçekten patojen
olduğu bildirilmişse, sınıflandırmaya uygun olup olmadığı ve laboratuvarın kendi patojen kriterlerini
karşılayıp karşılamadığına yönelik dikkatli bir değerlendirme yapılmalıdır. Bu amaçla kullanılabilecek
yazılımlar mevcuttur.
ACMG önerilerinin dışında kalan faktör V Leiden, HFE (hemokromatozis) ve otozomal resesif
bozukluklarda sık görülen varyantlar (CFTR [kistik fibrozis transmembran iletim düzenleyici (ATP
bağlayıcı kaset alt aile C, üye 7)] gen içindeki ACOG varyantları) gibi durumlarda bir varyant listesi
üzerinden koruma taraması gerçekleştirilebilir.
Glenn Palomaki: Bu soru anne plazmasının hücre
bulundurmayan (ccf) bölümünde DNA testi uygulayan
laboratuvarlarla pek ilgili olmamakla birlikte, doğum öncesi
taramalarda tesadüfi bulgularla karşılaşılması gittikçe daha sık
görülen bir durumdur. Biyoinformatik iletim hatlarında küçük
farklılıklar oluşturarak daha önceki tarama teknolojileri ile
rastlanmayan bulgular saptanabilir. ABD’de bulunan dört
laboratuvar cinsiyet genlerindeki anöploidiyi rutin tarama
testlerine eklemiştir. Ancak bu konuda yayınlanan klinik geçerlilik
çalışması azdır ve olası yarar ve zararlar ile ilgili tartışmalar
devam etmektedir. En yeni tarama hedefi 22p11 (DiGeorge)
sendromu gibi daha geniş mikrodelesyonlardır, ancak testin
performansına ilişkin özellikle genel popülasyonda yapılmış
tarafsız yayın yoktur. Bu sendromla ilgili bilgilerimizin büyük bölümü doğumsal kalp hastalığı gibi
anormal bulguları bulunan hasta ya da hasta gruplarından gelmektedir. Bozukluğun doğal seyrinin iyi
bilindiği Down sendromu gibi testlerin aksine, 22p11 sendromunun toplumdaki prevalansı ile ilgili bir
yayın bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu genotipe sahip bireylerin bilinmeyen bir bölümünün önemsiz
bir fenotipe sahip olması mümkündür. Bütün genom/ekzoma yönelik inceleme yapan laboratuvarlar
hangi bulguları bildirip, hangilerini bildirmeyeceği üzerinde kafa yormalıdır.
Richard Press ve Carol Beadling: Tesadüfi bulguların bildirimine yönelik ACMG önerilerinde tümör
örnekleri yer almamakla birlikte, panellerimizdeki genlerin çoğu bildirilmesi zorunlu olanlar
listesindedir. Kanser numunelerinde saptanan bazı mutasyonlar germ hattında bulunabilir, bunların
az sayıdaki bazı varyantları da onkolojik açıdan patojen olabilir. Saptadığımız varyantların germ hattı
özellikleri ile ilgili (veri tabanı, alel sıklığı, tedavi sonrası direnç) bazı dolaylı bilgiler veriyor olsak ta,
doğrudan yaklaşım olan her hastanın tümör dışı örneği ile eşleştirerek genotipleme yapılması bizim
laboratuvarımızda rutin bir uygulama değildir. Nadiren germ hattı olan bir patojen mutasyon
saptadığımızda, raporu yazan patoloğun tercihine göre genetik danışmanlık veya germ hattı analizini
bir öneri olarak sunuyoruz. Bu konuda ACMG önerilerinden farklı bir noktadayız; bir laboratuvarın
tesadüfen saptadığı genetik anormalliklerin hepsini, hele de hastayı gönderen hekim tarafından
özellikle kanser bağlantısı açısından değerlendirme istenmiş ve saptanan germ hattı mutasyonu
kanser ile ilişkili değilse, bildirmek zorunda olmadığını düşünüyoruz.
Shashikant Kulkarni: Nadiren bir hastada ya da aile bireylerinden birinde etkilenmemiş bir germ hattı
numunesini incelerken kanser potansiyeli gözlemleyebiliyoruz.
Klinik geçerlilik/kullanım: Klinik laboratuvarlar geçerli olduğu gösterilmiş testleri (yani, hastalıkla
ilişkili olan gen) sunmakla yükümlüdür. Ancak hizmeti satın alanlar kullanılabilirliği bilinenlerle
ilgilidirler.
7: Klinik laboratuvarlar genomik sıralama testlerinin geçerli olduğundan nasıl emin olmaktadır?
Klinik laboratuvarlar bir testin klinik kullanımı konusunda başkalarına nasıl yardımcı olabilir? Geri
ödeme konusunda iyileşmeler sağlanmasına yönelik önerileriniz neler?
Sherri Bale: Klinik laboratuvarlar hizmeti satın alanlara sundukları hizmetlerin klinik kullanımı ile ilgili
veriler sunmaya hazırlıklı olmalıdır. Bunlar arasında farklı hasta/veri grupları kullanılarak yapılmış ve
ciddi dergilerde yayınlanmış makaleler yer almalıdır. Hizmeti satın alanlar bu testlerin geliştirme,
geçerliliğini belirleme, uygulama, yorumlama ve bildirim maliyetleri hakkında bilgi sahibi olmalıdır.
Eğer mümkünse, hizmet talep edenin ödemesini karşılayan kurumdan bir yetkili laboratuvara davet
edilerek bu testlerin nasıl yapıldığını görmesi sağlanabilir.
Jill Hagenkord: Klinik kullanılabilirlik taraflara farklı anlamlar ifade eder. Ödeyenler testin tedavilerini
değiştirip değiştirmeyeceği ile ilgilenirler. Ancak kalıtsal hastalıklarda kullanılabilirlik olgudan olguya
değişiklik gösterir. Farklı nedenlerle belli zamanlarda belli genleri inceleriz; bu nedenle özgün bir
genin klinik kullanılabilirliği ile ilgili her duruma uyan bir cevap yoktur.
Genetik bozuklukların çoğu için bir tedavi söz konusu değildir. Gene de doğru tanıya ulaşmanın,
hastalığın seyrinin ne olacağını bilmenin, risk altındaki aile bireylerinin de incelenmesinin
sağlanmasının, gelecek gebeliklerdeki riskin belirlenmesinin ve olası önleyici önlemlerin ortaya
konmasının bir değeri vardır. Hizmeti satın alanlar bu bilgilerin klinik kullanım kriterlerini karşıladığı
konusunda aynı fikirde olmayabilir; ancak hem hastalar, hem de yakınları hakkında önemli veriler
sağlanacağı açıktır. Moleküler CPT (mevcut işlem terminolojisi) kodları artık özgün ve şeffaftır ve
hastalar kendi klinik kullanılabilirlik kriterlerine uymadığı için kalıtsal hastalık testleri için ödeme
yapmayı gittikçe daha yüksek oranda reddetmektedir.
Geri ödeme konusunda sorunlarla karşılaşılması bilgi erişiminde tüketici tarafından tetiklenen yeni bir
eğilime ortam oluşturabilir. Bu durum taksi endüstrisinde Uber ya da Lyft’in yaptıkları ile benzerlik
gösterir. Kişisel genetik bilgileri “Uber-izasyonu” bireylerin daha iyi, daha hızlı ve daha ucuz bir şekilde
bazı verilere ulaşmasını sağlar. Sıralama testlerinin maliyetlerinin düşmesi ile beraber zamanla
hastaların kendi genetik bilgilerine erişimi ve sağlık hizmeti sunanlarla paylaşması mümkün
olabilecektir. Böylece klinik kullanılabilirlik konusunda hastalarla sağlık hizmeti ödeme kaynakları
arasında bulunan gerginlik azaltılabilir.
Richard Press ve Carol Beadling: Tümör temelli mutasyon profilinin çıkarılmasının gerek doğrudan
tedavi için bilgi vererek, gerekse tanısal ya da prognostik kategorileri belirleyerek klinik yarar sağladığı
hususunda yeteri kadar yayın ve fikir birliği vardır. Bu mutasyonların (ve bu mutasyonları hedefleyen
tedavilerin) sayısı hızla arttığından, mutasyon profilinin hastaya yarar sağlayıp sağlamadığı konusunda
bir şüphe yoktur; kesinlikle vardır. Karar verilmesi gereken hangi yöntemler kullanılarak ne kadar
genin değerlendirmeye alınacağı konusudur. NGS aynı zamanda çok sayıda genin yalnızca az sayıda
genin değerlendirilmesiyle karşılaştırılabilir maliyetlerle incelenmesine olanak sağlamakta, böylece
daha düşük maliyetle daha fazla bilgi elde edilmesini mümkün kılmaktadır. NGS yardımıyla daha fazla
sayıda genin incelenmesi hem tek testle saptanamayacak, nadir görülen ve klinikle bağlantılı
varyantların belirlenmesini, hem de tedaviyi yönlendirebilecek ya da hastanın moleküler hedef
çalışmalarına alınmasına yol açacak ilaç direnç ya da duyarlılıklarının anlaşılmasını sağlayacaktır.
Çerçeveyi tedaviyi etkileyebilecek nadir varyantların da saptanmasını sağlayacak kadar geniş tutmak
önemlidir. Bu varyantlar bir arada toplam olguların hatırı sayılır bir bölümünü oluşturur. Çok sayıda
tek gen testi uygulamaktansa, belli bir tümör için NGS aracılığı ile geniş bir aralıkta tarama yapmak ve
iletim hatları filtrelerinden yararlanarak yalnızca klinik açıdan bağlantılı olan genleri belirlemek, hem
tıbbi, hem de mali açıdan daha akılcıdır. Tümör mutasyon profilinin böyle geniş kapsamlı bir tarama
ile belirlenmesi, hangi doku tipinden köken alırsa alsın tüm tümörler için tümöre özgü analiz iletim
hattı ile aynı NGS ıslak kimya yönteminin kullanılmasına olanak sağlar.
Belli bir tümör türü için özgün bir mutasyon görülme sıklığının düşük olduğu göz önüne alınırsa,
ödeme kararı verilmeden önce binlerce gen/kanser senaryosunun her biri için anlamlı klinik veri
sağlanıp sağlanamayacağını, dolayısıyla maliyete değip değmeyeceğini bilmek mümkün değildir.
Ödeme kararı vereceklerin belli bir tümör türü ile ilişkisi bulunması şart olmadan kanserle gen
mutasyonları arasındaki bağıntı hakkındaki verilerin çeşitliliğine katkıda bulunulmasına izin vermeleri
gereklidir.
Shashikant Kulkarni: Testin klinik geçerliliği ve kullanımının iyi anlaşıldığından emin olmak için ödeme
yapanların doğru bir şekilde bilgilendirilmesi önemlidir. Bu hedefe yönelik olarak profesyonel
topluluklar tarafından oluşturulmuş kılavuzlardan ve özellikle de NGS incelemesinin maliyet etkinliği
ve hastalarda sağladığı sonuçlar üzerine odaklanan güvenilir dergilerde yer almış yayınlardan
yararlanılabilir.
Lynn Bry: Testi yapmak ve sonuçlara göre hangi tıbbi eylemlerin yerine getirileceğini belirlemek için
bariz bir klinik nedenimizin olması gereklidir. Enfeksiyöz hastalıklara yönelik testlere en bilinen örnek
olarak Sanger sıralaması ile viral geçiş genotiplemesi verilebilir. Klinik endikasyon belirgindir. Dahası
NGS yöntemi direnç belirleme duyarlılığını ve verimliliği arttırır ve en azından muhtemelen maliyetleri
düşürür.
Patojenleri saptama konusunda NGS kararı vermeden önce mevcut yöntemler gözden geçirilmelidir.
Eğer aynı bilgi daha hızlı sonuç veren ve daha ucuz olan başka bir mikrobiyolojik ya da moleküler
yöntemden sağlanabiliyorsa, ödeme yapan bir genom incelemesinin ağır maliyetini karşılamak
istemeyebilir. Patojen genom ya da çoklu hedef sıralaması Mycobacteria gibi yavaş üreme gösteren
ya da çok sayıda farklı patojenin bulunduğu numuneler için kullanılmalıdır.
Patojen genom sıralamasının yararlarını enfeksiyon kontrol çabaları sürecinde gördük, ancak bu tür
testler geri ödemeden yararlanmamaktadır. Gene de bu yöntemin sürveyans belirlenmesi ve
enfeksiyon kontrol amacıyla kullanılması yararlarının ortaya konması açısından önderlik sağlayacaktır.
Klinisyenlerin ve hastaların yeni teknolojiyi kabullenmesi
8: Bu testler hakkında klinisyenler ve hastalardan ne gibi geri bildirimler alıyorsunuz? Sizce yöntem
çok abartılıyor mu, yoksa genom sıralaması beklentileri karşılıyor, hatta aşıyor mu?
Sherri Bale: Pazarlama hedef kitlemiz literatürde haklı bir üne sahip genetikçiler. Onların da NextGen
hedeflenmiş gen panelleri ya da WES aracılığı ile elde edilen bilgilerden dolayı hayal kırıklığına
uğradığını düşünmüyorum.
Jill Hagenkord: Genetik alanı dışındaki uzmanlar genomla ilgili gerçekte olduğundan daha fazla bilgiye
sahip olduğumuzu düşünüyor olabilir. Beklenti sınırlarını oluşturmak klinik ve laboratuvarlarda çalışan
genetikçilerin sorumluluğundadır. Hastalığa özgü gen panelleri ya da ekzomları talep eden hekimler
tekrarlanan testlere göre daha çabuk yanıt alacaklarının, ancak aldıkları yanıtın başlangıçtaki ayırıcı
tanıda düşündüklerinden çok da farklı olmayacağının bilincindedir. Fazladan VUS ve GUS konusunda
bilgi sahibi olacaklardır. Belirsizlik genetik testlere özgü bir sorun değildir.
Glenn Palomaki: İlk önceleri ccf DNA testinin girişimsel olmayan doğum öncesi tanı (NIPD) testi
olduğu düşünülmüştür. Bu isim daha sonra NIPT (test) ve NIPS (tarama) şeklinde evrilmiştir ve daha
fazla karmaşaya neden olmuştur. Çünkü mevcut serum/ultrason tarama yöntemleri de NIPT/NIPS
tanımlarını karşılamaktadır. Daha sonra profesyonel kuruluşlar bu yöntemin yalnızca yüksek riskli
olduğu belirlenen kadınlarda kullanılmasını önermiştir. Ancak bu yöntem mevcut tarama teknikleri ile
değil, girişimsel işlemler veya karyotipleme ile karşılaştırılmıştır. Sahada uygulama yapan hekimler
yüksek riskli gebelerde önlenen girişimsel işlemlerin sayısından çok yalancı pozitif sonuçlardan
etkilenmiştir. Yöntem eğer genel popülasyonda uygulanabilse, belki de gerçek değerini bulup daha
fazla kabullenilecektir. Ancak kuşkusuz yüksek maliyet genel popülasyonda kullanımının önündeki en
önemli engeldir.
Richard Press ve Carol Beadling: Bu teknoloji biraz abartılıyor olabilir, ancak biz olumlu geri
bildirimler alıyoruz. Tümör mutasyon profili çalışmalarımızın bir sonucu olarak pek çok kanser hastası
başka türlü erişemeyeceği etkin tedaviler kullanmakta ya da yeni hedeflenmiş tedavi çalışmalarına
katılabilmektedir. Bu mutasyonların çoğunun tek gen çalışmalarında rutin olarak araştırılmayan
genlerde saptandığının da altını çizmek gerekir. Bu yöntemin bir diğer yararı özellikle miyeloid lösemi
hastalarında geleneksel ya da hedeflenmiş tedaviye verilen moleküler yanıtın seri NGS incelemeleri
ile belirlenebiliyor olmasıdır. NGS tarafından sağlanan derinlik nedeniyle en düşük düzeydeki hastalık
bile büyük bir duyarlılıkla saptanmakta, böylece tedavi seçenekleri hakkında daha kolay karar
verilebilmektedir.
Shashikant Kulkarni: Klinisyenler, özellikle de medikal onkologlar, tedaviye yanıt vermeyen
hastalarda yararlanabilecekleri bir umuda sahip olacakları beklentisi içindedir. Şu an için hastalar ve
klinisyenler açısından bu beklenti çok gerçekçi görünmemektedir. Biz laboratuvarcıların en önemli
yükümlülüğü bu beklentiyi gerçekçi hale getirmektir. Teknolojik platformları, veri analiz yöntemlerini,
belirlenmiş yararlarını ve olası kullanım alanlarını ayrıntılı olarak tarif etmek durumundayız. Son
olarak, sıralamanın değerini ve maliyetleri azaltıcı etkisini gösteren verileri bir araya getirmeliyiz.
Lynn Bry: On yıldan daha uzun süre önce HIV genotiplemesinin yapılması yüksek aktivitede antiretroviral tedavi (HAART) uygulama gücümüzü büyük ölçüde arttırdı. Sanger temelli yöntemlerle
gerçekleştirilmiş olmasına rağmen bu durum hastaların genomik yaklaşımdan nasıl yararlandığını
gösteren en iyi örnektir.
Enfeksiyon kontrol konusunda patojen genomlarla ilgili yapılan çok merkezli bir araştırmada
bulguların ne kadar şaşkınlık yarattığını hatırlıyorum. Böylece mikrobiyal direncin nedenleri hakkında
öğrendiklerimizin sürveyans aktivileri ile ilgili ne kadar fazla bilgi sağlayabileceği üzerine düşünmeye
başladık.
NGS çağında elimizde tanı için kullanabileceğimiz müthiş bir güç bulunduğu kesindir. Alan geliştikçe
kullanıma yönelik diyalog devam ettirilmelidir.
Yazar Katkıları: Tüm yazarlar bu makalenin bilimsel içeriğine katkıda bulunduklarını ve şu üç
gereksinimi yerine getirdiklerini ifade eder: (a) kavram ve tasarıma, verilerin toplanmasına veya analiz
edilmesi ve yorumlanmasına anlamlı katkı; (b) makalenin bilimsel içerik açısından hazırlanması ve
gözden geçirilmesi; ve (c) yayımlanma için nihai onay.
Yazarların Olası Çıkar Çatışması Beyanları: Makalenin gönderilmesi aşamasında tüm yazarlar Olası
Çıkar Çatışması Beyan Formu’nu doldurmuştur. Olası çıkar çatışmaları:
İstihdam veya Yöneticilik: E. Lyon, Utah Üniversitesi ve Moleküler Patoloji Derneği; F. Cockeril, Mayo
Tıbbi laboratuvarları, Quest Diagnostics (1 Ekim 2014) ve misafir editör, Clinical Chemistry, AACC; J.
Hagenkord, 23andMe.
Danışmanlık: E. Lyon, Complete Genomics and Health Advantages; F. Cockeril, Roche Diagnostics; S.
Kulkarni, Swift Biosciences ve Bina Technologies.
Hissedarlık: S. Bale, BioReferance Laboratories; J. Hagenkord, Invitae ve 23andMe.
Onursal Ücretler: s. Kulkarni, Novartis, affimetrix ve Agilent; R. Press, Life Technologies.
Araştırma Desteği: E. Lyon, Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü kurumsal fonu; L. Bry, NIH; G.
Palomaki, Natera, Inc. kurumsal fonu.
Uzman Tanıklığı: Bildirilmemiştir.
Patentler: Bildirilmemiştir.
Diğer Ücretler: F. Cockeril, Roche Diagnostics telif ücretleri.